138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2788 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2788  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 350 aa  728    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0951209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3406  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  87.43 
 
 		 350 aa  649    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.548805 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3704  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  87.14 
 
 		 350 aa  648    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0545  hypothetical protein  84 
 
 		 350 aa  630  1e-180  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.685975  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3831  hypothetical protein  85.43 
 
 		 350 aa  633  1e-180  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0160671  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0547  hypothetical protein  83.71 
 
 		 350 aa  627  1e-179  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3409  xylose isomerase domain-containing protein  84 
 
 		 350 aa  628  1e-179  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.822122  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1244  putative IolE, sugar phosphate isomerase/epimerase  80.86 
 
 		 352 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.516732  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2905  xylose isomerase domain-containing protein  80.29 
 
 		 352 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2681  xylose isomerase domain-containing protein  80 
 
 		 352 aa  600  1e-170  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.586843  normal  0.71626 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5209  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  73.71 
 
 		 351 aa  554  1e-156  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.625607  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7279  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  74 
 
 		 351 aa  550  1e-155  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0453  xylose isomerase-like TIM barrel  73.71 
 
 		 351 aa  544  1e-154  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00000058237  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4767  xylose isomerase domain-containing protein  72.86 
 
 		 350 aa  542  1e-153  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.222121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0888  xylose isomerase domain-containing protein  70.86 
 
 		 351 aa  526  1e-148  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.372272 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4328  xylose isomerase domain-containing protein  68.19 
 
 		 352 aa  516  1.0000000000000001e-145  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.462116 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3672  hypothetical protein  68.86 
 
 		 349 aa  513  1e-144  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.257365  normal  0.156343 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3432  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  67.43 
 
 		 350 aa  512  1e-144  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0449  xylose isomerase-like TIM barrel  69.05 
 
 		 352 aa  511  1e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1861  xylose isomerase domain-containing protein  66.57 
 
 		 351 aa  510  1e-143  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0410034 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1707  hypothetical protein  68.01 
 
 		 351 aa  506  9.999999999999999e-143  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2241  xylose isomerase domain-containing protein  68.57 
 
 		 349 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0965  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  68.29 
 
 		 349 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5055  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  65.71 
 
 		 350 aa  506  9.999999999999999e-143  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3647  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  65.43 
 
 		 350 aa  504  1e-141  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0363  xylose isomerase domain-containing protein  65.14 
 
 		 350 aa  496  1e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0427  xylose isomerase domain-containing protein  68.66 
 
 		 341 aa  491  9.999999999999999e-139  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1049  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  66.57 
 
 		 350 aa  494  9.999999999999999e-139  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.296998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3129  endonuclease IV  68.06 
 
 		 336 aa  488  1e-137  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2544  xylose isomerase domain-containing protein  62.86 
 
 		 351 aa  489  1e-137  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4609  xylose isomerase domain-containing protein  66.38 
 
 		 351 aa  486  1e-136  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0474989 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3092  xylose isomerase-like TIM barrel  63.43 
 
 		 351 aa  483  1e-135  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0573293 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2826  xylose isomerase domain-containing protein  63.71 
 
 		 378 aa  476  1e-133  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00431  Xylose isomerase-like TIM barrel  65.33 
 
 		 355 aa  476  1e-133  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.917632  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2689  xylose isomerase-like TIM barrel  63.43 
 
 		 350 aa  473  1e-132  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2766  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  61.14 
 
 		 351 aa  471  1e-132  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.710607 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0766  xylose isomerase-like protein  63.4 
 
 		 359 aa  469  1.0000000000000001e-131  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3926  xylose isomerase domain-containing protein  60.86 
 
 		 351 aa  469  1.0000000000000001e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.290509  normal  0.0304872 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4568  xylose isomerase domain-containing protein  61.71 
 
 		 354 aa  463  1e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1635  xylose isomerase domain-containing protein  63.64 
 
 		 352 aa  460  9.999999999999999e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.725748 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1195  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  60.57 
 
 		 356 aa  453  1.0000000000000001e-126  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.176107  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1061  xylose isomerase domain-containing protein  61.58 
 
 		 341 aa  447  1.0000000000000001e-124  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  59.14 
 
 		 356 aa  437  1e-121  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1275  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  58.86 
 
 		 356 aa  431  1e-120  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1733  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.45 
 
 		 339 aa  154  2e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3264  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.16 
 
 		 331 aa  147  3e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.26961  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3847  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.81 
 
 		 335 aa  145  9e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0393  xylose isomerase-like TIM barrel  31.31 
 
 		 333 aa  140  3e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0897336  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.06 
 
 		 338 aa  140  3e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.639101  normal  0.0346444 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15580  sugar phosphate isomerase/epimerase  30.45 
 
 		 333 aa  138  1e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0571  xylose isomerase domain-containing protein  31.1 
 
 		 333 aa  137  4e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11150  sugar phosphate isomerase/epimerase  31 
 
 		 335 aa  136  5e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.750375  normal  0.0940368 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1909  xylose isomerase domain-containing protein  30.79 
 
 		 333 aa  135  9e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2881  xylose isomerase domain-containing protein  29.74 
 
 		 332 aa  133  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2615  xylose isomerase domain-containing protein  29.74 
 
 		 332 aa  133  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0086  xylose isomerase domain-containing protein  29.53 
 
 		 334 aa  132  6.999999999999999e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8255  xylose isomerase domain-containing protein  31.44 
 
 		 335 aa  131  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.018151 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4061  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.18 
 
 		 334 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2880  xylose isomerase domain-containing protein  30.91 
 
 		 335 aa  130  3e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4651  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  28.66 
 
 		 334 aa  128  1.0000000000000001e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000654958 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.21 
 
 		 332 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10540  sugar phosphate isomerase/epimerase  30 
 
 		 333 aa  125  9e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0249  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.49 
 
 		 333 aa  124  2e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2300  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.15 
 
 		 334 aa  124  2e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000000686385  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1781  xylose isomerase domain-containing protein  29.69 
 
 		 347 aa  121  1.9999999999999998e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1355  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.27 
 
 		 335 aa  121  1.9999999999999998e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.4275  normal  0.774655 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2826  xylose isomerase-like TIM barrel  29 
 
 		 338 aa  119  6e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.112108  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3268  xylose isomerase domain-containing protein  29.55 
 
 		 333 aa  117  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.60758 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4327  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.31 
 
 		 337 aa  116  5e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.239694 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.16 
 
 		 333 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1076  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 308 aa  72.8  0.000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.28 
 
 		 322 aa  72.8  0.000000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1849  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.29 
 
 		 322 aa  63.5  0.000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1620  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.03 
 
 		 323 aa  63.5  0.000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.652805 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2256  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.11 
 
 		 321 aa  62.8  0.000000008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.480899 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1596  xylose isomerase domain-containing protein  24.42 
 
 		 310 aa  62  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2001  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.32 
 
 		 659 aa  60.1  0.00000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0197966  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2255  myo-inositol catabolism protein  26.6 
 
 		 298 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1342  Myo-inosose-2 dehydratase  27.36 
 
 		 296 aa  57.8  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0991  xylose isomerase domain-containing protein  24.46 
 
 		 304 aa  54.7  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1615  hypothetical protein  29.01 
 
 		 298 aa  54.7  0.000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2995  Myo-inosose-2 dehydratase  26.37 
 
 		 296 aa  54.3  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2325  xylose isomerase domain-containing protein  28.29 
 
 		 303 aa  54.7  0.000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0008  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.66 
 
 		 322 aa  53.5  0.000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2531  putative IolE protein  25.53 
 
 		 298 aa  53.9  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.32551e-17 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5338  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.3 
 
 		 306 aa  53.1  0.000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0218973  normal  0.666758 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1362  Myo-inosose-2 dehydratase  25.93 
 
 		 294 aa  52.8  0.000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1620  hypothetical protein  28.4 
 
 		 298 aa  52.8  0.000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0345  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20.24 
 
 		 312 aa  52.8  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2336  hypothetical protein  26.85 
 
 		 237 aa  51.2  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2299  myo-inositol catabolism protein  26.85 
 
 		 298 aa  51.2  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0303  myo-inositol catabolism protein  26.8 
 
 		 298 aa  51.2  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1816  xylose isomerase domain-containing protein  27.08 
 
 		 304 aa  51.6  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.670883 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0204  xylose isomerase domain-containing protein  24 
 
 		 322 aa  51.6  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0210  xylose isomerase domain-containing protein  24 
 
 		 322 aa  51.6  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1696  Myo-inosose-2 dehydratase  28.68 
 
 		 308 aa  51.2  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1085  xylose isomerase domain-containing protein  23.97 
 
 		 305 aa  51.2  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.230737 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.03 
 
 		 305 aa  51.2  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2917  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.52 
 
 		 304 aa  50.4  0.00005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.409323  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4013  Myo-inosose-2 dehydratase  27.13 
 
 		 297 aa  50.1  0.00005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>