101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_1719 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_1719  hypothetical protein  100 
 
 
293 aa  577  1e-164  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2019  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  80.69 
 
 
290 aa  437  1e-121  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.834913  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6726  putative endonuclease protein  63.41 
 
 
285 aa  331  1e-89  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.416579  normal  0.564821 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0137  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  61.65 
 
 
276 aa  325  5e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2423  xylose isomerase domain-containing protein  59.07 
 
 
285 aa  315  5e-85  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0964314  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4007  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  59.93 
 
 
269 aa  314  9.999999999999999e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1079  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  56.55 
 
 
266 aa  291  6e-78  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3367  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  56.99 
 
 
298 aa  286  2.9999999999999996e-76  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0558916 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2177  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  54.21 
 
 
279 aa  285  8e-76  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000702324 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2459  xylose isomerase domain-containing protein  55.56 
 
 
292 aa  273  3e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0140499  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29070  sugar phosphate isomerase/epimerase  52.98 
 
 
288 aa  268  1e-70  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06440  sugar phosphate isomerase/epimerase  53.79 
 
 
300 aa  265  5e-70  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2853  xylose isomerase domain-containing protein  55.19 
 
 
274 aa  261  6.999999999999999e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3334  xylose isomerase domain-containing protein  51.69 
 
 
277 aa  257  2e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  50.75 
 
 
276 aa  251  8.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2281  hitchhiker  0.0000101278 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0895  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  54.3 
 
 
298 aa  246  4e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0606369  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4011  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  50 
 
 
276 aa  245  6.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4583  xylose isomerase domain-containing protein  42.7 
 
 
278 aa  226  4e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3593  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  50.75 
 
 
265 aa  220  1.9999999999999999e-56  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.244317  normal  0.215314 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1107  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.74 
 
 
273 aa  219  5e-56  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0615  xylose isomerase domain-containing protein  47.35 
 
 
296 aa  214  9.999999999999999e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1856  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  46.29 
 
 
292 aa  212  4.9999999999999996e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04075  conserved hypothetical protein  43.33 
 
 
280 aa  210  2e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0808004  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04037  hypothetical protein  43.33 
 
 
280 aa  210  2e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0687839  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4680  AP endonuclease  43.7 
 
 
280 aa  209  3e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.110375  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6262  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.13 
 
 
278 aa  210  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0689378  normal  0.603305 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4771  AP endonuclease  43.33 
 
 
280 aa  209  6e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000229139  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4176  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  45.85 
 
 
394 aa  209  6e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346853  hitchhiker  0.000695283 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  47.81 
 
 
286 aa  207  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4453  AP endonuclease  42.96 
 
 
280 aa  207  2e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000121679  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3803  xylose isomerase domain-containing protein  42.96 
 
 
280 aa  207  2e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.465718  normal  0.675861 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2882  xylose isomerase domain-containing protein  42.44 
 
 
276 aa  196  3e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.57 
 
 
296 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.34 
 
 
274 aa  194  2e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.362033  normal  0.0199285 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2394  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.5 
 
 
316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.515446  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4228  xylose isomerase domain-containing protein  31.25 
 
 
268 aa  78.2  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1876  xylose isomerase domain-containing protein  29.62 
 
 
264 aa  66.6  0.0000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0739188 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1896  xylose isomerase-like TIM barrel  29.23 
 
 
264 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31703  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1942  xylose isomerase domain-containing protein  29.23 
 
 
264 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  32.39 
 
 
295 aa  63.2  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  33.09 
 
 
295 aa  63.2  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  28.03 
 
 
272 aa  60.8  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  30.32 
 
 
635 aa  59.7  0.00000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2495  xylose isomerase domain-containing protein  29.94 
 
 
261 aa  59.3  0.00000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4709  myo-inositol catabolism protein  25.27 
 
 
277 aa  55.8  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0492702  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  30.46 
 
 
250 aa  55.8  0.0000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  31.29 
 
 
293 aa  55.5  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.54 
 
 
288 aa  55.5  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  31.58 
 
 
290 aa  55.5  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4905  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.9 
 
 
633 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.28 
 
 
615 aa  54.3  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  28.68 
 
 
629 aa  53.1  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3320  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.85 
 
 
630 aa  53.1  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  23.33 
 
 
283 aa  53.1  0.000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.38 
 
 
630 aa  52.4  0.000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3362  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.49 
 
 
635 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.789434 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2554  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.49 
 
 
635 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00914053 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3161  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.49 
 
 
635 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706766  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2225  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.94 
 
 
635 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44574  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.57 
 
 
290 aa  50.8  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3597  xylose isomerase domain-containing protein  33.06 
 
 
270 aa  49.7  0.00005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.791675  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  30.39 
 
 
687 aa  48.9  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4496  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.7 
 
 
638 aa  48.9  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.22 
 
 
631 aa  48.1  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.39 
 
 
276 aa  47.8  0.0002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0606  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.81 
 
 
624 aa  47.8  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0633938 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2346  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  29.78 
 
 
635 aa  47  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6113  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.62 
 
 
623 aa  47  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.471766 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  31.37 
 
 
256 aa  47  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.15 
 
 
281 aa  46.6  0.0005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4428  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.26 
 
 
633 aa  46.2  0.0006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  27.01 
 
 
297 aa  46.2  0.0006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03000  hypothetical protein  29.94 
 
 
634 aa  46.2  0.0007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00135939 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  23.89 
 
 
270 aa  46.2  0.0007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  29.73 
 
 
288 aa  45.8  0.0007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2130  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.38 
 
 
635 aa  45.4  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0402618  normal  0.678263 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3113  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.26 
 
 
256 aa  45.4  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.787534  normal  0.440249 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4666  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.86 
 
 
630 aa  45.1  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.735725 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1560  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.64 
 
 
632 aa  45.1  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.288895  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.36 
 
 
290 aa  44.7  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4869  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.76 
 
 
310 aa  44.7  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3702  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.08 
 
 
313 aa  44.7  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.909161  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02058  hypothetical protein  29.05 
 
 
626 aa  43.9  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224521  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3911  xylose isomerase domain-containing protein  28.3 
 
 
257 aa  43.9  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0998183 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.71 
 
 
628 aa  44.3  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  26.92 
 
 
278 aa  43.9  0.004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  28.4 
 
 
289 aa  43.5  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4050  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.82 
 
 
284 aa  43.1  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00790933  normal  0.0910238 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5194  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.48 
 
 
630 aa  43.5  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5449  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.78 
 
 
615 aa  43.1  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29270  sugar phosphate isomerase/epimerase  28.76 
 
 
280 aa  43.5  0.005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1477  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.26 
 
 
596 aa  42.7  0.006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal  0.313669 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4090  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.93 
 
 
645 aa  43.1  0.006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00816269 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  25.74 
 
 
268 aa  42.7  0.006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4718  protein IolH  28.33 
 
 
294 aa  42.4  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.745442  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1026  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32 
 
 
287 aa  42.7  0.008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.86 
 
 
292 aa  42.7  0.008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5035  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.58 
 
 
632 aa  42.4  0.01  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.23 
 
 
628 aa  42.4  0.01  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.92924  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1918  Hydroxypyruvate isomerase  23.5 
 
 
260 aa  42.4  0.01  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0177301  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>