138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1167 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1167  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 306 aa  636    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2917  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  69.51 
 
 		 304 aa  454  1e-127  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.409323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0991  xylose isomerase domain-containing protein  59.21 
 
 		 304 aa  404  1.0000000000000001e-112  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2962  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  56.58 
 
 		 304 aa  375  1e-103  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1085  xylose isomerase domain-containing protein  47.7 
 
 		 305 aa  309  4e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.230737 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2792  xylose isomerase domain-containing protein  48.03 
 
 		 305 aa  304  1.0000000000000001e-81  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1462  xylose isomerase-like  41.78 
 
 		 304 aa  268  7e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0792814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0582  xylose isomerase domain-containing protein  40.46 
 
 		 305 aa  259  3e-68  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0101642  normal  0.477879 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1076  xylose isomerase domain-containing protein  38.1 
 
 		 308 aa  219  3.9999999999999997e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0345  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.69 
 
 		 312 aa  195  8.000000000000001e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1485  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.39 
 
 		 310 aa  194  1e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5338  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.67 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0218973  normal  0.666758 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4720  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.87 
 
 		 284 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5396  hypothetical protein  33.5 
 
 		 312 aa  112  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0868602  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4691  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.64 
 
 		 284 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.68 
 
 		 300 aa  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.905747  hitchhiker  0.000288206 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6571  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.22 
 
 		 300 aa  105  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00340356  normal  0.297177 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8255  xylose isomerase domain-containing protein  28.85 
 
 		 335 aa  102  7e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.018151 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4917  xylose isomerase domain-containing protein  29.58 
 
 		 300 aa  102  7e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460594  normal  0.462134 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0249  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.86 
 
 		 333 aa  102  9e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0086  xylose isomerase domain-containing protein  28.1 
 
 		 334 aa  102  1e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4061  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.9 
 
 		 334 aa  101  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3847  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.01 
 
 		 335 aa  100  3e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1807  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.89 
 
 		 277 aa  99.8  5e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0571  xylose isomerase domain-containing protein  28.09 
 
 		 333 aa  98.2  1e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1909  xylose isomerase domain-containing protein  28.09 
 
 		 333 aa  98.6  1e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3264  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.57 
 
 		 331 aa  96.7  4e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.26961  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2881  xylose isomerase domain-containing protein  30 
 
 		 332 aa  96.3  6e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.47 
 
 		 338 aa  94.7  1e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.639101  normal  0.0346444 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2615  xylose isomerase domain-containing protein  29.87 
 
 		 332 aa  95.1  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2880  xylose isomerase domain-containing protein  27.16 
 
 		 335 aa  95.5  1e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10540  sugar phosphate isomerase/epimerase  26.49 
 
 		 333 aa  95.1  1e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.48 
 
 		 333 aa  94.4  2e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1355  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.72 
 
 		 335 aa  94  3e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.4275  normal  0.774655 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4651  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  27.27 
 
 		 334 aa  93.2  5e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000654958 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11150  sugar phosphate isomerase/epimerase  28.09 
 
 		 335 aa  90.5  3e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.750375  normal  0.0940368 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0008  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.84 
 
 		 322 aa  90.1  5e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15580  sugar phosphate isomerase/epimerase  25.83 
 
 		 333 aa  85.5  0.000000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1849  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.62 
 
 		 322 aa  85.1  0.000000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0393  xylose isomerase-like TIM barrel  25.46 
 
 		 333 aa  82.4  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0897336  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4327  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.68 
 
 		 337 aa  81.6  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.239694 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1620  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.08 
 
 		 323 aa  81.6  0.00000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.652805 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2256  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.06 
 
 		 321 aa  80.1  0.00000000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.480899 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2300  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.39 
 
 		 334 aa  78.2  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000000686385  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2826  xylose isomerase-like TIM barrel  29.86 
 
 		 338 aa  77  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.112108  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.12 
 
 		 322 aa  77  0.0000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  23.05 
 
 		 287 aa  76.3  0.0000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0204  xylose isomerase domain-containing protein  24.14 
 
 		 322 aa  73.9  0.000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0210  xylose isomerase domain-containing protein  24.14 
 
 		 322 aa  73.9  0.000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2948  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.93 
 
 		 323 aa  70.9  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.33 
 
 		 332 aa  70.9  0.00000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4328  xylose isomerase domain-containing protein  24.75 
 
 		 352 aa  70.1  0.00000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.462116 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3268  xylose isomerase domain-containing protein  25.65 
 
 		 333 aa  67.8  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.60758 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1733  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.67 
 
 		 339 aa  68.2  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4616  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.21 
 
 		 332 aa  67.4  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2764  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.32 
 
 		 332 aa  66.6  0.0000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.455459  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0766  xylose isomerase-like protein  27.06 
 
 		 359 aa  66.2  0.0000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1812  xylose isomerase domain-containing protein  23.19 
 
 		 329 aa  65.9  0.0000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.617745 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0049  xylose isomerase domain-containing protein  22.64 
 
 		 315 aa  65.9  0.0000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1061  xylose isomerase domain-containing protein  25.37 
 
 		 341 aa  65.9  0.0000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1781  xylose isomerase domain-containing protein  26.54 
 
 		 347 aa  64.3  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00431  Xylose isomerase-like TIM barrel  25.23 
 
 		 355 aa  61.2  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.917632  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2689  xylose isomerase-like TIM barrel  23.24 
 
 		 350 aa  60.8  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3195  xylose isomerase domain-containing protein  23.94 
 
 		 313 aa  60.5  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.975656  normal  0.799705 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0119  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.22 
 
 		 338 aa  60.1  0.00000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33700  hypothetical protein  23.55 
 
 		 313 aa  57.8  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1195  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.89 
 
 		 356 aa  57.8  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.176107  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5055  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.96 
 
 		 350 aa  58.2  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0449  xylose isomerase-like TIM barrel  24.66 
 
 		 352 aa  57.4  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1635  xylose isomerase domain-containing protein  21.52 
 
 		 352 aa  56.2  0.0000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.725748 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0888  xylose isomerase domain-containing protein  23.96 
 
 		 351 aa  56.2  0.0000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.372272 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0427  xylose isomerase domain-containing protein  25.98 
 
 		 341 aa  56.2  0.0000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.73 
 
 		 282 aa  55.8  0.0000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1275  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.42 
 
 		 356 aa  55.8  0.0000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1861  xylose isomerase domain-containing protein  21.93 
 
 		 351 aa  55.8  0.0000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0410034 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3409  xylose isomerase domain-containing protein  22.37 
 
 		 350 aa  55.1  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.822122  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2766  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.22 
 
 		 351 aa  55.1  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.710607 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.1 
 
 		 356 aa  53.9  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1707  hypothetical protein  24.31 
 
 		 351 aa  53.9  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2544  xylose isomerase domain-containing protein  22.07 
 
 		 351 aa  53.1  0.000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3831  hypothetical protein  21.84 
 
 		 350 aa  52.8  0.000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0160671  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3406  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20.48 
 
 		 350 aa  52.8  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.548805 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3704  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20.48 
 
 		 350 aa  52.8  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0453  xylose isomerase-like TIM barrel  21.76 
 
 		 351 aa  52  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00000058237  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0344  AP endonuclease  24.28 
 
 		 299 aa  52.4  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0413  xylose isomerase domain-containing protein  24.28 
 
 		 299 aa  52.4  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4767  xylose isomerase domain-containing protein  25.11 
 
 		 350 aa  50.8  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.222121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3432  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20.27 
 
 		 350 aa  51.6  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2905  xylose isomerase domain-containing protein  22.52 
 
 		 352 aa  50.8  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3693  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.86 
 
 		 270 aa  50.4  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1244  putative IolE, sugar phosphate isomerase/epimerase  22.19 
 
 		 352 aa  50.4  0.00004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.516732  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7279  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.37 
 
 		 351 aa  50.4  0.00004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02720  sugar phosphate isomerase/epimerase  22.97 
 
 		 266 aa  50.1  0.00004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7804  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20.49 
 
 		 299 aa  50.4  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  28.16 
 
 		 297 aa  50.1  0.00005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4609  xylose isomerase domain-containing protein  24.31 
 
 		 351 aa  50.1  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0474989 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4048  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20.95 
 
 		 286 aa  50.1  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0545  hypothetical protein  21.69 
 
 		 350 aa  49.7  0.00006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.685975  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0547  hypothetical protein  21.69 
 
 		 350 aa  49.3  0.00008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3092  xylose isomerase-like TIM barrel  20.88 
 
 		 351 aa  48.5  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0573293 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>