106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tter_1107 on replicon NC_013525
Organism: Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013525  Tter_1107  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 
273 aa  565  1e-160  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2853  xylose isomerase domain-containing protein  49.82 
 
 
274 aa  258  5.0000000000000005e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2459  xylose isomerase domain-containing protein  48.72 
 
 
292 aa  253  2.0000000000000002e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0140499  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1079  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  44.44 
 
 
266 aa  244  8e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3593  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  44.28 
 
 
265 aa  227  2e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.244317  normal  0.215314 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2423  xylose isomerase domain-containing protein  42.91 
 
 
285 aa  221  8e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0964314  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1719  hypothetical protein  40.74 
 
 
293 aa  219  5e-56  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4007  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.74 
 
 
269 aa  214  9.999999999999999e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6726  putative endonuclease protein  40 
 
 
285 aa  214  9.999999999999999e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.416579  normal  0.564821 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.44 
 
 
276 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2281  hitchhiker  0.0000101278 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4011  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.81 
 
 
276 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3334  xylose isomerase domain-containing protein  41.39 
 
 
277 aa  209  4e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29070  sugar phosphate isomerase/epimerase  41.85 
 
 
288 aa  208  9e-53  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2177  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.76 
 
 
279 aa  205  6e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000702324 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0137  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.48 
 
 
276 aa  205  6e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2019  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.54 
 
 
290 aa  201  9.999999999999999e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.834913  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1856  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  43.11 
 
 
292 aa  200  3e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36 
 
 
274 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.362033  normal  0.0199285 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06440  sugar phosphate isomerase/epimerase  37.63 
 
 
300 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3367  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.08 
 
 
298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0558916 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0615  xylose isomerase domain-containing protein  42.32 
 
 
296 aa  194  1e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2882  xylose isomerase domain-containing protein  36.53 
 
 
276 aa  186  3e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6262  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.94 
 
 
278 aa  182  7e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0689378  normal  0.603305 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04075  conserved hypothetical protein  39.08 
 
 
280 aa  180  2e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0808004  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4453  AP endonuclease  39.08 
 
 
280 aa  180  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000121679  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3803  xylose isomerase domain-containing protein  39.08 
 
 
280 aa  180  2e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.465718  normal  0.675861 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04037  hypothetical protein  39.08 
 
 
280 aa  180  2e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0687839  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4771  AP endonuclease  39.08 
 
 
280 aa  179  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000229139  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4680  AP endonuclease  39.02 
 
 
280 aa  179  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.110375  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4176  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.16 
 
 
394 aa  176  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346853  hitchhiker  0.000695283 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4583  xylose isomerase domain-containing protein  35.41 
 
 
278 aa  176  5e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.4 
 
 
296 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0895  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.57 
 
 
298 aa  173  1.9999999999999998e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0606369  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.12 
 
 
286 aa  147  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2394  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.92 
 
 
316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.515446  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4228  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 
268 aa  64.7  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  29.87 
 
 
295 aa  63.2  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  29.87 
 
 
295 aa  62.8  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  32.84 
 
 
293 aa  60.5  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  31.16 
 
 
278 aa  56.2  0.0000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2495  xylose isomerase domain-containing protein  27.06 
 
 
261 aa  54.7  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  25.35 
 
 
272 aa  53.1  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0327  hypothetical protein  26.37 
 
 
634 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.627098  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.74 
 
 
282 aa  52.8  0.000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4709  myo-inositol catabolism protein  28.57 
 
 
277 aa  52.4  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0492702  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4666  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.83 
 
 
630 aa  51.6  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.735725 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3418  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.4 
 
 
630 aa  51.6  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0242311  normal  0.14685 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5194  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.83 
 
 
630 aa  52  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.42 
 
 
628 aa  52  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  28.5 
 
 
687 aa  51.2  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3062  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.48 
 
 
630 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.48 
 
 
630 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.114512 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1876  xylose isomerase domain-containing protein  25.1 
 
 
264 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0739188 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4963  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.48 
 
 
630 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0115166 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29270  sugar phosphate isomerase/epimerase  31.43 
 
 
280 aa  51.6  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.57 
 
 
282 aa  51.6  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4905  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.4 
 
 
633 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1896  xylose isomerase-like TIM barrel  25.49 
 
 
264 aa  49.7  0.00005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31703  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0582  xylose isomerase domain-containing protein  25.73 
 
 
305 aa  49.7  0.00005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0101642  normal  0.477879 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1942  xylose isomerase domain-containing protein  25.49 
 
 
264 aa  49.7  0.00005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1560  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30 
 
 
632 aa  49.3  0.00007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.288895  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4496  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.99 
 
 
638 aa  48.9  0.00008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0343  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.16 
 
 
630 aa  48.1  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.880013 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03000  hypothetical protein  28.24 
 
 
634 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00135939 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30 
 
 
290 aa  47.8  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0848  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.91 
 
 
684 aa  47.4  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5035  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.87 
 
 
632 aa  47  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1894  putative amino acid dioxygenase  30.91 
 
 
684 aa  47.4  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1752  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.91 
 
 
684 aa  47.4  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.10433  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2205  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.91 
 
 
684 aa  47.4  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0577  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.91 
 
 
687 aa  47.4  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0481  AP endonuclease  30.91 
 
 
684 aa  47.4  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0891  AP endonuclease  30.91 
 
 
684 aa  47.4  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.940921  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  28 
 
 
295 aa  46.6  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3702  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.55 
 
 
313 aa  46.6  0.0004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.909161  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.91 
 
 
627 aa  47  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5095  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  30.97 
 
 
604 aa  46.6  0.0005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0443788 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3362  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.32 
 
 
635 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.789434 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2225  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.79 
 
 
635 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44574  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  25.26 
 
 
635 aa  46.2  0.0007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2554  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.32 
 
 
635 aa  45.8  0.0008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00914053 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3161  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.32 
 
 
635 aa  45.8  0.0008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706766  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3796  hexulose-6-phosphate isomerase  21.84 
 
 
284 aa  44.7  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.542065  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  27.41 
 
 
290 aa  44.3  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4079  xylose isomerase domain-containing protein  32 
 
 
629 aa  44.7  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  26.94 
 
 
270 aa  44.7  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.27 
 
 
628 aa  44.3  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.92924  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5713  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.84 
 
 
284 aa  44.3  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4415  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.27 
 
 
628 aa  44.3  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04064  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.84 
 
 
284 aa  43.9  0.003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4441  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.84 
 
 
284 aa  43.9  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4758  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.84 
 
 
284 aa  43.9  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4668  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.84 
 
 
284 aa  43.9  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4727  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.84 
 
 
284 aa  43.9  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639292  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  22.73 
 
 
256 aa  43.9  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04026  hypothetical protein  21.84 
 
 
284 aa  43.9  0.003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0273  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.95 
 
 
278 aa  43.9  0.003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  26.15 
 
 
297 aa  43.5  0.004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4655  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  22.9 
 
 
284 aa  43.5  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4784  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  22.9 
 
 
284 aa  43.5  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.871942  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>