171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4767 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4767  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 350 aa  712    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.222121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3831  hypothetical protein  73.71 
 
 		 350 aa  553  1e-156  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0160671  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0545  hypothetical protein  74.29 
 
 		 350 aa  548  1e-155  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.685975  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3406  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  73.71 
 
 		 350 aa  548  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.548805 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3704  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  74 
 
 		 350 aa  550  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1244  putative IolE, sugar phosphate isomerase/epimerase  74.57 
 
 		 352 aa  546  1e-154  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.516732  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0547  hypothetical protein  74 
 
 		 350 aa  545  1e-154  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2905  xylose isomerase domain-containing protein  74 
 
 		 352 aa  543  1e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2681  xylose isomerase domain-containing protein  74 
 
 		 352 aa  543  1e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.586843  normal  0.71626 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2788  xylose isomerase domain-containing protein  72.86 
 
 		 350 aa  542  1e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0951209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3409  xylose isomerase domain-containing protein  73.43 
 
 		 350 aa  543  1e-153  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.822122  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2241  xylose isomerase domain-containing protein  68.29 
 
 		 349 aa  498  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3672  hypothetical protein  66.29 
 
 		 349 aa  485  1e-136  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.257365  normal  0.156343 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0965  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  66.29 
 
 		 349 aa  485  1e-136  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0453  xylose isomerase-like TIM barrel  64.86 
 
 		 351 aa  479  1e-134  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00000058237  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5209  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  65.14 
 
 		 351 aa  479  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.625607  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0888  xylose isomerase domain-containing protein  65.43 
 
 		 351 aa  478  1e-134  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.372272 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7279  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  63.71 
 
 		 351 aa  480  1e-134  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4328  xylose isomerase domain-containing protein  65.8 
 
 		 352 aa  474  1e-132  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.462116 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0449  xylose isomerase-like TIM barrel  63.04 
 
 		 352 aa  468  1.0000000000000001e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1861  xylose isomerase domain-containing protein  63.14 
 
 		 351 aa  468  1.0000000000000001e-131  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0410034 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0427  xylose isomerase domain-containing protein  67.76 
 
 		 341 aa  468  1.0000000000000001e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4609  xylose isomerase domain-containing protein  65.53 
 
 		 351 aa  469  1.0000000000000001e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0474989 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1707  hypothetical protein  63.4 
 
 		 351 aa  466  9.999999999999999e-131  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0363  xylose isomerase domain-containing protein  62.86 
 
 		 350 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3432  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  61.71 
 
 		 350 aa  463  1e-129  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5055  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  60.86 
 
 		 350 aa  462  1e-129  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2544  xylose isomerase domain-containing protein  62 
 
 		 351 aa  464  1e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2826  xylose isomerase domain-containing protein  63.14 
 
 		 378 aa  462  1e-129  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2689  xylose isomerase-like TIM barrel  63.43 
 
 		 350 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1049  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  64 
 
 		 350 aa  459  9.999999999999999e-129  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.296998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2766  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  62.29 
 
 		 351 aa  460  9.999999999999999e-129  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.710607 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3092  xylose isomerase-like TIM barrel  61.71 
 
 		 351 aa  454  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0573293 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3647  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  60.57 
 
 		 350 aa  456  1e-127  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3129  endonuclease IV  61.79 
 
 		 336 aa  452  1.0000000000000001e-126  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1195  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  60.86 
 
 		 356 aa  449  1e-125  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.176107  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  60.57 
 
 		 356 aa  449  1e-125  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00431  Xylose isomerase-like TIM barrel  61.6 
 
 		 355 aa  448  1e-125  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.917632  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1635  xylose isomerase domain-containing protein  65.97 
 
 		 352 aa  446  1.0000000000000001e-124  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.725748 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4568  xylose isomerase domain-containing protein  61.43 
 
 		 354 aa  445  1.0000000000000001e-124  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3926  xylose isomerase domain-containing protein  59.14 
 
 		 351 aa  441  1e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.290509  normal  0.0304872 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1275  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  59.71 
 
 		 356 aa  439  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0766  xylose isomerase-like protein  61.96 
 
 		 359 aa  438  9.999999999999999e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1061  xylose isomerase domain-containing protein  60 
 
 		 341 aa  434  1e-121  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1733  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.23 
 
 		 339 aa  143  4e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.31 
 
 		 338 aa  135  9e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.639101  normal  0.0346444 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0571  xylose isomerase domain-containing protein  29.61 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11150  sugar phosphate isomerase/epimerase  30.15 
 
 		 335 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.750375  normal  0.0940368 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15580  sugar phosphate isomerase/epimerase  30.03 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1909  xylose isomerase domain-containing protein  29.31 
 
 		 333 aa  134  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.21 
 
 		 332 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2615  xylose isomerase domain-containing protein  29.17 
 
 		 332 aa  134  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2300  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.03 
 
 		 334 aa  134  3e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000000686385  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2881  xylose isomerase domain-containing protein  28.82 
 
 		 332 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0249  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.48 
 
 		 333 aa  129  7.000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3847  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.89 
 
 		 335 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4061  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.88 
 
 		 334 aa  127  3e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0393  xylose isomerase-like TIM barrel  31.6 
 
 		 333 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0897336  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2880  xylose isomerase domain-containing protein  29.54 
 
 		 335 aa  124  3e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1355  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.08 
 
 		 335 aa  124  3e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.4275  normal  0.774655 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3264  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.92 
 
 		 331 aa  123  4e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.26961  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3268  xylose isomerase domain-containing protein  29.76 
 
 		 333 aa  122  9e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.60758 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.04 
 
 		 333 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4651  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  28.66 
 
 		 334 aa  120  4.9999999999999996e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000654958 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8255  xylose isomerase domain-containing protein  29.36 
 
 		 335 aa  119  6e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.018151 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0086  xylose isomerase domain-containing protein  27 
 
 		 334 aa  119  7.999999999999999e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2826  xylose isomerase-like TIM barrel  31.77 
 
 		 338 aa  118  9.999999999999999e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.112108  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10540  sugar phosphate isomerase/epimerase  28.96 
 
 		 333 aa  119  9.999999999999999e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4327  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.27 
 
 		 337 aa  111  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.239694 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1781  xylose isomerase domain-containing protein  29.24 
 
 		 347 aa  102  7e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.53 
 
 		 322 aa  81.3  0.00000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1076  xylose isomerase domain-containing protein  25.31 
 
 		 308 aa  75.5  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2255  myo-inositol catabolism protein  29.94 
 
 		 298 aa  71.2  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2531  putative IolE protein  29.38 
 
 		 298 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.32551e-17 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2336  hypothetical protein  29.38 
 
 		 237 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2299  myo-inositol catabolism protein  29.38 
 
 		 298 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4013  Myo-inosose-2 dehydratase  28.57 
 
 		 297 aa  67.4  0.0000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0991  xylose isomerase domain-containing protein  22.08 
 
 		 304 aa  67  0.0000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0303  myo-inositol catabolism protein  28.73 
 
 		 298 aa  66.6  0.0000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2256  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.97 
 
 		 321 aa  66.6  0.0000000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.480899 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2001  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.32 
 
 		 659 aa  66.2  0.0000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0197966  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1807  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.74 
 
 		 277 aa  65.1  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1849  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.76 
 
 		 322 aa  64.7  0.000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0204  xylose isomerase domain-containing protein  25.69 
 
 		 322 aa  62.8  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0210  xylose isomerase domain-containing protein  25.69 
 
 		 322 aa  62.8  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  27.22 
 
 		 297 aa  62  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1577  myo-inositol catabolism protein  26.7 
 
 		 298 aa  61.2  0.00000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.357804  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2325  xylose isomerase domain-containing protein  29.05 
 
 		 303 aa  60.5  0.00000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5338  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.73 
 
 		 306 aa  59.7  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0218973  normal  0.666758 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1620  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.91 
 
 		 323 aa  59.3  0.0000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.652805 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.33 
 
 		 305 aa  57.8  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1615  hypothetical protein  27.84 
 
 		 298 aa  57  0.0000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4656  xylose isomerase domain-containing protein  25.41 
 
 		 298 aa  57.4  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.335563 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0345  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  19.35 
 
 		 312 aa  56.2  0.0000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1620  hypothetical protein  27.27 
 
 		 298 aa  55.5  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0049  xylose isomerase domain-containing protein  23.87 
 
 		 315 aa  55.8  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4720  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.44 
 
 		 284 aa  55.1  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1324  putative myo-inositol catabolism LolE protein  27.85 
 
 		 308 aa  55.5  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1362  Myo-inosose-2 dehydratase  29.19 
 
 		 294 aa  55.1  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2835  xylose isomerase domain-containing protein  26.71 
 
 		 310 aa  54.7  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.840707  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>