129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5055 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_5055  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 350 aa  721    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3432  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  74 
 
 		 350 aa  546  1e-154  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0453  xylose isomerase-like TIM barrel  68.57 
 
 		 351 aa  514  1e-144  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00000058237  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7279  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  67.71 
 
 		 351 aa  512  1e-144  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1707  hypothetical protein  70.03 
 
 		 351 aa  509  1e-143  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0449  xylose isomerase-like TIM barrel  68.48 
 
 		 352 aa  510  1e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2788  xylose isomerase domain-containing protein  65.71 
 
 		 350 aa  506  9.999999999999999e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0951209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3406  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  66.29 
 
 		 350 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.548805 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3704  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  66.29 
 
 		 350 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4328  xylose isomerase domain-containing protein  67.62 
 
 		 352 aa  503  1e-141  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.462116 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2241  xylose isomerase domain-containing protein  67.43 
 
 		 349 aa  502  1e-141  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3672  hypothetical protein  66.29 
 
 		 349 aa  499  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.257365  normal  0.156343 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3409  xylose isomerase domain-containing protein  65.71 
 
 		 350 aa  499  1e-140  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.822122  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5209  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  66.29 
 
 		 351 aa  498  1e-140  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.625607  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0545  hypothetical protein  65.14 
 
 		 350 aa  496  1e-139  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.685975  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0965  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  66 
 
 		 349 aa  496  1e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3831  hypothetical protein  66 
 
 		 350 aa  494  1e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0160671  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3647  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  65.14 
 
 		 350 aa  497  1e-139  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2689  xylose isomerase-like TIM barrel  65.71 
 
 		 350 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0547  hypothetical protein  64.86 
 
 		 350 aa  492  9.999999999999999e-139  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1244  putative IolE, sugar phosphate isomerase/epimerase  65.14 
 
 		 352 aa  488  1e-137  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.516732  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0888  xylose isomerase domain-containing protein  66.29 
 
 		 351 aa  488  1e-137  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.372272 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4609  xylose isomerase domain-containing protein  66.95 
 
 		 351 aa  489  1e-137  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0474989 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0766  xylose isomerase-like protein  64.84 
 
 		 359 aa  487  1e-136  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2905  xylose isomerase domain-containing protein  64.86 
 
 		 352 aa  487  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2681  xylose isomerase domain-containing protein  65.14 
 
 		 352 aa  486  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.586843  normal  0.71626 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0427  xylose isomerase domain-containing protein  66.87 
 
 		 341 aa  478  1e-134  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0363  xylose isomerase domain-containing protein  63.14 
 
 		 350 aa  480  1e-134  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00431  Xylose isomerase-like TIM barrel  64.76 
 
 		 355 aa  478  1e-134  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.917632  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3129  endonuclease IV  65.77 
 
 		 336 aa  471  1e-132  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  64 
 
 		 356 aa  465  9.999999999999999e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1861  xylose isomerase domain-containing protein  60.57 
 
 		 351 aa  465  9.999999999999999e-131  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0410034 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3092  xylose isomerase-like TIM barrel  61.43 
 
 		 351 aa  461  1e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0573293 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4767  xylose isomerase domain-containing protein  60.86 
 
 		 350 aa  462  1e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.222121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1049  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  62 
 
 		 350 aa  463  1e-129  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.296998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2766  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  60.57 
 
 		 351 aa  462  1e-129  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.710607 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1275  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  64 
 
 		 356 aa  461  1e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2826  xylose isomerase domain-containing protein  62.86 
 
 		 378 aa  459  9.999999999999999e-129  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1635  xylose isomerase domain-containing protein  61.08 
 
 		 352 aa  456  1e-127  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.725748 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2544  xylose isomerase domain-containing protein  61.14 
 
 		 351 aa  456  1e-127  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3926  xylose isomerase domain-containing protein  60.57 
 
 		 351 aa  455  1e-127  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.290509  normal  0.0304872 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1195  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  60 
 
 		 356 aa  454  1.0000000000000001e-126  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.176107  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1061  xylose isomerase domain-containing protein  61.79 
 
 		 341 aa  449  1e-125  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4568  xylose isomerase domain-containing protein  59.71 
 
 		 354 aa  448  1e-125  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0393  xylose isomerase-like TIM barrel  35.03 
 
 		 333 aa  171  3e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0897336  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1733  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.66 
 
 		 339 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2826  xylose isomerase-like TIM barrel  34.44 
 
 		 338 aa  157  2e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.112108  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.21 
 
 		 338 aa  155  1e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.639101  normal  0.0346444 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3264  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.67 
 
 		 331 aa  154  2e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.26961  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3847  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.33 
 
 		 335 aa  152  7e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2615  xylose isomerase domain-containing protein  30.67 
 
 		 332 aa  151  1e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4651  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  29.76 
 
 		 334 aa  150  5e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000654958 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2880  xylose isomerase domain-containing protein  32.35 
 
 		 335 aa  149  5e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2881  xylose isomerase domain-containing protein  30.35 
 
 		 332 aa  149  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3268  xylose isomerase domain-containing protein  31.13 
 
 		 333 aa  145  7.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.60758 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11150  sugar phosphate isomerase/epimerase  30.41 
 
 		 335 aa  145  7.0000000000000006e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.750375  normal  0.0940368 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4061  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.04 
 
 		 334 aa  144  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8255  xylose isomerase domain-containing protein  31.03 
 
 		 335 aa  144  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.018151 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15580  sugar phosphate isomerase/epimerase  30.16 
 
 		 333 aa  144  2e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1781  xylose isomerase domain-containing protein  31.9 
 
 		 347 aa  142  9.999999999999999e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0086  xylose isomerase domain-containing protein  29.24 
 
 		 334 aa  141  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.75 
 
 		 332 aa  137  2e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.79 
 
 		 333 aa  136  5e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10540  sugar phosphate isomerase/epimerase  29.91 
 
 		 333 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1355  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.78 
 
 		 335 aa  134  3e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.4275  normal  0.774655 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0249  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.84 
 
 		 333 aa  133  3.9999999999999996e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0571  xylose isomerase domain-containing protein  28.98 
 
 		 333 aa  130  4.0000000000000003e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2300  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.47 
 
 		 334 aa  129  7.000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000000686385  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1909  xylose isomerase domain-containing protein  28.66 
 
 		 333 aa  129  8.000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4327  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30 
 
 		 337 aa  126  6e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.239694 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0582  xylose isomerase domain-containing protein  27.81 
 
 		 305 aa  77  0.0000000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0101642  normal  0.477879 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1620  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.47 
 
 		 323 aa  72.8  0.000000000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.652805 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1085  xylose isomerase domain-containing protein  26.75 
 
 		 305 aa  71.6  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.230737 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.18 
 
 		 322 aa  69.3  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1849  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.75 
 
 		 322 aa  65.9  0.000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2792  xylose isomerase domain-containing protein  25.82 
 
 		 305 aa  65.1  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1076  xylose isomerase domain-containing protein  24.76 
 
 		 308 aa  62.8  0.000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0991  xylose isomerase domain-containing protein  27.05 
 
 		 304 aa  62  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2256  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.32 
 
 		 321 aa  59.3  0.0000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.480899 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1167  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.96 
 
 		 306 aa  58.2  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0345  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.86 
 
 		 312 aa  56.6  0.0000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4013  Myo-inosose-2 dehydratase  30.82 
 
 		 297 aa  53.1  0.000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2325  xylose isomerase domain-containing protein  27.52 
 
 		 303 aa  53.1  0.000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1362  Myo-inosose-2 dehydratase  30.22 
 
 		 294 aa  53.1  0.000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1615  hypothetical protein  31.06 
 
 		 298 aa  52.4  0.00001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  26.63 
 
 		 297 aa  52  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0303  myo-inositol catabolism protein  27.89 
 
 		 298 aa  51.2  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3352  Myo-inosose-2 dehydratase  30.93 
 
 		 296 aa  51.2  0.00003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0467219  normal  0.0568196 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0204  xylose isomerase domain-containing protein  22.19 
 
 		 322 aa  51.2  0.00003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0210  xylose isomerase domain-containing protein  22.19 
 
 		 322 aa  51.2  0.00003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2531  putative IolE protein  27.89 
 
 		 298 aa  50.8  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.32551e-17 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2255  myo-inositol catabolism protein  27.21 
 
 		 298 aa  50.4  0.00004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1620  hypothetical protein  30.3 
 
 		 298 aa  50.4  0.00004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.19 
 
 		 305 aa  50.8  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6852  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.81 
 
 		 284 aa  50.4  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0571066  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2336  hypothetical protein  27.7 
 
 		 237 aa  50.4  0.00005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2299  myo-inositol catabolism protein  27.89 
 
 		 298 aa  50.1  0.00005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0008  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.37 
 
 		 322 aa  50.1  0.00005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1521  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.81 
 
 		 294 aa  49.3  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1271  xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.13 
 
 		 298 aa  48.9  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.713181 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>