164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1707 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1707  hypothetical protein  100 
 
 		 351 aa  731    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0363  xylose isomerase domain-containing protein  74.5 
 
 		 350 aa  559  1e-158  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7279  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  73.49 
 
 		 351 aa  551  1e-156  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0766  xylose isomerase-like protein  71.92 
 
 		 359 aa  537  9.999999999999999e-153  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4328  xylose isomerase domain-containing protein  71.51 
 
 		 352 aa  539  9.999999999999999e-153  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.462116 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2689  xylose isomerase-like TIM barrel  71.76 
 
 		 350 aa  535  1e-151  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0453  xylose isomerase-like TIM barrel  71.76 
 
 		 351 aa  533  1e-150  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00000058237  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3129  endonuclease IV  73.49 
 
 		 336 aa  528  1e-149  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3647  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  69.45 
 
 		 350 aa  528  1e-149  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5209  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  69.63 
 
 		 351 aa  521  1e-147  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.625607  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0888  xylose isomerase domain-containing protein  70.32 
 
 		 351 aa  519  1e-146  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.372272 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1861  xylose isomerase domain-containing protein  68.01 
 
 		 351 aa  519  1e-146  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0410034 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3672  hypothetical protein  69.16 
 
 		 349 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.257365  normal  0.156343 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3432  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  69.74 
 
 		 350 aa  516  1.0000000000000001e-145  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2241  xylose isomerase domain-containing protein  69.45 
 
 		 349 aa  512  1e-144  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0965  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  69.16 
 
 		 349 aa  513  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5055  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  70.03 
 
 		 350 aa  509  1e-143  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4609  xylose isomerase domain-containing protein  69.54 
 
 		 351 aa  510  1e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0474989 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1049  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  68.19 
 
 		 350 aa  509  1e-143  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.296998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2788  xylose isomerase domain-containing protein  68.01 
 
 		 350 aa  506  9.999999999999999e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0951209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3831  hypothetical protein  68.59 
 
 		 350 aa  505  9.999999999999999e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0160671  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00431  Xylose isomerase-like TIM barrel  68.3 
 
 		 355 aa  505  9.999999999999999e-143  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.917632  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3704  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  67.44 
 
 		 350 aa  504  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3406  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  67.44 
 
 		 350 aa  503  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.548805 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0427  xylose isomerase domain-containing protein  70.78 
 
 		 341 aa  503  1e-141  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0545  hypothetical protein  66.86 
 
 		 350 aa  498  1e-140  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.685975  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0547  hypothetical protein  66.57 
 
 		 350 aa  494  1e-139  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0449  xylose isomerase-like TIM barrel  65.53 
 
 		 352 aa  493  9.999999999999999e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2681  xylose isomerase domain-containing protein  66.57 
 
 		 352 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.586843  normal  0.71626 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3409  xylose isomerase domain-containing protein  65.71 
 
 		 350 aa  492  9.999999999999999e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.822122  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4568  xylose isomerase domain-containing protein  66.57 
 
 		 354 aa  489  1e-137  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1244  putative IolE, sugar phosphate isomerase/epimerase  65.99 
 
 		 352 aa  487  1e-136  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.516732  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2905  xylose isomerase domain-containing protein  65.99 
 
 		 352 aa  487  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  68.3 
 
 		 356 aa  483  1e-135  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1195  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  64.84 
 
 		 356 aa  478  1e-134  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.176107  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1275  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  67.72 
 
 		 356 aa  477  1e-133  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2826  xylose isomerase domain-containing protein  64.55 
 
 		 378 aa  477  1e-133  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2544  xylose isomerase domain-containing protein  61.96 
 
 		 351 aa  468  1.0000000000000001e-131  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3092  xylose isomerase-like TIM barrel  61.1 
 
 		 351 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0573293 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4767  xylose isomerase domain-containing protein  63.4 
 
 		 350 aa  466  9.999999999999999e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.222121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1061  xylose isomerase domain-containing protein  66.07 
 
 		 341 aa  467  9.999999999999999e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1635  xylose isomerase domain-containing protein  62.75 
 
 		 352 aa  465  9.999999999999999e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.725748 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3926  xylose isomerase domain-containing protein  60.23 
 
 		 351 aa  459  9.999999999999999e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.290509  normal  0.0304872 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2766  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  60.52 
 
 		 351 aa  457  1e-127  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.710607 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1733  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.09 
 
 		 339 aa  176  4e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.85 
 
 		 338 aa  169  9e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.639101  normal  0.0346444 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0393  xylose isomerase-like TIM barrel  34.82 
 
 		 333 aa  167  4e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0897336  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3264  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.85 
 
 		 331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.26961  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4651  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  33.22 
 
 		 334 aa  160  3e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000654958 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8255  xylose isomerase domain-containing protein  34.92 
 
 		 335 aa  159  6e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.018151 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2615  xylose isomerase domain-containing protein  32.27 
 
 		 332 aa  158  1e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2880  xylose isomerase domain-containing protein  33.9 
 
 		 335 aa  156  6e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4061  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.82 
 
 		 334 aa  156  7e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3847  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.56 
 
 		 335 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2881  xylose isomerase domain-containing protein  31.63 
 
 		 332 aa  153  4e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15580  sugar phosphate isomerase/epimerase  30.57 
 
 		 333 aa  148  2.0000000000000003e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1781  xylose isomerase domain-containing protein  33.64 
 
 		 347 aa  146  6e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2826  xylose isomerase-like TIM barrel  33.44 
 
 		 338 aa  145  1e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.112108  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3268  xylose isomerase domain-containing protein  32.25 
 
 		 333 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.60758 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11150  sugar phosphate isomerase/epimerase  31.37 
 
 		 335 aa  143  4e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.750375  normal  0.0940368 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.03 
 
 		 332 aa  142  8e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10540  sugar phosphate isomerase/epimerase  31.21 
 
 		 333 aa  140  3e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1355  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.84 
 
 		 335 aa  139  1e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.4275  normal  0.774655 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0571  xylose isomerase domain-containing protein  31.84 
 
 		 333 aa  137  2e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4327  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.7 
 
 		 337 aa  136  4e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.239694 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0086  xylose isomerase domain-containing protein  29.97 
 
 		 334 aa  136  5e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1909  xylose isomerase domain-containing protein  31.46 
 
 		 333 aa  136  5e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0249  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.97 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.43 
 
 		 333 aa  132  1.0000000000000001e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2300  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.98 
 
 		 334 aa  130  4.0000000000000003e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000000686385  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.36 
 
 		 322 aa  74.3  0.000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1620  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.2 
 
 		 323 aa  65.9  0.0000000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.652805 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2001  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.3 
 
 		 659 aa  63.9  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0197966  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1849  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.6 
 
 		 322 aa  63.9  0.000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1076  xylose isomerase domain-containing protein  23.03 
 
 		 308 aa  60.8  0.00000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.07 
 
 		 305 aa  59.7  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1615  hypothetical protein  29.75 
 
 		 298 aa  59.3  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4487  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.69 
 
 		 289 aa  58.2  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.411638  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2255  myo-inositol catabolism protein  28.86 
 
 		 298 aa  57.8  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2256  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.95 
 
 		 321 aa  57.8  0.0000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.480899 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1620  hypothetical protein  29.11 
 
 		 298 aa  57.4  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1816  xylose isomerase domain-containing protein  24.3 
 
 		 304 aa  57  0.0000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.670883 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3352  Myo-inosose-2 dehydratase  27.85 
 
 		 296 aa  56.6  0.0000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0467219  normal  0.0568196 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1577  myo-inositol catabolism protein  26.74 
 
 		 298 aa  56.2  0.0000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.357804  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0582  xylose isomerase domain-containing protein  22.62 
 
 		 305 aa  55.5  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0101642  normal  0.477879 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0204  xylose isomerase domain-containing protein  28.9 
 
 		 322 aa  55.5  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0210  xylose isomerase domain-containing protein  28.9 
 
 		 322 aa  55.5  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0273  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.26 
 
 		 278 aa  55.8  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0991  xylose isomerase domain-containing protein  22.95 
 
 		 304 aa  55.5  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2336  hypothetical protein  28.19 
 
 		 237 aa  54.7  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2299  myo-inositol catabolism protein  28.19 
 
 		 298 aa  54.7  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1133  Myo-inosose-2 dehydratase  37.36 
 
 		 305 aa  55.1  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.459716  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4656  xylose isomerase domain-containing protein  26.32 
 
 		 298 aa  55.1  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.335563 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2612  xylose isomerase domain-containing protein  26.52 
 
 		 294 aa  54.3  0.000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1596  xylose isomerase domain-containing protein  23.96 
 
 		 310 aa  54.3  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1167  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.31 
 
 		 306 aa  53.9  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4013  Myo-inosose-2 dehydratase  28.24 
 
 		 297 aa  53.9  0.000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1324  putative myo-inositol catabolism LolE protein  26.92 
 
 		 308 aa  53.5  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2917  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.08 
 
 		 304 aa  53.9  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.409323  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1362  Myo-inosose-2 dehydratase  26.83 
 
 		 294 aa  53.5  0.000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>