130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3702 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_3702  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 
313 aa  642    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.909161  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0291  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  43.43 
 
 
305 aa  255  8e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.102645  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5789  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.18 
 
 
285 aa  233  2.0000000000000002e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0619484 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  23.97 
 
 
272 aa  83.2  0.000000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4666  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.67 
 
 
630 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.735725 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4090  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.92 
 
 
645 aa  75.5  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00816269 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5194  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.25 
 
 
630 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3062  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.83 
 
 
630 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.83 
 
 
630 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.114512 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5095  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  26.92 
 
 
604 aa  74.3  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0443788 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3418  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.83 
 
 
630 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0242311  normal  0.14685 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  25 
 
 
687 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3640  xylose isomerase domain-containing protein  26.8 
 
 
288 aa  72  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4963  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.42 
 
 
630 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0115166 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04075  conserved hypothetical protein  23.49 
 
 
280 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0808004  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4680  AP endonuclease  23.49 
 
 
280 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.110375  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04037  hypothetical protein  23.49 
 
 
280 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0687839  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0606  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  21.69 
 
 
624 aa  69.7  0.00000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0633938 
 
 
-
 
NC_003296  RS02058  hypothetical protein  25.87 
 
 
626 aa  69.7  0.00000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224521  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0343  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.17 
 
 
630 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.880013 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4453  AP endonuclease  23.13 
 
 
280 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000121679  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4771  AP endonuclease  23.13 
 
 
280 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000229139  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3803  xylose isomerase domain-containing protein  23.13 
 
 
280 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.465718  normal  0.675861 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29070  sugar phosphate isomerase/epimerase  26.41 
 
 
288 aa  67.8  0.0000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3320  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.23 
 
 
630 aa  65.5  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33680  hypothetical protein  24.23 
 
 
274 aa  65.1  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4709  myo-inositol catabolism protein  32.38 
 
 
277 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0492702  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  23.64 
 
 
629 aa  63.9  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0327  hypothetical protein  27.03 
 
 
634 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.627098  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3122  xylose isomerase domain-containing protein  31.06 
 
 
271 aa  62.8  0.000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.32 
 
 
630 aa  62.4  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  22.73 
 
 
635 aa  62  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.29 
 
 
296 aa  62  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2130  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.29 
 
 
635 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0402618  normal  0.678263 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3304  xylose isomerase domain-containing protein  25.86 
 
 
283 aa  61.2  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0184902 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6262  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.86 
 
 
278 aa  61.6  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0689378  normal  0.603305 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2346  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  25.29 
 
 
635 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.8 
 
 
615 aa  60.8  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3913  xylose isomerase domain-containing protein  23.35 
 
 
617 aa  60.8  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.974395  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2603  xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.81 
 
 
271 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0698398 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.81 
 
 
631 aa  60.5  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1560  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.31 
 
 
632 aa  60.1  0.00000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.288895  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5035  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.88 
 
 
632 aa  60.1  0.00000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3240  xylose isomerase domain-containing protein  29.63 
 
 
271 aa  60.1  0.00000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308635  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4079  xylose isomerase domain-containing protein  24.71 
 
 
629 aa  59.7  0.00000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03000  hypothetical protein  26.72 
 
 
634 aa  59.7  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00135939 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4415  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.68 
 
 
628 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6113  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.66 
 
 
623 aa  58.9  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.471766 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2459  xylose isomerase domain-containing protein  24.89 
 
 
292 aa  58.5  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0140499  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2225  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.74 
 
 
635 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44574  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.73 
 
 
628 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.68 
 
 
628 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.92924  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.81 
 
 
631 aa  58.9  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0848  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.29 
 
 
684 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4496  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  21.84 
 
 
638 aa  57.8  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1752  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.29 
 
 
684 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.10433  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2205  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.29 
 
 
684 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0577  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.29 
 
 
687 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0481  AP endonuclease  25.29 
 
 
684 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0891  AP endonuclease  25.29 
 
 
684 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.940921  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3362  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.74 
 
 
635 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.789434 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1777  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.47 
 
 
262 aa  57.8  0.0000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1894  putative amino acid dioxygenase  25.29 
 
 
684 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.3 
 
 
276 aa  57  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2281  hitchhiker  0.0000101278 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2554  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.35 
 
 
635 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00914053 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3161  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.35 
 
 
635 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706766  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3367  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.17 
 
 
298 aa  56.6  0.0000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0558916 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4755  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.38 
 
 
637 aa  56.6  0.0000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.304127  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4583  xylose isomerase domain-containing protein  23.64 
 
 
278 aa  55.8  0.0000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  23.75 
 
 
283 aa  55.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3334  xylose isomerase domain-containing protein  23.83 
 
 
277 aa  55.8  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3840  xylose isomerase domain-containing protein  23.74 
 
 
280 aa  55.1  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.479073 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2149  xylose isomerase domain-containing protein  29.81 
 
 
271 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.398235 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3692  xylose isomerase domain-containing protein  23.94 
 
 
305 aa  54.3  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06440  sugar phosphate isomerase/epimerase  24.75 
 
 
300 aa  53.9  0.000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.89 
 
 
627 aa  53.9  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5449  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.03 
 
 
615 aa  53.9  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4442  xylose isomerase domain-containing protein  24.84 
 
 
298 aa  52.8  0.000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.481875  normal  0.31172 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2853  xylose isomerase domain-containing protein  24.66 
 
 
274 aa  52.8  0.000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0115  xylose isomerase domain-containing protein  26.52 
 
 
286 aa  52.8  0.000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.99603  normal  0.236776 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4011  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.94 
 
 
276 aa  52.8  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0882  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.88 
 
 
627 aa  52.4  0.000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.923988 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.68 
 
 
280 aa  52.4  0.000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4176  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.78 
 
 
394 aa  52.4  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346853  hitchhiker  0.000695283 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2375  xylose isomerase-like TIM barrel  25.52 
 
 
477 aa  51.2  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0122  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.14 
 
 
627 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134725  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.44 
 
 
624 aa  50.8  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6726  putative endonuclease protein  24.74 
 
 
285 aa  50.4  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.416579  normal  0.564821 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29270  sugar phosphate isomerase/epimerase  24.23 
 
 
280 aa  50.1  0.00006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3326  xylose isomerase domain-containing protein  21.77 
 
 
284 aa  49.7  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2423  xylose isomerase domain-containing protein  26.8 
 
 
285 aa  49.3  0.00008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0964314  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38100  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.48 
 
 
632 aa  48.9  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.749235  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4905  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.57 
 
 
633 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.39 
 
 
283 aa  48.5  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4428  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  20.62 
 
 
633 aa  48.1  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3810  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.46 
 
 
280 aa  48.5  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.022666  normal  0.0930685 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.9 
 
 
286 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2177  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.38 
 
 
279 aa  47.8  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000702324 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  23.63 
 
 
295 aa  47  0.0004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0615  xylose isomerase domain-containing protein  21.58 
 
 
296 aa  47.4  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>