154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_29070 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013172  Bfae_29070  sugar phosphate isomerase/epimerase  100 
 
 
288 aa  578  1e-164  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3367  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  57.39 
 
 
298 aa  316  3e-85  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0558916 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6726  putative endonuclease protein  55.63 
 
 
285 aa  284  1.0000000000000001e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.416579  normal  0.564821 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06440  sugar phosphate isomerase/epimerase  54.24 
 
 
300 aa  282  5.000000000000001e-75  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2423  xylose isomerase domain-containing protein  54.01 
 
 
285 aa  280  2e-74  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0964314  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1719  hypothetical protein  54.39 
 
 
293 aa  277  1e-73  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2177  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  54.01 
 
 
279 aa  276  4e-73  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000702324 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0895  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  55.86 
 
 
298 aa  266  4e-70  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0606369  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0137  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  54.34 
 
 
276 aa  265  5e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4007  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  51.85 
 
 
269 aa  265  7e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2019  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  52.98 
 
 
290 aa  261  6e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.834913  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1079  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  49.63 
 
 
266 aa  238  1e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  47.57 
 
 
276 aa  236  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2281  hitchhiker  0.0000101278 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3334  xylose isomerase domain-containing protein  47.57 
 
 
277 aa  230  2e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4011  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  46.07 
 
 
276 aa  228  8e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2459  xylose isomerase domain-containing protein  48.53 
 
 
292 aa  221  1.9999999999999999e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0140499  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1107  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.85 
 
 
273 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2853  xylose isomerase domain-containing protein  46.89 
 
 
274 aa  213  3.9999999999999995e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3593  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  45.93 
 
 
265 aa  205  9e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.244317  normal  0.215314 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4583  xylose isomerase domain-containing protein  37 
 
 
278 aa  198  9e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1856  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  43.31 
 
 
292 aa  196  5.000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0615  xylose isomerase domain-containing protein  44.1 
 
 
296 aa  194  1e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.26 
 
 
274 aa  192  4e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.362033  normal  0.0199285 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2882  xylose isomerase domain-containing protein  41.52 
 
 
276 aa  191  8e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.7 
 
 
296 aa  191  9e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4680  AP endonuclease  39.11 
 
 
280 aa  190  2e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.110375  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04075  conserved hypothetical protein  38.75 
 
 
280 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0808004  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04037  hypothetical protein  38.75 
 
 
280 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0687839  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4176  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.46 
 
 
394 aa  189  5e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346853  hitchhiker  0.000695283 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4771  AP endonuclease  39.23 
 
 
280 aa  188  7e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000229139  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4453  AP endonuclease  38.38 
 
 
280 aa  187  3e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000121679  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3803  xylose isomerase domain-containing protein  38.38 
 
 
280 aa  187  3e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.465718  normal  0.675861 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6262  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.58 
 
 
278 aa  175  9e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0689378  normal  0.603305 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.83 
 
 
286 aa  169  6e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2394  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.2 
 
 
316 aa  112  7.000000000000001e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.515446  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4228  xylose isomerase domain-containing protein  29.6 
 
 
268 aa  75.9  0.0000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  28.62 
 
 
272 aa  73.9  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3702  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.41 
 
 
313 aa  73.2  0.000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.909161  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  28.63 
 
 
295 aa  68.9  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0606  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.7 
 
 
624 aa  68.9  0.00000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0633938 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  28.63 
 
 
295 aa  68.9  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1876  xylose isomerase domain-containing protein  29.14 
 
 
264 aa  68.2  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0739188 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4905  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.46 
 
 
633 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1896  xylose isomerase-like TIM barrel  30.08 
 
 
264 aa  68.2  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31703  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1942  xylose isomerase domain-containing protein  30.08 
 
 
264 aa  68.2  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1560  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.95 
 
 
632 aa  67.8  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.288895  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  28.85 
 
 
635 aa  67.8  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5095  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  29.55 
 
 
604 aa  67  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0443788 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4090  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.5 
 
 
645 aa  66.2  0.0000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00816269 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2495  xylose isomerase domain-containing protein  27.17 
 
 
261 aa  65.9  0.0000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4496  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.38 
 
 
638 aa  64.7  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3362  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.84 
 
 
635 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.789434 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2225  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.45 
 
 
635 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44574  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2554  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.45 
 
 
635 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00914053 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.06 
 
 
282 aa  62.8  0.000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3161  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.45 
 
 
635 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706766  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2375  xylose isomerase-like TIM barrel  27.53 
 
 
477 aa  61.6  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6113  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.97 
 
 
623 aa  61.2  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.471766 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  31.21 
 
 
278 aa  60.5  0.00000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  28.74 
 
 
268 aa  59.7  0.00000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  29.29 
 
 
289 aa  59.7  0.00000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02058  hypothetical protein  27.49 
 
 
626 aa  58.9  0.00000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224521  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3052  xylose isomerase domain-containing protein  25.33 
 
 
256 aa  58.2  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0431176 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0291  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.14 
 
 
305 aa  58.5  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.102645  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3113  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.51 
 
 
256 aa  58.5  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.787534  normal  0.440249 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.69 
 
 
281 aa  57.8  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4666  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.55 
 
 
630 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.735725 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  32.28 
 
 
290 aa  57.8  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0327  hypothetical protein  28.17 
 
 
634 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.627098  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4709  myo-inositol catabolism protein  28.77 
 
 
277 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0492702  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5035  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.57 
 
 
632 aa  57.4  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  26.98 
 
 
629 aa  57  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.21 
 
 
288 aa  56.2  0.0000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5194  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.15 
 
 
630 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3320  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.13 
 
 
630 aa  55.8  0.0000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  28.89 
 
 
250 aa  55.1  0.000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4079  xylose isomerase domain-containing protein  24.49 
 
 
629 aa  55.1  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  28.19 
 
 
256 aa  55.5  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  26.47 
 
 
293 aa  55.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3418  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.15 
 
 
630 aa  55.5  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0242311  normal  0.14685 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2687  twin-arginine translocation pathway signal  24.52 
 
 
301 aa  54.7  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  27.13 
 
 
270 aa  54.7  0.000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  27.86 
 
 
288 aa  54.7  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 
256 aa  54.7  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1642  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.15 
 
 
310 aa  54.3  0.000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.331171  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 
289 aa  54.3  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.2 
 
 
290 aa  53.5  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4415  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.42 
 
 
628 aa  53.5  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.42 
 
 
628 aa  53.5  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.92924  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03000  hypothetical protein  27.13 
 
 
634 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00135939 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.2 
 
 
290 aa  53.1  0.000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  27.7 
 
 
257 aa  53.1  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2346  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  27.06 
 
 
635 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2130  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.32 
 
 
635 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0402618  normal  0.678263 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.74 
 
 
303 aa  52.8  0.000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1496  xylose isomerase domain-containing protein  25.33 
 
 
279 aa  52.8  0.000007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00334669  normal  0.969169 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4755  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.82 
 
 
637 aa  52.8  0.000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.304127  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  28.14 
 
 
687 aa  52  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.31 
 
 
615 aa  51.6  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  28.89 
 
 
297 aa  51.6  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>