101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_3911 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_3911  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 257 aa  508  1e-143  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0998183 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3597  xylose isomerase domain-containing protein  48.55 
 
 		 270 aa  134  9.999999999999999e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.791675  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3326  xylose isomerase domain-containing protein  31.02 
 
 		 284 aa  91.3  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  35.34 
 
 		 272 aa  80.9  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3304  xylose isomerase domain-containing protein  39.85 
 
 		 283 aa  79  0.00000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184902 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0839  xylose isomerase domain-containing protein  29.6 
 
 		 292 aa  78.6  0.00000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3640  xylose isomerase domain-containing protein  32.41 
 
 		 288 aa  77  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3418  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.14 
 
 		 630 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0242311  normal  0.14685 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  34.38 
 
 		 628 aa  70.5  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.92924  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4415  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  34.38 
 
 		 628 aa  70.5  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5194  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.82 
 
 		 630 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3062  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.82 
 
 		 630 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.82 
 
 		 630 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.114512 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4963  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.82 
 
 		 630 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0115166 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4666  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.67 
 
 		 630 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.735725 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6806  xylose isomerase domain-containing protein  30.2 
 
 		 283 aa  67.8  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0343  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30 
 
 		 630 aa  67  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.880013 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  30.23 
 
 		 687 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4496  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  33 
 
 		 638 aa  67  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.19 
 
 		 627 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4090  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.06 
 
 		 645 aa  64.3  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00816269 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0848  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30 
 
 		 684 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1894  putative amino acid dioxygenase  29.73 
 
 		 684 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1752  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30 
 
 		 684 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.10433  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2205  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30 
 
 		 684 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0577  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30 
 
 		 687 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0481  AP endonuclease  29.73 
 
 		 684 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0891  AP endonuclease  30 
 
 		 684 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.940921  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5035  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  33.59 
 
 		 632 aa  62.8  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02058  hypothetical protein  32.65 
 
 		 626 aa  62.4  0.000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224521  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2130  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  36.26 
 
 		 635 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0402618  normal  0.678263 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2346  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  36.26 
 
 		 635 aa  62.4  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4079  xylose isomerase domain-containing protein  31.39 
 
 		 629 aa  61.2  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3913  xylose isomerase domain-containing protein  31.62 
 
 		 617 aa  62  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.974395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6104  xylose isomerase domain-containing protein  26.91 
 
 		 278 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5095  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  29.6 
 
 		 604 aa  62  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0443788 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1560  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.64 
 
 		 632 aa  60.8  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.288895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3840  xylose isomerase domain-containing protein  40 
 
 		 280 aa  60.8  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.479073 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4905  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.3 
 
 		 633 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0882  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.19 
 
 		 627 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.923988 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0606  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.1 
 
 		 624 aa  59.7  0.00000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0633938 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38100  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.35 
 
 		 632 aa  59.7  0.00000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.749235  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.91 
 
 		 615 aa  58.5  0.00000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.63 
 
 		 628 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3320  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.36 
 
 		 630 aa  58.2  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0327  hypothetical protein  28.12 
 
 		 634 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.627098  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2225  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.37 
 
 		 635 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.8 
 
 		 624 aa  57  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03000  hypothetical protein  28.91 
 
 		 634 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135939 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  28.68 
 
 		 635 aa  56.2  0.0000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0793  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.36 
 
 		 313 aa  55.8  0.0000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2191  sugar phosphate isomerases/epimerases  28.62 
 
 		 273 aa  55.8  0.0000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1392  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.06 
 
 		 266 aa  55.8  0.0000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3362  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.25 
 
 		 635 aa  55.5  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.789434 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2554  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.25 
 
 		 635 aa  55.5  0.0000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00914053 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3161  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.25 
 
 		 635 aa  55.5  0.0000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4909  xylose isomerase-like TIM barrel  25.81 
 
 		 271 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1854  xylose isomerase-like TIM barrel  24.55 
 
 		 297 aa  55.1  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.151277  normal  0.216619 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0115  xylose isomerase domain-containing protein  29.8 
 
 		 286 aa  54.7  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.99603  normal  0.236776 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1656  xylose isomerase domain-containing protein  29.66 
 
 		 297 aa  53.9  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.876977 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2702  xylose isomerase domain-containing protein  30.81 
 
 		 275 aa  54.3  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.964957  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30200  Xylose isomerase-type TIM-barrel protein  30.24 
 
 		 271 aa  53.1  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.03 
 
 		 630 aa  52.8  0.000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1079  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  29.19 
 
 		 266 aa  52.8  0.000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3692  xylose isomerase domain-containing protein  33.62 
 
 		 305 aa  52.4  0.000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2375  xylose isomerase-like TIM barrel  29.75 
 
 		 477 aa  50.8  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02960  hypothetical protein  28.65 
 
 		 271 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000610778 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3684  xylose isomerase domain-containing protein  35.24 
 
 		 277 aa  50.8  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.414118  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2699  xylose isomerase domain-containing protein  31.58 
 
 		 277 aa  51.2  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.254699 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2149  xylose isomerase domain-containing protein  31.78 
 
 		 271 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.398235 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.91 
 
 		 280 aa  50.4  0.00003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6113  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.26 
 
 		 623 aa  50.1  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.471766 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1216  xylose isomerase domain-containing protein  31.21 
 
 		 270 aa  50.1  0.00004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4428  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.55 
 
 		 633 aa  49.3  0.00007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3460  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.21 
 
 		 274 aa  48.9  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29070  sugar phosphate isomerase/epimerase  26.89 
 
 		 288 aa  48.5  0.00009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1508  xylose isomerase-like TIM barrel  27.78 
 
 		 295 aa  48.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291962  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6321  xylose isomerase domain-containing protein  27.78 
 
 		 295 aa  48.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4442  xylose isomerase domain-containing protein  29.22 
 
 		 298 aa  48.5  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.481875  normal  0.31172 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6979  xylose isomerase domain-containing protein  27.78 
 
 		 295 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.363123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0122  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.55 
 
 		 627 aa  48.5  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134725  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4755  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.81 
 
 		 637 aa  47.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.304127  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33680  hypothetical protein  25.5 
 
 		 274 aa  47.8  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3367  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.2 
 
 		 298 aa  46.6  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0558916 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2673  xylose isomerase domain-containing protein  28.05 
 
 		 287 aa  46.2  0.0005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3240  xylose isomerase domain-containing protein  29.05 
 
 		 271 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308635  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2603  xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.58 
 
 		 271 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0698398 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3122  xylose isomerase domain-containing protein  29.9 
 
 		 271 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6726  putative endonuclease protein  24.04 
 
 		 285 aa  45.4  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.416579  normal  0.564821 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1719  hypothetical protein  26.77 
 
 		 293 aa  44.3  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1876  xylose isomerase domain-containing protein  27.88 
 
 		 264 aa  44.3  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0739188 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1777  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.67 
 
 		 262 aa  43.9  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3702  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 313 aa  44.3  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.909161  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1477  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.55 
 
 		 596 aa  43.5  0.003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal  0.313669 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1496  xylose isomerase domain-containing protein  29.91 
 
 		 270 aa  43.5  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4007  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.47 
 
 		 269 aa  43.5  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8641  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.79 
 
 		 269 aa  42.7  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1586  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25 
 
 		 621 aa  42.4  0.007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.435654  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2423  xylose isomerase domain-containing protein  26.13 
 
 		 285 aa  42.4  0.007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0964314  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2346  xylose isomerase domain-containing protein  31.07 
 
 		 276 aa  42.4  0.008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.848938 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>