85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2843 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2843  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 269 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.719805 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2346  xylose isomerase domain-containing protein  72.86 
 
 		 276 aa  335  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.848938 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0783  xylose isomerase-like TIM barrel  51.71 
 
 		 268 aa  216  2e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.248846  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3460  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  45.85 
 
 		 274 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8641  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  48.12 
 
 		 269 aa  187  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4909  xylose isomerase-like TIM barrel  42.74 
 
 		 271 aa  180  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2603  xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.85 
 
 		 271 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0698398 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3122  xylose isomerase domain-containing protein  39.85 
 
 		 271 aa  175  6e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5912  xylose isomerase domain-containing protein  45.49 
 
 		 275 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2156  decreased coverage  0.00155667 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3240  xylose isomerase domain-containing protein  39.1 
 
 		 271 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308635  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30200  Xylose isomerase-type TIM-barrel protein  40 
 
 		 271 aa  170  2e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2149  xylose isomerase domain-containing protein  38.26 
 
 		 271 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.398235 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1216  xylose isomerase domain-containing protein  40.25 
 
 		 270 aa  164  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2699  xylose isomerase domain-containing protein  41.63 
 
 		 277 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.254699 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2191  sugar phosphate isomerases/epimerases  36.94 
 
 		 273 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3810  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40 
 
 		 280 aa  147  1.0000000000000001e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.022666  normal  0.0930685 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1392  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.23 
 
 		 266 aa  142  8e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2702  xylose isomerase domain-containing protein  38.91 
 
 		 275 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.964957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6104  xylose isomerase domain-containing protein  35.68 
 
 		 278 aa  135  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02960  hypothetical protein  40.66 
 
 		 271 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000610778 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0410  xylose isomerase-like TIM barrel  34.94 
 
 		 285 aa  134  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1590  xylose isomerase-like TIM barrel  38.91 
 
 		 286 aa  132  6e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3481  xylose isomerase domain-containing protein  37.31 
 
 		 278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3491  xylose isomerase domain-containing protein  33.21 
 
 		 263 aa  122  5e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2673  xylose isomerase domain-containing protein  37.3 
 
 		 287 aa  120  3e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3684  xylose isomerase domain-containing protein  35.8 
 
 		 277 aa  117  1.9999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.414118  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0134  xylose isomerase domain-containing protein  36.25 
 
 		 279 aa  105  5e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3304  xylose isomerase domain-containing protein  37.04 
 
 		 283 aa  90.5  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184902 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3640  xylose isomerase domain-containing protein  34.54 
 
 		 288 aa  89.4  5e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7150  xylose isomerase domain-containing protein  28.3 
 
 		 299 aa  85.1  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0169524 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2254  xylose isomerase domain-containing protein  34.02 
 
 		 279 aa  82.8  0.000000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.565091 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6806  xylose isomerase domain-containing protein  36.69 
 
 		 283 aa  75.1  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0839  xylose isomerase domain-containing protein  29.19 
 
 		 292 aa  67.8  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1496  xylose isomerase domain-containing protein  26.57 
 
 		 270 aa  65.5  0.0000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.69 
 
 		 615 aa  64.7  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.06 
 
 		 624 aa  61.2  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0606  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.09 
 
 		 624 aa  60.8  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0633938 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.22 
 
 		 631 aa  60.5  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4428  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.5 
 
 		 633 aa  59.3  0.00000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0122  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.01 
 
 		 627 aa  58.9  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134725  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3326  xylose isomerase domain-containing protein  25.83 
 
 		 284 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4755  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.01 
 
 		 637 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.304127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  30.94 
 
 		 629 aa  58.5  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03000  hypothetical protein  33.04 
 
 		 634 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135939 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0327  hypothetical protein  31.67 
 
 		 634 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.627098  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.5 
 
 		 631 aa  56.6  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4090  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.69 
 
 		 645 aa  56.6  0.0000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00816269 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2346  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  31.45 
 
 		 635 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2130  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  33.06 
 
 		 635 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0402618  normal  0.678263 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6979  xylose isomerase domain-containing protein  32.1 
 
 		 295 aa  54.7  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.363123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.5 
 
 		 630 aa  55.1  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2225  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30 
 
 		 635 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4905  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.17 
 
 		 633 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3840  xylose isomerase domain-containing protein  35.04 
 
 		 280 aa  55.1  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.479073 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1508  xylose isomerase-like TIM barrel  32.1 
 
 		 295 aa  54.7  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291962  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6321  xylose isomerase domain-containing protein  32.1 
 
 		 295 aa  54.7  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3362  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.17 
 
 		 635 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.789434 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.1 
 
 		 291 aa  53.9  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.78661  normal  0.012574 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  29.66 
 
 		 635 aa  53.9  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33680  hypothetical protein  28.24 
 
 		 274 aa  53.5  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2554  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.57 
 
 		 635 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00914053 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3161  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.57 
 
 		 635 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706766  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38100  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31 
 
 		 632 aa  53.5  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.749235  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3913  xylose isomerase domain-containing protein  28.32 
 
 		 617 aa  52.4  0.000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.974395  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02058  hypothetical protein  33.62 
 
 		 626 aa  51.6  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224521  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6113  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.23 
 
 		 623 aa  52  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.471766 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5035  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.08 
 
 		 632 aa  50.8  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5449  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.75 
 
 		 615 aa  51.2  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1099  xylose isomerase domain-containing protein  31.82 
 
 		 293 aa  50.8  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4496  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.57 
 
 		 638 aa  50.4  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3692  xylose isomerase domain-containing protein  30.88 
 
 		 305 aa  49.3  0.00006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  29.58 
 
 		 272 aa  49.7  0.00006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4079  xylose isomerase domain-containing protein  26.23 
 
 		 629 aa  49.3  0.00007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5095  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  29.13 
 
 		 604 aa  48.9  0.00008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0443788 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1656  xylose isomerase domain-containing protein  28.49 
 
 		 297 aa  48.1  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.876977 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3320  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.39 
 
 		 630 aa  47.4  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4415  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.89 
 
 		 628 aa  47  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.89 
 
 		 628 aa  47  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.92924  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.81 
 
 		 280 aa  45.8  0.0008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1560  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.05 
 
 		 632 aa  44.3  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.288895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1586  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.09 
 
 		 621 aa  44.3  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.435654  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3597  xylose isomerase domain-containing protein  31.52 
 
 		 270 aa  43.1  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.791675  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1854  xylose isomerase-like TIM barrel  25.86 
 
 		 297 aa  42.7  0.006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.151277  normal  0.216619 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.23 
 
 		 628 aa  42.4  0.009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3702  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.81 
 
 		 313 aa  42  0.01  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.909161  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>