154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2001 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_2001  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 
659 aa  1267    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0197966  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2881  xylose isomerase domain-containing protein  31.75 
 
 
332 aa  84.7  0.000000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2826  xylose isomerase-like TIM barrel  31.83 
 
 
338 aa  84  0.000000000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.112108  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05070  predicted N-acetylglucosamine kinase  44.85 
 
 
344 aa  83.6  0.00000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.629405  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2615  xylose isomerase domain-containing protein  28.73 
 
 
332 aa  82.8  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3268  xylose isomerase domain-containing protein  31.46 
 
 
333 aa  81.6  0.00000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.60758 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1781  xylose isomerase domain-containing protein  34.86 
 
 
347 aa  80.9  0.00000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1733  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.29 
 
 
339 aa  79.7  0.0000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1807  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.51 
 
 
277 aa  75.9  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15580  sugar phosphate isomerase/epimerase  32.14 
 
 
333 aa  75.9  0.000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2300  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.81 
 
 
334 aa  75.5  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000000686385  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.6 
 
 
338 aa  75.1  0.000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.639101  normal  0.0346444 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.3 
 
 
322 aa  74.3  0.000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0393  xylose isomerase-like TIM barrel  34.84 
 
 
333 aa  73.9  0.000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0897336  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0086  xylose isomerase domain-containing protein  30.04 
 
 
334 aa  73.9  0.000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0249  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.64 
 
 
333 aa  73.9  0.000000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2007  ATPase, BadF/BadG/BcrA/BcrD type  32.29 
 
 
320 aa  73.6  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0254624  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.61 
 
 
332 aa  73.6  0.00000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2880  xylose isomerase domain-containing protein  28.76 
 
 
335 aa  72.8  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0624  ATPase, BadF/BadG/BcrA/BcrD type  31.76 
 
 
296 aa  71.2  0.00000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.685104  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11150  sugar phosphate isomerase/epimerase  31.85 
 
 
335 aa  71.2  0.00000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.750375  normal  0.0940368 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3264  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.59 
 
 
331 aa  70.1  0.0000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.26961  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4061  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.36 
 
 
334 aa  70.1  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4651  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  30 
 
 
334 aa  70.1  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000654958 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1849  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.67 
 
 
322 aa  69.7  0.0000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1620  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.04 
 
 
323 aa  69.7  0.0000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.652805 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8255  xylose isomerase domain-containing protein  29.18 
 
 
335 aa  67.8  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.018151 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0571  xylose isomerase domain-containing protein  31.03 
 
 
333 aa  67.4  0.0000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1909  xylose isomerase domain-containing protein  31.03 
 
 
333 aa  67.4  0.0000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3847  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.82 
 
 
335 aa  67.4  0.0000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0049  xylose isomerase domain-containing protein  31.6 
 
 
315 aa  66.6  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4767  xylose isomerase domain-containing protein  32.32 
 
 
350 aa  66.6  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.222121  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0204  xylose isomerase domain-containing protein  24.45 
 
 
322 aa  65.9  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0210  xylose isomerase domain-containing protein  24.45 
 
 
322 aa  65.9  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4568  xylose isomerase domain-containing protein  25.25 
 
 
354 aa  66.6  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2256  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.52 
 
 
321 aa  65.5  0.000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.480899 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2689  xylose isomerase-like TIM barrel  25.08 
 
 
350 aa  65.5  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4609  xylose isomerase domain-containing protein  30.38 
 
 
351 aa  65.9  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0474989 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0008  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.45 
 
 
322 aa  65.1  0.000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5338  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.18 
 
 
306 aa  65.1  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0218973  normal  0.666758 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0427  xylose isomerase domain-containing protein  26.56 
 
 
341 aa  65.1  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00431  Xylose isomerase-like TIM barrel  30.97 
 
 
355 aa  64.3  0.000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.917632  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1707  hypothetical protein  29.3 
 
 
351 aa  63.9  0.000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0766  xylose isomerase-like protein  29.3 
 
 
359 aa  63.5  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2948  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.48 
 
 
323 aa  62.4  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1511  ATPase BadF/BadG/BcrA/BcrD type  30.5 
 
 
299 aa  63.2  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1676  ATPase BadF/BadG/BcrA/BcrD type  27 
 
 
326 aa  62.8  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0345  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.73 
 
 
312 aa  62.4  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10540  sugar phosphate isomerase/epimerase  27.22 
 
 
333 aa  62  0.00000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2501  ATPase, BadF/BadG/BcrA/BcrD type  26.82 
 
 
322 aa  62  0.00000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.251781  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.24 
 
 
333 aa  61.2  0.00000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1049  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.93 
 
 
350 aa  61.6  0.00000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.296998  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3942  ATPase, BadF/BadG/BcrA/BcrD type  34.11 
 
 
336 aa  61.2  0.00000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1195  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.65 
 
 
356 aa  61.2  0.00000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.176107  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4327  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.91 
 
 
337 aa  60.8  0.00000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.239694 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2788  xylose isomerase domain-containing protein  30.32 
 
 
350 aa  60.1  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0951209  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1355  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.24 
 
 
335 aa  60.5  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.4275  normal  0.774655 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0449  xylose isomerase-like TIM barrel  30.77 
 
 
352 aa  59.3  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1854  ATPase, BadF/BadG/BcrA/BcrD type  31.95 
 
 
289 aa  59.7  0.0000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.795766  normal  0.808281 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1635  xylose isomerase domain-containing protein  33.97 
 
 
352 aa  59.7  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.725748 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0363  xylose isomerase domain-containing protein  29.03 
 
 
350 aa  59.3  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2792  xylose isomerase domain-containing protein  28 
 
 
305 aa  58.5  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33700  hypothetical protein  26.81 
 
 
313 aa  58.5  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4616  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.7 
 
 
332 aa  58.2  0.0000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3672  hypothetical protein  32.05 
 
 
349 aa  57.8  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.257365  normal  0.156343 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1244  putative IolE, sugar phosphate isomerase/epimerase  28.65 
 
 
352 aa  57.8  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.516732  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4328  xylose isomerase domain-containing protein  31.52 
 
 
352 aa  57.4  0.0000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.462116 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1275  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.85 
 
 
356 aa  57.4  0.0000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4757  ATPase BadF/BadG/BcrA/BcrD type  36.23 
 
 
316 aa  57.4  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6680  ATPase BadF/BadG/BcrA/BcrD type  35.71 
 
 
377 aa  57.4  0.0000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.828695 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1407  xylose isomerase domain-containing protein  30.67 
 
 
308 aa  57.4  0.0000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.872133 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3092  xylose isomerase-like TIM barrel  27.67 
 
 
351 aa  56.6  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0573293 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0453  xylose isomerase-like TIM barrel  27.61 
 
 
351 aa  57  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00000058237  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2905  xylose isomerase domain-containing protein  28.07 
 
 
352 aa  56.6  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3195  xylose isomerase domain-containing protein  26.02 
 
 
313 aa  57  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.975656  normal  0.799705 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2826  xylose isomerase domain-containing protein  30.95 
 
 
378 aa  57  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5375  ATPase BadF/BadG/BcrA/BcrD type  35.54 
 
 
348 aa  56.6  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.314499 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0965  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.41 
 
 
349 aa  56.2  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  28.3 
 
 
271 aa  55.8  0.000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1271  xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.43 
 
 
298 aa  55.8  0.000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.713181 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.85 
 
 
356 aa  55.8  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1061  xylose isomerase domain-containing protein  27.81 
 
 
341 aa  55.1  0.000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1076  xylose isomerase domain-containing protein  20.8 
 
 
308 aa  55.1  0.000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2681  xylose isomerase domain-containing protein  28.65 
 
 
352 aa  54.7  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.586843  normal  0.71626 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3409  xylose isomerase domain-containing protein  24.85 
 
 
350 aa  54.7  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.822122  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0273  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.54 
 
 
278 aa  55.1  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1667  ATPase BadF/BadG/BcrA/BcrD type  33.12 
 
 
328 aa  54.7  0.000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.0242548 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0947  xylose isomerase-like TIM barrel  30.92 
 
 
308 aa  54.3  0.000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1429  xylose isomerase domain-containing protein  30.92 
 
 
308 aa  54.3  0.000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1390  hexokinase  30.99 
 
 
299 aa  54.3  0.000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.637507  unclonable  0.000000391885 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2794  ATPase BadF/BadG/BcrA/BcrD type  37.65 
 
 
314 aa  53.9  0.000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7279  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.12 
 
 
351 aa  53.9  0.000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0119  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.35 
 
 
338 aa  53.9  0.000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0958  ATPase BadF/BadG/BcrA/BcrD type  29.48 
 
 
298 aa  53.5  0.00001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3704  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.12 
 
 
350 aa  53.5  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1422  xylose isomerase-like  29.69 
 
 
297 aa  53.5  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0452084  normal  0.457038 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1085  xylose isomerase domain-containing protein  27.43 
 
 
305 aa  53.5  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.230737 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1861  xylose isomerase domain-containing protein  26.28 
 
 
351 aa  53.5  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0410034 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3406  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.12 
 
 
350 aa  53.9  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.548805 
 
 
-
 
NC_004310  BR0545  hypothetical protein  27.95 
 
 
350 aa  52.8  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.685975  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>