84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4909 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4909  xylose isomerase-like TIM barrel  100 
 
 		 271 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30200  Xylose isomerase-type TIM-barrel protein  78.97 
 
 		 271 aa  422  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2603  xylose isomerase domain protein TIM barrel  74.35 
 
 		 271 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0698398 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3122  xylose isomerase domain-containing protein  72.86 
 
 		 271 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2149  xylose isomerase domain-containing protein  73.23 
 
 		 271 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.398235 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3240  xylose isomerase domain-containing protein  71.22 
 
 		 271 aa  387  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02960  hypothetical protein  68.63 
 
 		 271 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000610778 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2191  sugar phosphate isomerases/epimerases  48.9 
 
 		 273 aa  257  1e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6104  xylose isomerase domain-containing protein  49.06 
 
 		 278 aa  249  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1216  xylose isomerase domain-containing protein  48.96 
 
 		 270 aa  230  2e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2673  xylose isomerase domain-containing protein  47.08 
 
 		 287 aa  201  9.999999999999999e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2702  xylose isomerase domain-containing protein  43.23 
 
 		 275 aa  199  3.9999999999999996e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.964957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2699  xylose isomerase domain-containing protein  42.32 
 
 		 277 aa  195  5.000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.254699 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2346  xylose isomerase domain-containing protein  43.35 
 
 		 276 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.848938 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2843  xylose isomerase domain-containing protein  42.74 
 
 		 269 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.719805 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8641  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.19 
 
 		 269 aa  159  5e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1392  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.53 
 
 		 266 aa  150  2e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0410  xylose isomerase-like TIM barrel  33.21 
 
 		 285 aa  144  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5912  xylose isomerase domain-containing protein  41.79 
 
 		 275 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2156  decreased coverage  0.00155667 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1590  xylose isomerase-like TIM barrel  35.74 
 
 		 286 aa  143  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3491  xylose isomerase domain-containing protein  36.33 
 
 		 263 aa  144  2e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0783  xylose isomerase-like TIM barrel  36.78 
 
 		 268 aa  143  3e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.248846  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3460  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.73 
 
 		 274 aa  142  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3481  xylose isomerase domain-containing protein  34.78 
 
 		 278 aa  138  1e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3810  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.71 
 
 		 280 aa  132  5e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.022666  normal  0.0930685 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3640  xylose isomerase domain-containing protein  34.35 
 
 		 288 aa  109  5e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1496  xylose isomerase domain-containing protein  31.97 
 
 		 270 aa  100  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3684  xylose isomerase domain-containing protein  31.67 
 
 		 277 aa  100  3e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.414118  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0134  xylose isomerase domain-containing protein  32.84 
 
 		 279 aa  99.8  4e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7150  xylose isomerase domain-containing protein  27.82 
 
 		 299 aa  97.8  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0169524 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3304  xylose isomerase domain-containing protein  35.09 
 
 		 283 aa  94  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184902 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2254  xylose isomerase domain-containing protein  33.8 
 
 		 279 aa  94  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.565091 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0839  xylose isomerase domain-containing protein  31.25 
 
 		 292 aa  82.4  0.000000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6806  xylose isomerase domain-containing protein  30.49 
 
 		 283 aa  81.6  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.81 
 
 		 291 aa  76.6  0.0000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.78661  normal  0.012574 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4415  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.14 
 
 		 628 aa  63.9  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.14 
 
 		 628 aa  63.9  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.92924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  27.73 
 
 		 687 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3326  xylose isomerase domain-containing protein  24.69 
 
 		 284 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0327  hypothetical protein  30.06 
 
 		 634 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.627098  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0882  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.46 
 
 		 627 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.923988 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5035  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.54 
 
 		 632 aa  56.6  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02058  hypothetical protein  27.8 
 
 		 626 aa  55.5  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224521  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3362  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.42 
 
 		 635 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.789434 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3161  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.42 
 
 		 635 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03000  hypothetical protein  29 
 
 		 634 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135939 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2554  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.42 
 
 		 635 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00914053 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.12 
 
 		 615 aa  53.9  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3840  xylose isomerase domain-containing protein  28.08 
 
 		 280 aa  53.1  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.479073 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.38 
 
 		 628 aa  52.8  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6979  xylose isomerase domain-containing protein  30.77 
 
 		 295 aa  52.8  0.000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.363123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6321  xylose isomerase domain-containing protein  30.77 
 
 		 295 aa  52.8  0.000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1508  xylose isomerase-like TIM barrel  30.77 
 
 		 295 aa  52.8  0.000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291962  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0481  AP endonuclease  28.05 
 
 		 684 aa  52  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1894  putative amino acid dioxygenase  28.05 
 
 		 684 aa  52  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2375  xylose isomerase-like TIM barrel  29.27 
 
 		 477 aa  52  0.00001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0848  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.05 
 
 		 684 aa  51.6  0.00001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0577  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.05 
 
 		 687 aa  52  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3911  xylose isomerase domain-containing protein  29.63 
 
 		 257 aa  52  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0998183 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0891  AP endonuclease  28.05 
 
 		 684 aa  51.6  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.940921  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2205  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.05 
 
 		 684 aa  51.6  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1752  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.05 
 
 		 684 aa  51.6  0.00001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.10433  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1026  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.94 
 
 		 287 aa  51.2  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3320  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.68 
 
 		 630 aa  50.1  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.99 
 
 		 624 aa  49.7  0.00005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.61 
 
 		 627 aa  49.7  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3597  xylose isomerase domain-containing protein  29.79 
 
 		 270 aa  49.7  0.00006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.791675  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4666  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.11 
 
 		 630 aa  49.3  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.735725 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0343  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.13 
 
 		 630 aa  48.9  0.00009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.880013 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5194  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.11 
 
 		 630 aa  48.5  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3418  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.65 
 
 		 630 aa  47.8  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0242311  normal  0.14685 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.13 
 
 		 630 aa  48.1  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.114512 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4079  xylose isomerase domain-containing protein  26.7 
 
 		 629 aa  47.4  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4963  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.13 
 
 		 630 aa  47.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0115166 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3062  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.13 
 
 		 630 aa  48.1  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4755  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.92 
 
 		 637 aa  46.2  0.0006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.304127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3913  xylose isomerase domain-containing protein  23.68 
 
 		 617 aa  45.8  0.0007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.974395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6113  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.58 
 
 		 623 aa  45.4  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.471766 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33680  hypothetical protein  24.8 
 
 		 274 aa  44.7  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0291  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.49 
 
 		 305 aa  45.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.102645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1099  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 		 293 aa  44.7  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  28.57 
 
 		 629 aa  43.9  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3702  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.83 
 
 		 313 aa  43.5  0.004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.909161  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.46 
 
 		 631 aa  42.4  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>