72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_4616 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_4616  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 332 aa  675    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1812  xylose isomerase domain-containing protein  63.19 
 
 		 329 aa  429  1e-119  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.617745 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0119  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  63.86 
 
 		 338 aa  426  1e-118  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2764  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  59.16 
 
 		 332 aa  380  1e-104  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.455459  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.61 
 
 		 322 aa  215  8e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2948  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.59 
 
 		 323 aa  209  7e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0210  xylose isomerase domain-containing protein  36.36 
 
 		 322 aa  206  3e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0204  xylose isomerase domain-containing protein  36.36 
 
 		 322 aa  206  3e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1849  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.99 
 
 		 322 aa  198  1.0000000000000001e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1620  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.47 
 
 		 323 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.652805 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0008  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.6 
 
 		 322 aa  189  8e-47  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0049  xylose isomerase domain-containing protein  34.36 
 
 		 315 aa  184  1.0000000000000001e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3195  xylose isomerase domain-containing protein  34.64 
 
 		 313 aa  182  5.0000000000000004e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.975656  normal  0.799705 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33700  hypothetical protein  34.94 
 
 		 313 aa  182  5.0000000000000004e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2256  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.89 
 
 		 321 aa  182  6e-45  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.480899 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0345  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.41 
 
 		 312 aa  112  9e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0249  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.66 
 
 		 333 aa  91.3  2e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2880  xylose isomerase domain-containing protein  27.64 
 
 		 335 aa  87.8  2e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15580  sugar phosphate isomerase/epimerase  30.13 
 
 		 333 aa  87.8  2e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0571  xylose isomerase domain-containing protein  29.24 
 
 		 333 aa  84  0.000000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1076  xylose isomerase domain-containing protein  26.25 
 
 		 308 aa  84  0.000000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1909  xylose isomerase domain-containing protein  29.24 
 
 		 333 aa  83.6  0.000000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0991  xylose isomerase domain-containing protein  26.98 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8255  xylose isomerase domain-containing protein  27.24 
 
 		 335 aa  82.4  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.018151 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3264  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.81 
 
 		 331 aa  82.4  0.00000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.26961  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2792  xylose isomerase domain-containing protein  29.5 
 
 		 305 aa  80.5  0.00000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1462  xylose isomerase-like  26.41 
 
 		 304 aa  79.3  0.00000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0792814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0582  xylose isomerase domain-containing protein  27.3 
 
 		 305 aa  78.6  0.0000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0101642  normal  0.477879 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2962  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.56 
 
 		 304 aa  77.8  0.0000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1085  xylose isomerase domain-containing protein  28.7 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.230737 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0086  xylose isomerase domain-containing protein  27.97 
 
 		 334 aa  75.9  0.0000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0393  xylose isomerase-like TIM barrel  25 
 
 		 333 aa  75.1  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0897336  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11150  sugar phosphate isomerase/epimerase  24.64 
 
 		 335 aa  75.5  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.750375  normal  0.0940368 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.43 
 
 		 338 aa  75.9  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.639101  normal  0.0346444 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1807  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.31 
 
 		 277 aa  75.5  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4061  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.84 
 
 		 334 aa  74.3  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1733  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.36 
 
 		 339 aa  74.7  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2300  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.07 
 
 		 334 aa  73.9  0.000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000000686385  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1485  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.55 
 
 		 310 aa  73.2  0.000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5338  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.92 
 
 		 306 aa  73.2  0.000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0218973  normal  0.666758 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4651  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  24.2 
 
 		 334 aa  72.4  0.000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000654958 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.36 
 
 		 332 aa  72.4  0.00000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10540  sugar phosphate isomerase/epimerase  26.58 
 
 		 333 aa  70.9  0.00000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1355  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.74 
 
 		 335 aa  70.5  0.00000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.4275  normal  0.774655 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2615  xylose isomerase domain-containing protein  25.52 
 
 		 332 aa  70.9  0.00000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2881  xylose isomerase domain-containing protein  25.1 
 
 		 332 aa  69.7  0.00000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3847  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.49 
 
 		 335 aa  68.6  0.0000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1167  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.21 
 
 		 306 aa  67.4  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.74 
 
 		 333 aa  67  0.0000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2826  xylose isomerase-like TIM barrel  26.81 
 
 		 338 aa  66.6  0.0000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.112108  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3268  xylose isomerase domain-containing protein  23.48 
 
 		 333 aa  60.5  0.00000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.60758 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1781  xylose isomerase domain-containing protein  27.18 
 
 		 347 aa  59.7  0.00000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2001  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.7 
 
 		 659 aa  57.8  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0197966  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4720  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.03 
 
 		 284 aa  55.1  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2917  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.9 
 
 		 304 aa  54.7  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.409323  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4327  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.71 
 
 		 337 aa  53.9  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.239694 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4691  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.08 
 
 		 284 aa  54.3  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7279  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.05 
 
 		 351 aa  50.4  0.00004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4767  xylose isomerase domain-containing protein  25.83 
 
 		 350 aa  49.7  0.00006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.222121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2826  xylose isomerase domain-containing protein  26.35 
 
 		 378 aa  47.4  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5062  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.91 
 
 		 286 aa  47.8  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.77 
 
 		 276 aa  47  0.0004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0323  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.85 
 
 		 536 aa  46.2  0.0007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0449  xylose isomerase-like TIM barrel  26.53 
 
 		 352 aa  46.2  0.0009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2766  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.97 
 
 		 351 aa  45.4  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.710607 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3595  Myo-inosose-2 dehydratase  30.84 
 
 		 297 aa  44.7  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5055  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.74 
 
 		 350 aa  44.7  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3432  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.57 
 
 		 350 aa  44.3  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0427  xylose isomerase domain-containing protein  25.51 
 
 		 341 aa  43.9  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3647  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.43 
 
 		 350 aa  43.5  0.005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.62 
 
 		 300 aa  43.1  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.905747  hitchhiker  0.000288206 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2298  xylose isomerase-like TIM barrel  25.45 
 
 		 296 aa  43.1  0.006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>