92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2346 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2346  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 276 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.848938 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2843  xylose isomerase domain-containing protein  72.86 
 
 		 269 aa  341  9e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.719805 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0783  xylose isomerase-like TIM barrel  54.66 
 
 		 268 aa  223  3e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.248846  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3460  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  48.96 
 
 		 274 aa  208  8e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8641  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  51.43 
 
 		 269 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5912  xylose isomerase domain-containing protein  49.22 
 
 		 275 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2156  decreased coverage  0.00155667 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2603  xylose isomerase domain protein TIM barrel  43.18 
 
 		 271 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0698398 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4909  xylose isomerase-like TIM barrel  43.35 
 
 		 271 aa  185  8e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1216  xylose isomerase domain-containing protein  44.92 
 
 		 270 aa  182  4.0000000000000006e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2149  xylose isomerase domain-containing protein  41.67 
 
 		 271 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.398235 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3240  xylose isomerase domain-containing protein  42.58 
 
 		 271 aa  182  6e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3122  xylose isomerase domain-containing protein  42.05 
 
 		 271 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30200  Xylose isomerase-type TIM-barrel protein  44.54 
 
 		 271 aa  179  5.999999999999999e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2699  xylose isomerase domain-containing protein  41.77 
 
 		 277 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.254699 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2191  sugar phosphate isomerases/epimerases  37.02 
 
 		 273 aa  155  6e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6104  xylose isomerase domain-containing protein  35.82 
 
 		 278 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1392  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.46 
 
 		 266 aa  150  2e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2702  xylose isomerase domain-containing protein  40.83 
 
 		 275 aa  148  9e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.964957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3810  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.08 
 
 		 280 aa  144  1e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.022666  normal  0.0930685 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1590  xylose isomerase-like TIM barrel  41.04 
 
 		 286 aa  144  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0410  xylose isomerase-like TIM barrel  38.75 
 
 		 285 aa  144  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02960  hypothetical protein  42.05 
 
 		 271 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000610778 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3481  xylose isomerase domain-containing protein  41.84 
 
 		 278 aa  138  7.999999999999999e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3491  xylose isomerase domain-containing protein  35.56 
 
 		 263 aa  133  3.9999999999999996e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3684  xylose isomerase domain-containing protein  33.84 
 
 		 277 aa  113  3e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.414118  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2673  xylose isomerase domain-containing protein  36.63 
 
 		 287 aa  111  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0134  xylose isomerase domain-containing protein  34.73 
 
 		 279 aa  107  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3304  xylose isomerase domain-containing protein  38.2 
 
 		 283 aa  96.7  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184902 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3640  xylose isomerase domain-containing protein  38.96 
 
 		 288 aa  94.7  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2254  xylose isomerase domain-containing protein  36.59 
 
 		 279 aa  91.3  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.565091 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7150  xylose isomerase domain-containing protein  32.21 
 
 		 299 aa  90.5  3e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0169524 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0839  xylose isomerase domain-containing protein  28.88 
 
 		 292 aa  84  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1496  xylose isomerase domain-containing protein  29.48 
 
 		 270 aa  77  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6806  xylose isomerase domain-containing protein  32.86 
 
 		 283 aa  71.2  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3326  xylose isomerase domain-containing protein  27.27 
 
 		 284 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.52 
 
 		 615 aa  65.5  0.0000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0327  hypothetical protein  34.29 
 
 		 634 aa  62.4  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.627098  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.58 
 
 		 624 aa  61.6  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0606  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.4 
 
 		 624 aa  60.8  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0633938 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6979  xylose isomerase domain-containing protein  32.94 
 
 		 295 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.363123  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4415  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  33.33 
 
 		 628 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  33.33 
 
 		 628 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.92924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1508  xylose isomerase-like TIM barrel  31.76 
 
 		 295 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291962  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.08 
 
 		 631 aa  57.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6321  xylose isomerase domain-containing protein  31.76 
 
 		 295 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02058  hypothetical protein  34.45 
 
 		 626 aa  57  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224521  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0122  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.89 
 
 		 627 aa  57  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134725  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.03 
 
 		 291 aa  57.4  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.78661  normal  0.012574 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5035  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.52 
 
 		 632 aa  57.4  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.27 
 
 		 631 aa  55.8  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03000  hypothetical protein  33.57 
 
 		 634 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135939 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  31.85 
 
 		 635 aa  54.7  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4755  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.23 
 
 		 637 aa  53.9  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.304127  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2225  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.82 
 
 		 635 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3362  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.14 
 
 		 635 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.789434 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3692  xylose isomerase domain-containing protein  33.82 
 
 		 305 aa  53.9  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4905  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.2 
 
 		 633 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2554  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.14 
 
 		 635 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00914053 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3161  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.14 
 
 		 635 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6113  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.71 
 
 		 623 aa  53.1  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.471766 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1656  xylose isomerase domain-containing protein  31.72 
 
 		 297 aa  52.4  0.000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.876977 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2346  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  31.36 
 
 		 635 aa  52.4  0.000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2130  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.2 
 
 		 635 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0402618  normal  0.678263 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5449  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.77 
 
 		 615 aa  51.6  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1854  xylose isomerase-like TIM barrel  33.07 
 
 		 297 aa  51.6  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.151277  normal  0.216619 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3913  xylose isomerase domain-containing protein  29.06 
 
 		 617 aa  51.6  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.974395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4428  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.64 
 
 		 633 aa  51.6  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.46 
 
 		 630 aa  51.6  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4079  xylose isomerase domain-containing protein  26.49 
 
 		 629 aa  52  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1560  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.51 
 
 		 632 aa  51.2  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.288895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4496  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.51 
 
 		 638 aa  51.2  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33680  hypothetical protein  29.06 
 
 		 274 aa  50.8  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  29.27 
 
 		 629 aa  50.8  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4090  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.5 
 
 		 645 aa  50.1  0.00004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00816269 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38100  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31 
 
 		 632 aa  48.5  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.749235  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0793  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.87 
 
 		 313 aa  47.4  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1026  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.89 
 
 		 287 aa  47.8  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3597  xylose isomerase domain-containing protein  32.26 
 
 		 270 aa  46.2  0.0006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.791675  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1586  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.89 
 
 		 621 aa  46.2  0.0006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.435654  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3840  xylose isomerase domain-containing protein  32.5 
 
 		 280 aa  45.8  0.0007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.479073 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0882  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.21 
 
 		 627 aa  45.8  0.0008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.923988 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0115  xylose isomerase domain-containing protein  30.99 
 
 		 286 aa  45.4  0.0009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.99603  normal  0.236776 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2375  xylose isomerase-like TIM barrel  31.25 
 
 		 477 aa  45.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  30.99 
 
 		 687 aa  45.4  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.14 
 
 		 628 aa  45.4  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1099  xylose isomerase domain-containing protein  29.55 
 
 		 293 aa  45.4  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  29.73 
 
 		 272 aa  43.9  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.7 
 
 		 280 aa  43.1  0.004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3702  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 313 aa  43.1  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.909161  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3911  xylose isomerase domain-containing protein  32.38 
 
 		 257 aa  42.7  0.007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0998183 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0291  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.93 
 
 		 305 aa  42.7  0.007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.102645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3418  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.52 
 
 		 630 aa  42.4  0.008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0242311  normal  0.14685 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>