116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_4050 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_4050  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 284 aa  566  1e-160  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00790933  normal  0.0910238 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1810  xylose isomerase domain-containing protein  63.73 
 
 		 287 aa  376  1e-103  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.753291 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2748  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  61.84 
 
 		 318 aa  358  5e-98  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.652978  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0388  xylose isomerase domain-containing protein  52.25 
 
 		 290 aa  299  3e-80  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  50.17 
 
 		 291 aa  293  2e-78  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.401459  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3493  iolH protein  49.11 
 
 		 286 aa  291  7e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00667421  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3267  AP endonuclease  48.75 
 
 		 286 aa  291  8e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2321  xylose isomerase domain-containing protein  48.99 
 
 		 320 aa  286  2.9999999999999996e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50120  myo-inositol catabolism protein IolH  45.91 
 
 		 285 aa  283  2.0000000000000002e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1244  putative protein implicated IN myo-inositol catabolique pathway  50 
 
 		 303 aa  282  4.0000000000000003e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.341536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1679  xylose isomerase domain-containing protein  45.12 
 
 		 300 aa  281  7.000000000000001e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.338989  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1307  xylose isomerase domain-containing protein  50.51 
 
 		 304 aa  278  6e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0945  xylose isomerase-like TIM barrel  49.49 
 
 		 303 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.879537  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1427  xylose isomerase domain-containing protein  49.49 
 
 		 303 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.815598  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1405  xylose isomerase domain-containing protein  49.83 
 
 		 303 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2772  xylose isomerase domain-containing protein  45.3 
 
 		 304 aa  273  3e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.549003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1346  xylose isomerase domain-containing protein  49.49 
 
 		 304 aa  271  6e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4571  xylose isomerase-like TIM barrel  49.16 
 
 		 303 aa  270  1e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.985344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2927  xylose isomerase domain-containing protein  49.16 
 
 		 307 aa  269  4e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0837933  normal  0.217068 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0943  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  46.53 
 
 		 291 aa  267  2e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1049  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  44.3 
 
 		 304 aa  266  4e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.392718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1888  xylose isomerase domain-containing protein  48.65 
 
 		 303 aa  265  5e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0826  xylose isomerase domain-containing protein  45.45 
 
 		 290 aa  261  6.999999999999999e-69  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7804  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.96 
 
 		 299 aa  236  3e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4657  xylose isomerase domain-containing protein  38.83 
 
 		 294 aa  224  2e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.480222 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4718  protein IolH  36.49 
 
 		 294 aa  199  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.745442  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.51 
 
 		 276 aa  87  3e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  26.98 
 
 		 287 aa  73.2  0.000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  22.81 
 
 		 274 aa  65.9  0.0000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2826  xylose isomerase-like TIM barrel  25.48 
 
 		 338 aa  60.5  0.00000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.112108  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1195  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.14 
 
 		 356 aa  56.2  0.0000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.176107  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1061  xylose isomerase domain-containing protein  27.35 
 
 		 341 aa  56.2  0.0000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1362  Myo-inosose-2 dehydratase  25.75 
 
 		 294 aa  55.8  0.0000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  26.82 
 
 		 250 aa  55.5  0.0000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2881  xylose isomerase domain-containing protein  25.09 
 
 		 332 aa  55.1  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1733  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.21 
 
 		 339 aa  55.5  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2880  xylose isomerase domain-containing protein  24.91 
 
 		 335 aa  54.7  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2615  xylose isomerase domain-containing protein  24.73 
 
 		 332 aa  54.3  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2826  xylose isomerase domain-containing protein  28.18 
 
 		 378 aa  54.7  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4327  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.18 
 
 		 337 aa  53.9  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.239694 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2326  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.84 
 
 		 284 aa  53.5  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00147679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4048  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.15 
 
 		 286 aa  52.8  0.000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0393  xylose isomerase-like TIM barrel  26.06 
 
 		 333 aa  52.4  0.000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0897336  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3264  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.76 
 
 		 331 aa  52  0.00001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.26961  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0234  AMP-dependent synthetase and ligase  23.3 
 
 		 843 aa  50.4  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000591284  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0086  xylose isomerase domain-containing protein  23.53 
 
 		 334 aa  50.4  0.00004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.52 
 
 		 256 aa  50.1  0.00005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.3 
 
 		 282 aa  50.1  0.00005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.27 
 
 		 258 aa  49.3  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1018  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.23 
 
 		 318 aa  49.3  0.00007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.706274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.57 
 
 		 338 aa  49.3  0.00008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.639101  normal  0.0346444 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.13 
 
 		 258 aa  49.3  0.00008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3268  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 333 aa  48.9  0.00009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.60758 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.84 
 
 		 333 aa  48.9  0.00009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0121  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  20.08 
 
 		 290 aa  48.5  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1635  xylose isomerase domain-containing protein  27.14 
 
 		 352 aa  48.1  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.725748 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3113  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.01 
 
 		 256 aa  48.1  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.787534  normal  0.440249 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1355  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.38 
 
 		 335 aa  47.8  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.4275  normal  0.774655 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1167  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.03 
 
 		 306 aa  47.8  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0571  xylose isomerase domain-containing protein  22.7 
 
 		 333 aa  47.4  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1909  xylose isomerase domain-containing protein  22.7 
 
 		 333 aa  47.4  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3647  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.66 
 
 		 350 aa  47  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11110  sugar phosphate isomerase/epimerase  26.83 
 
 		 480 aa  47  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.479367  normal  0.230414 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.69 
 
 		 332 aa  47.4  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0323  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.1 
 
 		 536 aa  47.4  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4869  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.86 
 
 		 310 aa  47  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0287  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  20 
 
 		 290 aa  46.6  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.790888  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  26.09 
 
 		 295 aa  46.6  0.0005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3869  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.08 
 
 		 274 aa  46.6  0.0005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0966717  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0545  hypothetical protein  25.76 
 
 		 350 aa  46.2  0.0006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.685975  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  26.09 
 
 		 295 aa  46.2  0.0006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0122  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.9 
 
 		 627 aa  46.2  0.0006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134725  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1781  xylose isomerase domain-containing protein  26.29 
 
 		 347 aa  46.2  0.0007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2689  xylose isomerase-like TIM barrel  25.62 
 
 		 350 aa  45.8  0.0008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.35 
 
 		 262 aa  45.8  0.0008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0386  xylose isomerase domain-containing protein  22.95 
 
 		 306 aa  45.8  0.0009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  24.06 
 
 		 272 aa  45.4  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4767  xylose isomerase domain-containing protein  26.7 
 
 		 350 aa  45.4  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.222121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3409  xylose isomerase domain-containing protein  24.89 
 
 		 350 aa  45.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.822122  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4651  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  21.83 
 
 		 334 aa  45.4  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000654958 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00431  Xylose isomerase-like TIM barrel  23.81 
 
 		 355 aa  45.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.917632  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  25.43 
 
 		 256 aa  45.4  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1909  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.01 
 
 		 280 aa  45.4  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.51 
 
 		 282 aa  45.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5464  xylose isomerase domain-containing protein  24.21 
 
 		 279 aa  44.3  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.448037  normal  0.953141 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3138  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.67 
 
 		 359 aa  44.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11150  sugar phosphate isomerase/epimerase  20.7 
 
 		 335 aa  44.7  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.750375  normal  0.0940368 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2981  Myo-inosose-2 dehydratase  24.67 
 
 		 359 aa  44.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.833328 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0766  xylose isomerase-like protein  31.11 
 
 		 359 aa  44.3  0.003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2612  xylose isomerase domain-containing protein  26.32 
 
 		 294 aa  43.9  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3432  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.16 
 
 		 316 aa  43.5  0.003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0982928  normal  0.0112247 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4583  xylose isomerase domain-containing protein  22.68 
 
 		 278 aa  43.9  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3406  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.89 
 
 		 350 aa  43.9  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.548805 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2239  Mannonate dehydratase  29.22 
 
 		 317 aa  43.9  0.003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.314413 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4061  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.96 
 
 		 334 aa  43.9  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3432  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.12 
 
 		 350 aa  44.3  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0888  xylose isomerase domain-containing protein  25.33 
 
 		 351 aa  43.5  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.372272 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3704  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.89 
 
 		 350 aa  43.5  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1719  hypothetical protein  31.82 
 
 		 293 aa  43.1  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3969  xylose isomerase domain-containing protein  26.85 
 
 		 290 aa  43.1  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0171269  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>