166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1275 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1275  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 356 aa  741    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  96.62 
 
 		 356 aa  694    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1195  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  76.9 
 
 		 356 aa  578  1e-164  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.176107  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4568  xylose isomerase domain-containing protein  71.1 
 
 		 354 aa  526  1e-148  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1061  xylose isomerase domain-containing protein  72.62 
 
 		 341 aa  522  1e-147  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1049  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  69.43 
 
 		 350 aa  508  1e-143  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.296998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4609  xylose isomerase domain-containing protein  70.37 
 
 		 351 aa  502  1e-141  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0474989 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1707  hypothetical protein  67.72 
 
 		 351 aa  491  9.999999999999999e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3672  hypothetical protein  67.71 
 
 		 349 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.257365  normal  0.156343 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0427  xylose isomerase domain-containing protein  70.75 
 
 		 341 aa  493  9.999999999999999e-139  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0965  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  67.71 
 
 		 349 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5209  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  67.43 
 
 		 351 aa  490  1e-137  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.625607  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0453  xylose isomerase-like TIM barrel  67.14 
 
 		 351 aa  489  1e-137  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00000058237  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2241  xylose isomerase domain-containing protein  67.14 
 
 		 349 aa  488  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3647  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  64 
 
 		 350 aa  485  1e-136  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0888  xylose isomerase domain-containing protein  65.53 
 
 		 351 aa  484  1e-136  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.372272 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2689  xylose isomerase-like TIM barrel  64.86 
 
 		 350 aa  478  1e-134  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4328  xylose isomerase domain-containing protein  65.9 
 
 		 352 aa  479  1e-134  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.462116 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0766  xylose isomerase-like protein  63.53 
 
 		 359 aa  472  1e-132  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5055  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  64 
 
 		 350 aa  471  1e-132  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0363  xylose isomerase domain-containing protein  65.14 
 
 		 350 aa  472  1e-132  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1861  xylose isomerase domain-containing protein  62.11 
 
 		 351 aa  470  1.0000000000000001e-131  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0410034 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2826  xylose isomerase domain-containing protein  63.71 
 
 		 378 aa  462  1e-129  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3406  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  61.14 
 
 		 350 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.548805 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3704  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  61.14 
 
 		 350 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3409  xylose isomerase domain-containing protein  61.43 
 
 		 350 aa  459  9.999999999999999e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.822122  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0545  hypothetical protein  61.14 
 
 		 350 aa  457  1e-127  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.685975  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3092  xylose isomerase-like TIM barrel  62.57 
 
 		 351 aa  454  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0573293 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0449  xylose isomerase-like TIM barrel  63.04 
 
 		 352 aa  455  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1635  xylose isomerase domain-containing protein  61.47 
 
 		 352 aa  454  1e-127  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.725748 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00431  Xylose isomerase-like TIM barrel  62 
 
 		 355 aa  456  1e-127  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.917632  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3831  hypothetical protein  61.43 
 
 		 350 aa  456  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0160671  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7279  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  60.97 
 
 		 351 aa  454  1.0000000000000001e-126  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0547  hypothetical protein  60.86 
 
 		 350 aa  453  1.0000000000000001e-126  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2766  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  61.14 
 
 		 351 aa  451  1e-125  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.710607 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3432  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  62 
 
 		 350 aa  448  1e-125  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3926  xylose isomerase domain-containing protein  60.86 
 
 		 351 aa  451  1e-125  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.290509  normal  0.0304872 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3129  endonuclease IV  62.99 
 
 		 336 aa  446  1.0000000000000001e-124  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4767  xylose isomerase domain-containing protein  59.71 
 
 		 350 aa  447  1.0000000000000001e-124  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.222121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2788  xylose isomerase domain-containing protein  58.86 
 
 		 350 aa  442  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0951209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2544  xylose isomerase domain-containing protein  60.11 
 
 		 351 aa  435  1e-121  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1244  putative IolE, sugar phosphate isomerase/epimerase  57.43 
 
 		 352 aa  423  1e-117  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.516732  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2905  xylose isomerase domain-containing protein  57.14 
 
 		 352 aa  422  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2681  xylose isomerase domain-containing protein  57.43 
 
 		 352 aa  421  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.586843  normal  0.71626 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1733  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.53 
 
 		 339 aa  170  4e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0393  xylose isomerase-like TIM barrel  33.23 
 
 		 333 aa  157  4e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0897336  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3264  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.8 
 
 		 331 aa  154  2e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.26961  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11150  sugar phosphate isomerase/epimerase  30.99 
 
 		 335 aa  154  2e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.750375  normal  0.0940368 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2615  xylose isomerase domain-containing protein  30.99 
 
 		 332 aa  153  4e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15580  sugar phosphate isomerase/epimerase  31.03 
 
 		 333 aa  153  4e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8255  xylose isomerase domain-containing protein  33.44 
 
 		 335 aa  152  8.999999999999999e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.018151 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2881  xylose isomerase domain-containing protein  31.31 
 
 		 332 aa  151  1e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3847  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.79 
 
 		 335 aa  151  1e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2826  xylose isomerase-like TIM barrel  33.99 
 
 		 338 aa  150  3e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.112108  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3268  xylose isomerase domain-containing protein  32.8 
 
 		 333 aa  150  3e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.60758 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0249  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.77 
 
 		 333 aa  150  4e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4061  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.57 
 
 		 334 aa  150  5e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1781  xylose isomerase domain-containing protein  34.36 
 
 		 347 aa  147  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2880  xylose isomerase domain-containing protein  31.68 
 
 		 335 aa  145  8.000000000000001e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4651  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  30.99 
 
 		 334 aa  145  1e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000654958 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.39 
 
 		 332 aa  144  2e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10540  sugar phosphate isomerase/epimerase  30.89 
 
 		 333 aa  144  3e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.56 
 
 		 338 aa  144  3e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.639101  normal  0.0346444 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2300  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.59 
 
 		 334 aa  139  7e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000000686385  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1355  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.47 
 
 		 335 aa  139  7e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.4275  normal  0.774655 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1909  xylose isomerase domain-containing protein  28.92 
 
 		 333 aa  139  1e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.07 
 
 		 333 aa  138  2e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4327  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.23 
 
 		 337 aa  137  3.0000000000000003e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.239694 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0086  xylose isomerase domain-containing protein  28.66 
 
 		 334 aa  137  3.0000000000000003e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0571  xylose isomerase domain-containing protein  28.62 
 
 		 333 aa  137  3.0000000000000003e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1076  xylose isomerase domain-containing protein  25.38 
 
 		 308 aa  79.7  0.00000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1849  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.15 
 
 		 322 aa  74.3  0.000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2325  xylose isomerase domain-containing protein  32.48 
 
 		 303 aa  70.5  0.00000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2255  myo-inositol catabolism protein  29.49 
 
 		 298 aa  67  0.0000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1577  myo-inositol catabolism protein  29.8 
 
 		 298 aa  66.6  0.0000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.357804  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1167  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.42 
 
 		 306 aa  66.2  0.0000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4013  Myo-inosose-2 dehydratase  27.38 
 
 		 297 aa  65.9  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.87 
 
 		 322 aa  65.5  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0303  myo-inositol catabolism protein  28.85 
 
 		 298 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.86 
 
 		 305 aa  64.3  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2835  xylose isomerase domain-containing protein  29.07 
 
 		 310 aa  64.3  0.000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.840707  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1620  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.31 
 
 		 323 aa  63.9  0.000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.652805 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2531  putative IolE protein  28.85 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.32551e-17 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0008  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.24 
 
 		 322 aa  63.2  0.000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4190  xylose isomerase-like TIM barrel  29.66 
 
 		 371 aa  63.2  0.000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.720259  hitchhiker  0.00898811 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0991  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 304 aa  62.8  0.000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2299  myo-inositol catabolism protein  28.21 
 
 		 298 aa  61.6  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4213  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.19 
 
 		 340 aa  61.6  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2336  hypothetical protein  28.21 
 
 		 237 aa  61.2  0.00000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1085  xylose isomerase domain-containing protein  24.84 
 
 		 305 aa  61.2  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.230737 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2792  xylose isomerase domain-containing protein  22.37 
 
 		 305 aa  60.8  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0345  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.18 
 
 		 312 aa  60.5  0.00000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3138  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.45 
 
 		 359 aa  60.5  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4656  xylose isomerase domain-containing protein  28.67 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.335563 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2981  Myo-inosose-2 dehydratase  29.45 
 
 		 359 aa  60.5  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.833328 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1133  Myo-inosose-2 dehydratase  40.66 
 
 		 305 aa  60.5  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.459716  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1615  hypothetical protein  29.53 
 
 		 298 aa  59.3  0.00000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  27.38 
 
 		 297 aa  59.3  0.00000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1498  xylose isomerase domain-containing protein  30.11 
 
 		 290 aa  58.2  0.0000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.0000000000176809  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1620  hypothetical protein  28.86 
 
 		 298 aa  57.4  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>