136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5209 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_5209  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 351 aa  720    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.625607  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0453  xylose isomerase-like TIM barrel  77.78 
 
 		 351 aa  569  1e-161  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00000058237  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4328  xylose isomerase domain-containing protein  77.01 
 
 		 352 aa  554  1e-157  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.462116 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2788  xylose isomerase domain-containing protein  73.71 
 
 		 350 aa  554  1e-156  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0951209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0888  xylose isomerase domain-containing protein  74.57 
 
 		 351 aa  552  1e-156  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.372272 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3672  hypothetical protein  74.86 
 
 		 349 aa  545  1e-154  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.257365  normal  0.156343 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0965  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  74.57 
 
 		 349 aa  541  1e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3406  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  72.57 
 
 		 350 aa  543  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.548805 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3831  hypothetical protein  73.71 
 
 		 350 aa  543  1e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0160671  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3704  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  72.57 
 
 		 350 aa  544  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0545  hypothetical protein  72.57 
 
 		 350 aa  540  9.999999999999999e-153  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.685975  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7279  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  72.86 
 
 		 351 aa  540  9.999999999999999e-153  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0427  xylose isomerase domain-containing protein  76.72 
 
 		 341 aa  539  9.999999999999999e-153  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0547  hypothetical protein  72.29 
 
 		 350 aa  536  1e-151  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3409  xylose isomerase domain-containing protein  71.43 
 
 		 350 aa  536  1e-151  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.822122  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1049  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  72 
 
 		 350 aa  534  1e-151  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.296998  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3647  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  70.29 
 
 		 350 aa  529  1e-149  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1861  xylose isomerase domain-containing protein  69.43 
 
 		 351 aa  527  1e-148  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0410034 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2241  xylose isomerase domain-containing protein  72.29 
 
 		 349 aa  525  1e-148  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1707  hypothetical protein  69.63 
 
 		 351 aa  521  1e-147  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3432  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  69.71 
 
 		 350 aa  518  1e-146  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3129  endonuclease IV  71.94 
 
 		 336 aa  514  1.0000000000000001e-145  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0449  xylose isomerase-like TIM barrel  70.2 
 
 		 352 aa  512  1e-144  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2681  xylose isomerase domain-containing protein  69.43 
 
 		 352 aa  511  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.586843  normal  0.71626 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1244  putative IolE, sugar phosphate isomerase/epimerase  69.14 
 
 		 352 aa  510  1e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.516732  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2905  xylose isomerase domain-containing protein  68.86 
 
 		 352 aa  509  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4609  xylose isomerase domain-containing protein  70.66 
 
 		 351 aa  509  1e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0474989 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2826  xylose isomerase domain-containing protein  70 
 
 		 378 aa  510  1e-143  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4568  xylose isomerase domain-containing protein  67.81 
 
 		 354 aa  502  1e-141  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0363  xylose isomerase domain-containing protein  66.86 
 
 		 350 aa  498  1e-140  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5055  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  66.29 
 
 		 350 aa  498  1e-140  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2689  xylose isomerase-like TIM barrel  67.14 
 
 		 350 aa  494  1e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1195  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  67.71 
 
 		 356 aa  491  9.999999999999999e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.176107  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3092  xylose isomerase-like TIM barrel  66.57 
 
 		 351 aa  488  1e-137  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0573293 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2544  xylose isomerase domain-containing protein  64.86 
 
 		 351 aa  484  1e-136  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  68 
 
 		 356 aa  484  1e-136  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2766  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  64 
 
 		 351 aa  486  1e-136  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.710607 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1061  xylose isomerase domain-containing protein  67.06 
 
 		 341 aa  482  1e-135  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00431  Xylose isomerase-like TIM barrel  67.15 
 
 		 355 aa  484  1e-135  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.917632  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4767  xylose isomerase domain-containing protein  65.14 
 
 		 350 aa  479  1e-134  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.222121  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1275  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  67.43 
 
 		 356 aa  479  1e-134  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3926  xylose isomerase domain-containing protein  64.57 
 
 		 351 aa  476  1e-133  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.290509  normal  0.0304872 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0766  xylose isomerase-like protein  63.98 
 
 		 359 aa  470  1.0000000000000001e-131  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1635  xylose isomerase domain-containing protein  63.35 
 
 		 352 aa  454  1e-127  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.725748 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1733  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.09 
 
 		 339 aa  171  2e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2826  xylose isomerase-like TIM barrel  34.55 
 
 		 338 aa  152  7e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.112108  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.96 
 
 		 338 aa  152  1e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.639101  normal  0.0346444 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2881  xylose isomerase domain-containing protein  31.56 
 
 		 332 aa  150  3e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2615  xylose isomerase domain-containing protein  31.25 
 
 		 332 aa  150  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0393  xylose isomerase-like TIM barrel  33.67 
 
 		 333 aa  150  4e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0897336  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3847  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.3 
 
 		 335 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8255  xylose isomerase domain-containing protein  32.13 
 
 		 335 aa  148  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.018151 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3264  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.89 
 
 		 331 aa  148  1.0000000000000001e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.26961  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15580  sugar phosphate isomerase/epimerase  31.85 
 
 		 333 aa  146  4.0000000000000006e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4651  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  31.82 
 
 		 334 aa  145  1e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000654958 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2880  xylose isomerase domain-containing protein  31.37 
 
 		 335 aa  144  3e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.99 
 
 		 332 aa  143  5e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4061  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.75 
 
 		 334 aa  143  5e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0086  xylose isomerase domain-containing protein  31.05 
 
 		 334 aa  141  9.999999999999999e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11150  sugar phosphate isomerase/epimerase  29.94 
 
 		 335 aa  142  9.999999999999999e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.750375  normal  0.0940368 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4327  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.92 
 
 		 337 aa  140  3e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.239694 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1781  xylose isomerase domain-containing protein  33.23 
 
 		 347 aa  140  3.9999999999999997e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3268  xylose isomerase domain-containing protein  30.75 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.60758 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10540  sugar phosphate isomerase/epimerase  29.76 
 
 		 333 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0571  xylose isomerase domain-containing protein  29.59 
 
 		 333 aa  133  3.9999999999999996e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1909  xylose isomerase domain-containing protein  29.29 
 
 		 333 aa  132  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0249  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.35 
 
 		 333 aa  132  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1355  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.66 
 
 		 335 aa  127  3e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.4275  normal  0.774655 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2300  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.54 
 
 		 334 aa  126  6e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000000686385  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.57 
 
 		 333 aa  122  9.999999999999999e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1076  xylose isomerase domain-containing protein  23.55 
 
 		 308 aa  57  0.0000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2255  myo-inositol catabolism protein  26.9 
 
 		 298 aa  55.5  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.36 
 
 		 305 aa  55.1  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.33 
 
 		 322 aa  54.7  0.000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2531  putative IolE protein  26.32 
 
 		 298 aa  53.5  0.000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.32551e-17 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3969  xylose isomerase domain-containing protein  32.48 
 
 		 290 aa  52.8  0.000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0171269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2612  xylose isomerase domain-containing protein  28.27 
 
 		 294 aa  52  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5338  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.52 
 
 		 306 aa  52.4  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0218973  normal  0.666758 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1342  Myo-inosose-2 dehydratase  26.58 
 
 		 296 aa  52.4  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4213  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.46 
 
 		 340 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0303  myo-inositol catabolism protein  25.73 
 
 		 298 aa  50.8  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4013  Myo-inosose-2 dehydratase  27.03 
 
 		 297 aa  51.2  0.00003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2001  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.93 
 
 		 659 aa  51.2  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0197966  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3352  Myo-inosose-2 dehydratase  28.3 
 
 		 296 aa  50.1  0.00005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0467219  normal  0.0568196 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1596  xylose isomerase domain-containing protein  22.86 
 
 		 310 aa  50.4  0.00005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1133  Myo-inosose-2 dehydratase  36.26 
 
 		 305 aa  49.7  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.459716  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3333  Myo-inosose-2 dehydratase  27.82 
 
 		 296 aa  49.7  0.00008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2336  hypothetical protein  25.15 
 
 		 237 aa  48.9  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2299  myo-inositol catabolism protein  25.15 
 
 		 298 aa  49.3  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1521  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.03 
 
 		 294 aa  48.9  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1816  xylose isomerase domain-containing protein  25.69 
 
 		 304 aa  49.3  0.0001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.670883 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28 
 
 		 924 aa  48.9  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0345  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20.77 
 
 		 312 aa  48.9  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2995  Myo-inosose-2 dehydratase  25.32 
 
 		 296 aa  48.5  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1362  Myo-inosose-2 dehydratase  28.57 
 
 		 294 aa  48.1  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5448  Myo-inosose-2 dehydratase  28.95 
 
 		 295 aa  47.8  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.10992  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1577  myo-inositol catabolism protein  27.33 
 
 		 298 aa  47.4  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.357804  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2325  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 303 aa  47.8  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0043  xylose isomerase domain-containing protein  31.87 
 
 		 308 aa  47.4  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2835  xylose isomerase domain-containing protein  26 
 
 		 310 aa  47.4  0.0004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.840707  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>