147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2689 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2689  xylose isomerase-like TIM barrel  100 
 
 		 350 aa  723    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00431  Xylose isomerase-like TIM barrel  81.84 
 
 		 355 aa  593  1e-168  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.917632  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0766  xylose isomerase-like protein  73.56 
 
 		 359 aa  545  1e-154  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1707  hypothetical protein  71.76 
 
 		 351 aa  535  1e-151  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4328  xylose isomerase domain-containing protein  73.56 
 
 		 352 aa  536  1e-151  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.462116 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7279  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  70.29 
 
 		 351 aa  533  1e-150  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0363  xylose isomerase domain-containing protein  70.29 
 
 		 350 aa  526  1e-148  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3129  endonuclease IV  71.13 
 
 		 336 aa  515  1.0000000000000001e-145  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0888  xylose isomerase domain-containing protein  70.86 
 
 		 351 aa  516  1.0000000000000001e-145  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.372272 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4609  xylose isomerase domain-containing protein  69.8 
 
 		 351 aa  512  1e-144  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0474989 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1861  xylose isomerase domain-containing protein  67.43 
 
 		 351 aa  508  1e-143  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0410034 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0427  xylose isomerase domain-containing protein  72.19 
 
 		 341 aa  510  1e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0453  xylose isomerase-like TIM barrel  68.29 
 
 		 351 aa  507  9.999999999999999e-143  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00000058237  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3647  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  66.57 
 
 		 350 aa  504  9.999999999999999e-143  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0965  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  70 
 
 		 349 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3672  hypothetical protein  69.14 
 
 		 349 aa  502  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.257365  normal  0.156343 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2241  xylose isomerase domain-containing protein  69.14 
 
 		 349 aa  503  1e-141  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3432  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  66.57 
 
 		 350 aa  495  1e-139  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1049  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  67.43 
 
 		 350 aa  496  1e-139  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.296998  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5209  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  67.14 
 
 		 351 aa  494  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.625607  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5055  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  65.71 
 
 		 350 aa  493  9.999999999999999e-139  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3406  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  65.71 
 
 		 350 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.548805 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3704  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  65.71 
 
 		 350 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1635  xylose isomerase domain-containing protein  65.34 
 
 		 352 aa  484  1e-136  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.725748 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3831  hypothetical protein  65.71 
 
 		 350 aa  486  1e-136  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0160671  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0545  hypothetical protein  64 
 
 		 350 aa  483  1e-135  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.685975  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0449  xylose isomerase-like TIM barrel  64.67 
 
 		 352 aa  482  1e-135  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0547  hypothetical protein  63.71 
 
 		 350 aa  479  1e-134  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3409  xylose isomerase domain-containing protein  63.71 
 
 		 350 aa  481  1e-134  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.822122  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4568  xylose isomerase domain-containing protein  64.57 
 
 		 354 aa  474  1e-133  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2788  xylose isomerase domain-containing protein  63.43 
 
 		 350 aa  473  1e-132  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0951209  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1195  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  62.57 
 
 		 356 aa  472  1e-132  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.176107  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  65.14 
 
 		 356 aa  468  9.999999999999999e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1061  xylose isomerase domain-containing protein  62.46 
 
 		 341 aa  461  1e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1275  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  64.86 
 
 		 356 aa  463  1e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4767  xylose isomerase domain-containing protein  63.43 
 
 		 350 aa  458  9.999999999999999e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.222121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2544  xylose isomerase domain-containing protein  61.71 
 
 		 351 aa  459  9.999999999999999e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1244  putative IolE, sugar phosphate isomerase/epimerase  61.71 
 
 		 352 aa  455  1e-127  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.516732  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3092  xylose isomerase-like TIM barrel  61.43 
 
 		 351 aa  456  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0573293 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2905  xylose isomerase domain-containing protein  61.71 
 
 		 352 aa  456  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2681  xylose isomerase domain-containing protein  61.43 
 
 		 352 aa  454  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.586843  normal  0.71626 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3926  xylose isomerase domain-containing protein  61.43 
 
 		 351 aa  457  1e-127  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.290509  normal  0.0304872 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2766  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  60.86 
 
 		 351 aa  456  1e-127  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.710607 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2826  xylose isomerase domain-containing protein  61.14 
 
 		 378 aa  445  1.0000000000000001e-124  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1733  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.19 
 
 		 339 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0393  xylose isomerase-like TIM barrel  35.99 
 
 		 333 aa  169  5e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0897336  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3264  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.06 
 
 		 331 aa  167  2e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.26961  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2615  xylose isomerase domain-containing protein  33.76 
 
 		 332 aa  167  4e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2881  xylose isomerase domain-containing protein  33.44 
 
 		 332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11150  sugar phosphate isomerase/epimerase  32.17 
 
 		 335 aa  159  5e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.750375  normal  0.0940368 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2880  xylose isomerase domain-containing protein  34.19 
 
 		 335 aa  159  7e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.33 
 
 		 338 aa  159  8e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.639101  normal  0.0346444 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3847  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.44 
 
 		 335 aa  158  1e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3268  xylose isomerase domain-containing protein  33.12 
 
 		 333 aa  156  4e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.60758 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8255  xylose isomerase domain-containing protein  32.91 
 
 		 335 aa  155  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.018151 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4061  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.13 
 
 		 334 aa  155  1e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4651  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  33.44 
 
 		 334 aa  154  2.9999999999999998e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000654958 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.53 
 
 		 332 aa  151  1e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1781  xylose isomerase domain-containing protein  32.92 
 
 		 347 aa  148  1.0000000000000001e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2826  xylose isomerase-like TIM barrel  34.11 
 
 		 338 aa  145  1e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.112108  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15580  sugar phosphate isomerase/epimerase  30.84 
 
 		 333 aa  145  1e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4327  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.54 
 
 		 337 aa  144  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.239694 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2300  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.8 
 
 		 334 aa  141  9.999999999999999e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000000686385  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0571  xylose isomerase domain-containing protein  30.79 
 
 		 333 aa  139  6e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1909  xylose isomerase domain-containing protein  30.46 
 
 		 333 aa  138  1e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0086  xylose isomerase domain-containing protein  29.32 
 
 		 334 aa  136  6.0000000000000005e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10540  sugar phosphate isomerase/epimerase  30.48 
 
 		 333 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0249  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.57 
 
 		 333 aa  131  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.28 
 
 		 333 aa  130  4.0000000000000003e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1355  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.3 
 
 		 335 aa  128  1.0000000000000001e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.4275  normal  0.774655 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1620  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.1 
 
 		 323 aa  74.7  0.000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.652805 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.37 
 
 		 322 aa  67.4  0.0000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1849  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.87 
 
 		 322 aa  65.9  0.000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2256  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.76 
 
 		 321 aa  65.1  0.000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.480899 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2001  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.46 
 
 		 659 aa  63.9  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0197966  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0582  xylose isomerase domain-containing protein  25.74 
 
 		 305 aa  61.2  0.00000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0101642  normal  0.477879 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1076  xylose isomerase domain-containing protein  22.94 
 
 		 308 aa  60.8  0.00000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1167  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.24 
 
 		 306 aa  60.8  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0991  xylose isomerase domain-containing protein  25.5 
 
 		 304 aa  58.5  0.0000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1577  myo-inositol catabolism protein  30.97 
 
 		 298 aa  57.8  0.0000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.357804  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0008  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.52 
 
 		 322 aa  54.3  0.000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4656  xylose isomerase domain-containing protein  26.97 
 
 		 298 aa  53.9  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.335563 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5008  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.97 
 
 		 282 aa  53.5  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.49 
 
 		 924 aa  53.1  0.000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4487  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.54 
 
 		 289 aa  53.1  0.000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.411638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1462  xylose isomerase-like  21.6 
 
 		 304 aa  52.8  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0792814  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1362  Myo-inosose-2 dehydratase  30 
 
 		 294 aa  52.4  0.00001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2255  myo-inositol catabolism protein  29.13 
 
 		 298 aa  51.6  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3969  xylose isomerase domain-containing protein  30 
 
 		 290 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0171269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2612  xylose isomerase domain-containing protein  27.74 
 
 		 294 aa  52  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1085  xylose isomerase domain-containing protein  20.54 
 
 		 305 aa  51.2  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.230737 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.79 
 
 		 305 aa  51.6  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5448  Myo-inosose-2 dehydratase  28.77 
 
 		 295 aa  51.2  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.10992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1498  xylose isomerase domain-containing protein  27.41 
 
 		 290 aa  51.2  0.00003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.0000000000176809  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1485  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.91 
 
 		 310 aa  50.8  0.00003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1271  xylose isomerase domain protein TIM barrel  30 
 
 		 298 aa  50.4  0.00004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.713181 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  27.48 
 
 		 297 aa  50.1  0.00005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2325  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 303 aa  50.4  0.00005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3352  Myo-inosose-2 dehydratase  26.42 
 
 		 296 aa  50.1  0.00006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0467219  normal  0.0568196 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0345  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20.79 
 
 		 312 aa  49.7  0.00007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>