180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1733 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1733  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 339 aa  695    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  69.97 
 
 		 332 aa  475  1e-133  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0393  xylose isomerase-like TIM barrel  70.09 
 
 		 333 aa  466  9.999999999999999e-131  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0897336  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2615  xylose isomerase domain-containing protein  67.57 
 
 		 332 aa  465  9.999999999999999e-131  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3264  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  68.28 
 
 		 331 aa  467  9.999999999999999e-131  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.26961  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2881  xylose isomerase domain-containing protein  67.77 
 
 		 332 aa  461  1e-129  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3268  xylose isomerase domain-containing protein  67.47 
 
 		 333 aa  452  1.0000000000000001e-126  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.60758 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2826  xylose isomerase-like TIM barrel  69.78 
 
 		 338 aa  450  1e-125  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.112108  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1781  xylose isomerase domain-containing protein  63.11 
 
 		 347 aa  438  9.999999999999999e-123  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11150  sugar phosphate isomerase/epimerase  62.2 
 
 		 335 aa  416  9.999999999999999e-116  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.750375  normal  0.0940368 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2880  xylose isomerase domain-containing protein  63.95 
 
 		 335 aa  412  1e-114  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  63.25 
 
 		 333 aa  410  1e-113  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8255  xylose isomerase domain-containing protein  60.3 
 
 		 335 aa  405  1.0000000000000001e-112  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.018151 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1355  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  61.14 
 
 		 335 aa  402  1e-111  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.4275  normal  0.774655 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3847  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  62.89 
 
 		 335 aa  400  9.999999999999999e-111  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4651  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  59.52 
 
 		 334 aa  398  9.999999999999999e-111  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000654958 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4061  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  58.98 
 
 		 334 aa  397  1e-109  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0249  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  61.08 
 
 		 333 aa  395  1e-109  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0571  xylose isomerase domain-containing protein  60.48 
 
 		 333 aa  393  1e-108  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1909  xylose isomerase domain-containing protein  60.18 
 
 		 333 aa  392  1e-108  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0086  xylose isomerase domain-containing protein  60.06 
 
 		 334 aa  389  1e-107  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4327  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  59.58 
 
 		 337 aa  388  1e-107  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.239694 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15580  sugar phosphate isomerase/epimerase  58.38 
 
 		 333 aa  384  1e-106  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10540  sugar phosphate isomerase/epimerase  59.94 
 
 		 333 aa  385  1e-106  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  58.41 
 
 		 338 aa  384  1e-105  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.639101  normal  0.0346444 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2300  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  60.76 
 
 		 334 aa  364  1e-99  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000000686385  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00431  Xylose isomerase-like TIM barrel  34.5 
 
 		 355 aa  185  9e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.917632  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2689  xylose isomerase-like TIM barrel  34.6 
 
 		 350 aa  180  4e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1195  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.54 
 
 		 356 aa  179  7e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.176107  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1707  hypothetical protein  35.67 
 
 		 351 aa  177  2e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0427  xylose isomerase domain-containing protein  37.26 
 
 		 341 aa  176  4e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0766  xylose isomerase-like protein  35.03 
 
 		 359 aa  176  6e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1635  xylose isomerase domain-containing protein  35.99 
 
 		 352 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.725748 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1049  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.64 
 
 		 350 aa  174  1.9999999999999998e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.296998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0449  xylose isomerase-like TIM barrel  34.65 
 
 		 352 aa  173  3.9999999999999995e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2766  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.8 
 
 		 351 aa  172  6.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.710607 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5209  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.63 
 
 		 351 aa  171  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.625607  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1061  xylose isomerase domain-containing protein  36.28 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0453  xylose isomerase-like TIM barrel  35.67 
 
 		 351 aa  170  4e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00000058237  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.35 
 
 		 356 aa  170  4e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3092  xylose isomerase-like TIM barrel  34.59 
 
 		 351 aa  169  6e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0573293 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5055  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.44 
 
 		 350 aa  168  1e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2826  xylose isomerase domain-containing protein  35.76 
 
 		 378 aa  167  2.9999999999999998e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1275  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.71 
 
 		 356 aa  166  4e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4609  xylose isomerase domain-containing protein  34.92 
 
 		 351 aa  166  4e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0474989 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2544  xylose isomerase domain-containing protein  32.45 
 
 		 351 aa  165  9e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0965  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.19 
 
 		 349 aa  164  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0363  xylose isomerase domain-containing protein  31.85 
 
 		 350 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1861  xylose isomerase domain-containing protein  33.64 
 
 		 351 aa  162  6e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0410034 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3926  xylose isomerase domain-containing protein  34.12 
 
 		 351 aa  162  8.000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.290509  normal  0.0304872 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3432  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.12 
 
 		 350 aa  162  9e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3672  hypothetical protein  33.87 
 
 		 349 aa  161  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.257365  normal  0.156343 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3129  endonuclease IV  31.21 
 
 		 336 aa  161  2e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7279  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.48 
 
 		 351 aa  161  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4568  xylose isomerase domain-containing protein  35.08 
 
 		 354 aa  161  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0888  xylose isomerase domain-containing protein  32.68 
 
 		 351 aa  159  6e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.372272 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2241  xylose isomerase domain-containing protein  32.83 
 
 		 349 aa  158  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0545  hypothetical protein  33.13 
 
 		 350 aa  157  3e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.685975  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2788  xylose isomerase domain-containing protein  32.27 
 
 		 350 aa  157  3e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0951209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3409  xylose isomerase domain-containing protein  33.43 
 
 		 350 aa  155  7e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.822122  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4328  xylose isomerase domain-containing protein  34.31 
 
 		 352 aa  154  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.462116 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0547  hypothetical protein  32.83 
 
 		 350 aa  153  5e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3704  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.91 
 
 		 350 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3406  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.91 
 
 		 350 aa  152  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.548805 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3647  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.79 
 
 		 350 aa  152  8.999999999999999e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3831  hypothetical protein  32.12 
 
 		 350 aa  150  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0160671  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2905  xylose isomerase domain-containing protein  32.05 
 
 		 352 aa  150  4e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1244  putative IolE, sugar phosphate isomerase/epimerase  31.73 
 
 		 352 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.516732  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4767  xylose isomerase domain-containing protein  31.95 
 
 		 350 aa  144  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.222121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2681  xylose isomerase domain-containing protein  31.73 
 
 		 352 aa  143  4e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.586843  normal  0.71626 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1076  xylose isomerase domain-containing protein  30.77 
 
 		 308 aa  110  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.09 
 
 		 322 aa  107  4e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2948  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.92 
 
 		 323 aa  94  3e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1849  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.38 
 
 		 322 aa  92  1e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2792  xylose isomerase domain-containing protein  29.43 
 
 		 305 aa  91.3  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1085  xylose isomerase domain-containing protein  29.02 
 
 		 305 aa  90.5  4e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.230737 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1620  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.71 
 
 		 323 aa  88.6  1e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.652805 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1485  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.62 
 
 		 310 aa  88.2  2e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0008  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.55 
 
 		 322 aa  85.9  8e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1807  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.97 
 
 		 277 aa  84.3  0.000000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0582  xylose isomerase domain-containing protein  30.16 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0101642  normal  0.477879 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0049  xylose isomerase domain-containing protein  26.01 
 
 		 315 aa  84.3  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0991  xylose isomerase domain-containing protein  30.67 
 
 		 304 aa  84  0.000000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5338  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.3 
 
 		 306 aa  82.4  0.000000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0218973  normal  0.666758 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2917  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.9 
 
 		 304 aa  82.4  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.409323  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2256  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.19 
 
 		 321 aa  82  0.00000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.480899 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0345  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.56 
 
 		 312 aa  81.3  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1462  xylose isomerase-like  26.03 
 
 		 304 aa  80.5  0.00000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0792814  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2001  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.29 
 
 		 659 aa  77.4  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0197966  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0204  xylose isomerase domain-containing protein  29.91 
 
 		 322 aa  75.9  0.0000000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0210  xylose isomerase domain-containing protein  29.91 
 
 		 322 aa  75.9  0.0000000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4616  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.36 
 
 		 332 aa  74.3  0.000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3195  xylose isomerase domain-containing protein  24.77 
 
 		 313 aa  75.1  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.975656  normal  0.799705 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2962  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.81 
 
 		 304 aa  72  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1167  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.67 
 
 		 306 aa  68.2  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1812  xylose isomerase domain-containing protein  24.78 
 
 		 329 aa  67.4  0.0000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.617745 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2764  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.34 
 
 		 332 aa  65.1  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.455459  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0119  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.77 
 
 		 338 aa  64.3  0.000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33700  hypothetical protein  27.04 
 
 		 313 aa  63.5  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4720  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.93 
 
 		 284 aa  62.8  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>