122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2300 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_2300  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 334 aa  679    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000000686385  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11150  sugar phosphate isomerase/epimerase  86.19 
 
 		 335 aa  601  1.0000000000000001e-171  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.750375  normal  0.0940368 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4061  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  77.34 
 
 		 334 aa  543  1e-153  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8255  xylose isomerase domain-containing protein  79.28 
 
 		 335 aa  540  9.999999999999999e-153  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.018151 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4651  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  76.44 
 
 		 334 aa  538  9.999999999999999e-153  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000654958 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1355  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  76.65 
 
 		 335 aa  527  1e-149  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.4275  normal  0.774655 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3847  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  77.6 
 
 		 335 aa  518  1e-146  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2880  xylose isomerase domain-containing protein  77.47 
 
 		 335 aa  517  1e-146  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  73.95 
 
 		 333 aa  515  1.0000000000000001e-145  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10540  sugar phosphate isomerase/epimerase  73.95 
 
 		 333 aa  512  1e-144  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4327  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  72.59 
 
 		 337 aa  501  1e-141  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.239694 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0571  xylose isomerase domain-containing protein  73.65 
 
 		 333 aa  496  1e-139  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1909  xylose isomerase domain-containing protein  73.65 
 
 		 333 aa  496  1e-139  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0086  xylose isomerase domain-containing protein  71.84 
 
 		 334 aa  489  1e-137  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  73.8 
 
 		 338 aa  488  1e-137  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.639101  normal  0.0346444 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0249  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  71.86 
 
 		 333 aa  490  1e-137  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15580  sugar phosphate isomerase/epimerase  71 
 
 		 333 aa  491  1e-137  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  64.65 
 
 		 332 aa  435  1e-121  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2615  xylose isomerase domain-containing protein  64.05 
 
 		 332 aa  434  1e-121  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2881  xylose isomerase domain-containing protein  64.05 
 
 		 332 aa  432  1e-120  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0393  xylose isomerase-like TIM barrel  61.89 
 
 		 333 aa  420  1e-116  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0897336  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3264  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  60.73 
 
 		 331 aa  409  1e-113  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.26961  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1733  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  60.25 
 
 		 339 aa  390  1e-107  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3268  xylose isomerase domain-containing protein  55.12 
 
 		 333 aa  355  7.999999999999999e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.60758 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2826  xylose isomerase-like TIM barrel  56.52 
 
 		 338 aa  351  8e-96  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.112108  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1781  xylose isomerase domain-containing protein  52.45 
 
 		 347 aa  338  9.999999999999999e-92  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0453  xylose isomerase-like TIM barrel  34.45 
 
 		 351 aa  167  2e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00000058237  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00431  Xylose isomerase-like TIM barrel  32.05 
 
 		 355 aa  166  5.9999999999999996e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.917632  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1861  xylose isomerase domain-containing protein  33.54 
 
 		 351 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0410034 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0449  xylose isomerase-like TIM barrel  32.93 
 
 		 352 aa  162  7e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0766  xylose isomerase-like protein  34.95 
 
 		 359 aa  161  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2689  xylose isomerase-like TIM barrel  32.17 
 
 		 350 aa  159  8e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1061  xylose isomerase domain-containing protein  33.43 
 
 		 341 aa  159  8e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0965  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.49 
 
 		 349 aa  155  7e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1195  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.32 
 
 		 356 aa  155  7e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.176107  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4609  xylose isomerase domain-containing protein  32.83 
 
 		 351 aa  153  2.9999999999999998e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0474989 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3647  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.35 
 
 		 350 aa  153  5e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3672  hypothetical protein  30.18 
 
 		 349 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.257365  normal  0.156343 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2241  xylose isomerase domain-containing protein  31.4 
 
 		 349 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0888  xylose isomerase domain-containing protein  31.31 
 
 		 351 aa  152  8e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.372272 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1635  xylose isomerase domain-containing protein  31.82 
 
 		 352 aa  150  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.725748 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4568  xylose isomerase domain-containing protein  31.1 
 
 		 354 aa  149  5e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0363  xylose isomerase domain-containing protein  29.27 
 
 		 350 aa  149  5e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1049  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.86 
 
 		 350 aa  149  6e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.296998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3092  xylose isomerase-like TIM barrel  31.91 
 
 		 351 aa  149  7e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0573293 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2766  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.91 
 
 		 351 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.710607 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2544  xylose isomerase domain-containing protein  31 
 
 		 351 aa  147  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0427  xylose isomerase domain-containing protein  32.83 
 
 		 341 aa  147  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2826  xylose isomerase domain-containing protein  31.96 
 
 		 378 aa  147  3e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4328  xylose isomerase domain-containing protein  32.32 
 
 		 352 aa  146  5e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.462116 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4767  xylose isomerase domain-containing protein  31.38 
 
 		 350 aa  145  7.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.222121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3432  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.35 
 
 		 350 aa  144  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3926  xylose isomerase domain-containing protein  30.7 
 
 		 351 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.290509  normal  0.0304872 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5055  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.97 
 
 		 350 aa  144  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1275  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.67 
 
 		 356 aa  144  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.84 
 
 		 356 aa  143  3e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1707  hypothetical protein  31.05 
 
 		 351 aa  142  6e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5209  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.64 
 
 		 351 aa  140  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.625607  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7279  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.07 
 
 		 351 aa  139  6e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3129  endonuclease IV  29.39 
 
 		 336 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_004310  BR0545  hypothetical protein  30.49 
 
 		 350 aa  135  9e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.685975  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3409  xylose isomerase domain-containing protein  29.88 
 
 		 350 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.822122  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2788  xylose isomerase domain-containing protein  29.27 
 
 		 350 aa  134  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0951209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3831  hypothetical protein  29.18 
 
 		 350 aa  132  7.999999999999999e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0160671  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0547  hypothetical protein  30.18 
 
 		 350 aa  132  9e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3406  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.66 
 
 		 350 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.548805 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3704  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.66 
 
 		 350 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2905  xylose isomerase domain-containing protein  28.35 
 
 		 352 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1244  putative IolE, sugar phosphate isomerase/epimerase  28.35 
 
 		 352 aa  126  5e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.516732  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2681  xylose isomerase domain-containing protein  28.96 
 
 		 352 aa  126  5e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.586843  normal  0.71626 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.57 
 
 		 322 aa  119  9.999999999999999e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0049  xylose isomerase domain-containing protein  26.06 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1807  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.77 
 
 		 277 aa  107  2e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0991  xylose isomerase domain-containing protein  29.85 
 
 		 304 aa  99.8  7e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1849  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.38 
 
 		 322 aa  97.8  3e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0008  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.41 
 
 		 322 aa  94  3e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1085  xylose isomerase domain-containing protein  28.18 
 
 		 305 aa  94  3e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.230737 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2792  xylose isomerase domain-containing protein  28.18 
 
 		 305 aa  93.6  4e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1462  xylose isomerase-like  26.81 
 
 		 304 aa  92.8  7e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0792814  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2962  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.65 
 
 		 304 aa  91.3  2e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1076  xylose isomerase domain-containing protein  27.19 
 
 		 308 aa  89.7  6e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2917  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.86 
 
 		 304 aa  89  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.409323  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1167  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.24 
 
 		 306 aa  87.4  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0582  xylose isomerase domain-containing protein  27.51 
 
 		 305 aa  87  4e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0101642  normal  0.477879 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3195  xylose isomerase domain-containing protein  25.6 
 
 		 313 aa  86.3  6e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.975656  normal  0.799705 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4616  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.66 
 
 		 332 aa  83.6  0.000000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2256  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.74 
 
 		 321 aa  82.4  0.000000000000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.480899 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1812  xylose isomerase domain-containing protein  27.3 
 
 		 329 aa  80.1  0.00000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.617745 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1620  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.53 
 
 		 323 aa  77.8  0.0000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.652805 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33700  hypothetical protein  25.15 
 
 		 313 aa  76.3  0.0000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2001  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30 
 
 		 659 aa  75.5  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0197966  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2948  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.07 
 
 		 323 aa  73.6  0.000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0345  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.68 
 
 		 312 aa  72.8  0.000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0204  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 322 aa  72.8  0.000000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0210  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 322 aa  72.8  0.000000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2764  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.43 
 
 		 332 aa  72  0.00000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.455459  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5338  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.84 
 
 		 306 aa  69.7  0.00000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0218973  normal  0.666758 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4720  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.76 
 
 		 284 aa  69.7  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0119  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.35 
 
 		 338 aa  69.3  0.00000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1485  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.8 
 
 		 310 aa  67.4  0.0000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>