44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0291 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0291  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 305 aa  620  1e-177  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.102645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5789  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  66.42 
 
 		 285 aa  383  1e-105  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0619484 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3702  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  43.43 
 
 		 313 aa  255  8e-67  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.909161  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  23.83 
 
 		 272 aa  77.4  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02058  hypothetical protein  24.36 
 
 		 626 aa  65.9  0.0000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224521  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0606  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.14 
 
 		 624 aa  65.1  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0633938 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4755  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.3 
 
 		 637 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.304127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3913  xylose isomerase domain-containing protein  24.6 
 
 		 617 aa  62.4  0.000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.974395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0122  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.1 
 
 		 627 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134725  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  22.88 
 
 		 615 aa  59.7  0.00000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3640  xylose isomerase domain-containing protein  26.2 
 
 		 288 aa  54.3  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33680  hypothetical protein  25.57 
 
 		 274 aa  54.3  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3334  xylose isomerase domain-containing protein  24.46 
 
 		 277 aa  52.4  0.000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29070  sugar phosphate isomerase/epimerase  27.14 
 
 		 288 aa  51.2  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  20.24 
 
 		 631 aa  51.2  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0839  xylose isomerase domain-containing protein  22.95 
 
 		 292 aa  50.8  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3367  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.15 
 
 		 298 aa  50.8  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0558916 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5035  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.15 
 
 		 632 aa  50.4  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  24.22 
 
 		 635 aa  50.1  0.00004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3240  xylose isomerase domain-containing protein  23.67 
 
 		 271 aa  49.3  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3122  xylose isomerase domain-containing protein  26.06 
 
 		 271 aa  49.3  0.00008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2603  xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.44 
 
 		 271 aa  49.3  0.00009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0698398 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4415  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.73 
 
 		 628 aa  47.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.51 
 
 		 274 aa  48.1  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.362033  normal  0.0199285 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.73 
 
 		 628 aa  47.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.92924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  20.65 
 
 		 629 aa  47.8  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.73 
 
 		 286 aa  47.4  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2375  xylose isomerase-like TIM barrel  21.99 
 
 		 477 aa  47  0.0004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2149  xylose isomerase domain-containing protein  23.68 
 
 		 271 aa  47  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.398235 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  19.84 
 
 		 631 aa  46.6  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4666  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.94 
 
 		 630 aa  46.6  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.735725 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5194  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.94 
 
 		 630 aa  46.2  0.0007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4007  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 269 aa  45.8  0.0008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  19.68 
 
 		 630 aa  45.4  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6806  xylose isomerase domain-containing protein  23.46 
 
 		 283 aa  45.4  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3418  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.11 
 
 		 630 aa  45.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0242311  normal  0.14685 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.49 
 
 		 283 aa  44.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4909  xylose isomerase-like TIM barrel  23.49 
 
 		 271 aa  45.1  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8641  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.45 
 
 		 269 aa  45.1  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4709  myo-inositol catabolism protein  20.36 
 
 		 277 aa  44.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0492702  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4428  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  19.35 
 
 		 633 aa  44.3  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0783  xylose isomerase-like TIM barrel  26.52 
 
 		 268 aa  43.9  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.248846  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1560  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.46 
 
 		 632 aa  43.1  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.288895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6113  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  20.77 
 
 		 623 aa  43.1  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.471766 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>