124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_1085 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_1085  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 305 aa  630  1e-180  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.230737 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2792  xylose isomerase domain-containing protein  94.75 
 
 		 305 aa  607  9.999999999999999e-173  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0582  xylose isomerase domain-containing protein  60.98 
 
 		 305 aa  389  1e-107  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0101642  normal  0.477879 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1462  xylose isomerase-like  55.26 
 
 		 304 aa  350  1e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0792814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0991  xylose isomerase domain-containing protein  49.51 
 
 		 304 aa  338  7e-92  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2962  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  49.67 
 
 		 304 aa  315  6e-85  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1167  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  47.7 
 
 		 306 aa  309  4e-83  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2917  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  47.21 
 
 		 304 aa  298  7e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.409323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1076  xylose isomerase domain-containing protein  49.37 
 
 		 308 aa  295  9e-79  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0345  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  45.74 
 
 		 312 aa  275  9e-73  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1485  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.64 
 
 		 310 aa  232  7.000000000000001e-60  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5338  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.36 
 
 		 306 aa  229  5e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0218973  normal  0.666758 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1807  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33 
 
 		 277 aa  145  6e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4691  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.98 
 
 		 284 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4720  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.94 
 
 		 284 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.25 
 
 		 322 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5396  hypothetical protein  32.28 
 
 		 312 aa  120  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0868602  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4917  xylose isomerase domain-containing protein  29.88 
 
 		 300 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460594  normal  0.462134 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0008  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.13 
 
 		 322 aa  114  1.0000000000000001e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2948  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.1 
 
 		 323 aa  114  3e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.13 
 
 		 300 aa  112  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.905747  hitchhiker  0.000288206 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3847  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.7 
 
 		 335 aa  112  9e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6571  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.74 
 
 		 300 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00340356  normal  0.297177 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2880  xylose isomerase domain-containing protein  30.26 
 
 		 335 aa  106  6e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1620  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.96 
 
 		 323 aa  105  7e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.652805 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2256  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.94 
 
 		 321 aa  105  7e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.480899 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1849  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.39 
 
 		 322 aa  103  4e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4651  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  29.09 
 
 		 334 aa  101  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000654958 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0049  xylose isomerase domain-containing protein  31.79 
 
 		 315 aa  100  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.34 
 
 		 333 aa  97.8  2e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8255  xylose isomerase domain-containing protein  28.74 
 
 		 335 aa  97.1  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.018151 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0086  xylose isomerase domain-containing protein  27.36 
 
 		 334 aa  96.3  5e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0204  xylose isomerase domain-containing protein  29.64 
 
 		 322 aa  95.9  7e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0210  xylose isomerase domain-containing protein  29.64 
 
 		 322 aa  95.9  7e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0249  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.94 
 
 		 333 aa  94  3e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15580  sugar phosphate isomerase/epimerase  28.27 
 
 		 333 aa  94  3e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10540  sugar phosphate isomerase/epimerase  28.71 
 
 		 333 aa  92.8  7e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11150  sugar phosphate isomerase/epimerase  28.53 
 
 		 335 aa  92.8  7e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.750375  normal  0.0940368 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4061  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.93 
 
 		 334 aa  92  9e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0571  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 		 333 aa  92  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1909  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 		 333 aa  91.7  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3264  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.55 
 
 		 331 aa  92  1e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.26961  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0393  xylose isomerase-like TIM barrel  27.53 
 
 		 333 aa  91.7  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0897336  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1355  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.71 
 
 		 335 aa  90.9  3e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.4275  normal  0.774655 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1733  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.02 
 
 		 339 aa  90.5  4e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2881  xylose isomerase domain-containing protein  27.79 
 
 		 332 aa  89.7  5e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2615  xylose isomerase domain-containing protein  27.79 
 
 		 332 aa  89.4  7e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1812  xylose isomerase domain-containing protein  27.38 
 
 		 329 aa  88.6  1e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.617745 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2300  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.88 
 
 		 334 aa  85.1  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000000686385  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.85 
 
 		 338 aa  84  0.000000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.639101  normal  0.0346444 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0119  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.72 
 
 		 338 aa  81.3  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4327  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.02 
 
 		 337 aa  80.1  0.00000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.239694 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2764  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.88 
 
 		 332 aa  79.7  0.00000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.455459  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4616  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.7 
 
 		 332 aa  78.2  0.0000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2826  xylose isomerase-like TIM barrel  25.66 
 
 		 338 aa  74.3  0.000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.112108  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.08 
 
 		 332 aa  74.7  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5055  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.75 
 
 		 350 aa  71.6  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2544  xylose isomerase domain-containing protein  24.04 
 
 		 351 aa  66.6  0.0000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3268  xylose isomerase domain-containing protein  23.44 
 
 		 333 aa  63.9  0.000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.60758 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1781  xylose isomerase domain-containing protein  24.62 
 
 		 347 aa  62.8  0.000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3195  xylose isomerase domain-containing protein  25.9 
 
 		 313 aa  62  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.975656  normal  0.799705 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00431  Xylose isomerase-like TIM barrel  22.09 
 
 		 355 aa  62  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.917632  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3432  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.21 
 
 		 350 aa  60.5  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0453  xylose isomerase-like TIM barrel  24.06 
 
 		 351 aa  60.1  0.00000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00000058237  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3092  xylose isomerase-like TIM barrel  24.81 
 
 		 351 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0573293 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0435  xylose isomerase domain-containing protein  23.57 
 
 		 266 aa  59.3  0.00000008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0545  hypothetical protein  24.91 
 
 		 350 aa  58.5  0.0000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.685975  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3831  hypothetical protein  24.51 
 
 		 350 aa  58.5  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0160671  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2766  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.99 
 
 		 351 aa  57.4  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.710607 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0449  xylose isomerase-like TIM barrel  23.57 
 
 		 352 aa  57  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3406  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.16 
 
 		 350 aa  57  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.548805 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4328  xylose isomerase domain-containing protein  24.07 
 
 		 352 aa  56.6  0.0000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.462116 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3434  xylose isomerase domain-containing protein  23.33 
 
 		 303 aa  56.2  0.0000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.194005  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7279  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.53 
 
 		 351 aa  55.8  0.0000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2826  xylose isomerase domain-containing protein  25.4 
 
 		 378 aa  55.8  0.0000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3704  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.84 
 
 		 350 aa  55.8  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.75 
 
 		 356 aa  55.8  0.0000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1861  xylose isomerase domain-containing protein  23.59 
 
 		 351 aa  55.5  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0410034 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0547  hypothetical protein  24.56 
 
 		 350 aa  55.1  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3926  xylose isomerase domain-containing protein  22.78 
 
 		 351 aa  55.1  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.290509  normal  0.0304872 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0363  xylose isomerase domain-containing protein  21.71 
 
 		 350 aa  54.7  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0965  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.59 
 
 		 349 aa  54.3  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0766  xylose isomerase-like protein  22.88 
 
 		 359 aa  53.9  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1635  xylose isomerase domain-containing protein  22.95 
 
 		 352 aa  53.9  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.725748 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33700  hypothetical protein  24.04 
 
 		 313 aa  54.3  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1275  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.84 
 
 		 356 aa  53.9  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3409  xylose isomerase domain-containing protein  23.59 
 
 		 350 aa  53.5  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.822122  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3672  hypothetical protein  22.77 
 
 		 349 aa  53.1  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.257365  normal  0.156343 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5751  xylose isomerase domain-containing protein  22.8 
 
 		 304 aa  52.8  0.000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.611047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1020  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.45 
 
 		 334 aa  52.8  0.000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1707  hypothetical protein  22.76 
 
 		 351 aa  51.2  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2689  xylose isomerase-like TIM barrel  20.54 
 
 		 350 aa  51.2  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  24.05 
 
 		 287 aa  51.2  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4767  xylose isomerase domain-containing protein  27.52 
 
 		 350 aa  51.6  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.222121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2905  xylose isomerase domain-containing protein  23.08 
 
 		 352 aa  51.2  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2788  xylose isomerase domain-containing protein  23.97 
 
 		 350 aa  51.2  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0951209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3647  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.41 
 
 		 350 aa  51.6  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1244  putative IolE, sugar phosphate isomerase/epimerase  23.08 
 
 		 352 aa  50.8  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.516732  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2241  xylose isomerase domain-containing protein  21.78 
 
 		 349 aa  50.4  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2729  xylose isomerase domain-containing protein  27.68 
 
 		 281 aa  48.5  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>