73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_3684 on replicon NC_009427
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009427  Saro_3684  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 277 aa  545  1e-154  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.414118  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7150  xylose isomerase domain-containing protein  33.46 
 
 		 299 aa  123  3e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0169524 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0134  xylose isomerase domain-containing protein  37.13 
 
 		 279 aa  113  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8641  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.68 
 
 		 269 aa  112  9e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0410  xylose isomerase-like TIM barrel  33.94 
 
 		 285 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1216  xylose isomerase domain-containing protein  32.8 
 
 		 270 aa  107  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2843  xylose isomerase domain-containing protein  35.8 
 
 		 269 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.719805 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2191  sugar phosphate isomerases/epimerases  27.99 
 
 		 273 aa  103  3e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4909  xylose isomerase-like TIM barrel  31.67 
 
 		 271 aa  100  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2699  xylose isomerase domain-containing protein  34.29 
 
 		 277 aa  99.8  4e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.254699 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2346  xylose isomerase domain-containing protein  33.84 
 
 		 276 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.848938 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1496  xylose isomerase domain-containing protein  29.81 
 
 		 270 aa  99.4  6e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1392  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.05 
 
 		 266 aa  99  7e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6104  xylose isomerase domain-containing protein  29.78 
 
 		 278 aa  98.6  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30200  Xylose isomerase-type TIM-barrel protein  30.19 
 
 		 271 aa  95.9  6e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2702  xylose isomerase domain-containing protein  32.67 
 
 		 275 aa  95.9  7e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.964957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2254  xylose isomerase domain-containing protein  34.94 
 
 		 279 aa  94.4  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.565091 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3810  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.13 
 
 		 280 aa  92  9e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.022666  normal  0.0930685 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0783  xylose isomerase-like TIM barrel  31.7 
 
 		 268 aa  90.9  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.248846  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2603  xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.42 
 
 		 271 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0698398 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2149  xylose isomerase domain-containing protein  29.58 
 
 		 271 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.398235 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3304  xylose isomerase domain-containing protein  38.85 
 
 		 283 aa  89.4  6e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184902 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3122  xylose isomerase domain-containing protein  30.42 
 
 		 271 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3640  xylose isomerase domain-containing protein  40 
 
 		 288 aa  85.9  6e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2673  xylose isomerase domain-containing protein  31.82 
 
 		 287 aa  85.9  7e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3460  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.98 
 
 		 274 aa  82.8  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3240  xylose isomerase domain-containing protein  29.36 
 
 		 271 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5912  xylose isomerase domain-containing protein  33.59 
 
 		 275 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2156  decreased coverage  0.00155667 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1590  xylose isomerase-like TIM barrel  26.43 
 
 		 286 aa  78.6  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3481  xylose isomerase domain-containing protein  34.94 
 
 		 278 aa  73.9  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3491  xylose isomerase domain-containing protein  28.57 
 
 		 263 aa  69.7  0.00000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0839  xylose isomerase domain-containing protein  32.64 
 
 		 292 aa  66.6  0.0000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02058  hypothetical protein  29.11 
 
 		 626 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224521  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  29.95 
 
 		 635 aa  62.8  0.000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6806  xylose isomerase domain-containing protein  34.17 
 
 		 283 aa  60.5  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02960  hypothetical protein  31.12 
 
 		 271 aa  55.8  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000610778 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3840  xylose isomerase domain-containing protein  35.65 
 
 		 280 aa  53.9  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.479073 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33680  hypothetical protein  30.37 
 
 		 274 aa  52.8  0.000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3913  xylose isomerase domain-containing protein  28.76 
 
 		 617 aa  51.2  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.974395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0122  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.09 
 
 		 627 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134725  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4496  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.41 
 
 		 638 aa  50.4  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0327  hypothetical protein  27.78 
 
 		 634 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.627098  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3320  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.05 
 
 		 630 aa  49.7  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3911  xylose isomerase domain-containing protein  34.69 
 
 		 257 aa  48.5  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0998183 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03000  hypothetical protein  28.1 
 
 		 634 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135939 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3597  xylose isomerase domain-containing protein  32.88 
 
 		 270 aa  48.1  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.791675  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3418  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.43 
 
 		 630 aa  48.9  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0242311  normal  0.14685 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4415  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.51 
 
 		 628 aa  47.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4755  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.09 
 
 		 637 aa  47.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.304127  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.51 
 
 		 628 aa  47.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.92924  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.86 
 
 		 631 aa  47  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1560  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.1 
 
 		 632 aa  47.4  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.288895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3326  xylose isomerase domain-containing protein  27.68 
 
 		 284 aa  46.2  0.0006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.61 
 
 		 628 aa  46.2  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  26.79 
 
 		 687 aa  46.2  0.0006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.51 
 
 		 624 aa  45.8  0.0008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4666  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.55 
 
 		 630 aa  45.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.735725 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5194  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.55 
 
 		 630 aa  45.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5035  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.6 
 
 		 632 aa  45.4  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.07 
 
 		 631 aa  45.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4428  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.72 
 
 		 633 aa  44.7  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  25.2 
 
 		 629 aa  44.7  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0343  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.66 
 
 		 630 aa  43.9  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.880013 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4090  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.88 
 
 		 645 aa  43.9  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00816269 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2130  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.89 
 
 		 635 aa  43.1  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0402618  normal  0.678263 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4963  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.11 
 
 		 630 aa  43.5  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0115166 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.88 
 
 		 630 aa  42.7  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.33 
 
 		 291 aa  42.7  0.006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.78661  normal  0.012574 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0882  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.04 
 
 		 627 aa  42.4  0.008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.923988 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2346  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  25.11 
 
 		 635 aa  42.4  0.008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3062  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.81 
 
 		 630 aa  42.4  0.01  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.81 
 
 		 630 aa  42.4  0.01  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.114512 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.72 
 
 		 280 aa  42  0.01  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>