133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3926 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007511  Bcep18194_B3092  xylose isomerase-like TIM barrel  86.32 
 
 		 351 aa  641    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0573293 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3926  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 351 aa  729    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.290509  normal  0.0304872 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2544  xylose isomerase domain-containing protein  77.71 
 
 		 351 aa  584  1e-166  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2766  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  78.92 
 
 		 351 aa  585  1e-166  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.710607 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4328  xylose isomerase domain-containing protein  65.52 
 
 		 352 aa  488  1e-137  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.462116 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2241  xylose isomerase domain-containing protein  65.43 
 
 		 349 aa  488  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0453  xylose isomerase-like TIM barrel  65.8 
 
 		 351 aa  485  1e-136  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00000058237  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3672  hypothetical protein  64.57 
 
 		 349 aa  486  1e-136  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.257365  normal  0.156343 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0965  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  64 
 
 		 349 aa  484  1e-136  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5209  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  64.57 
 
 		 351 aa  476  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.625607  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1861  xylose isomerase domain-containing protein  62 
 
 		 351 aa  474  1e-132  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0410034 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1244  putative IolE, sugar phosphate isomerase/epimerase  62 
 
 		 352 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.516732  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7279  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  62 
 
 		 351 aa  471  1.0000000000000001e-131  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2681  xylose isomerase domain-containing protein  62.29 
 
 		 352 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.586843  normal  0.71626 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2788  xylose isomerase domain-containing protein  60.86 
 
 		 350 aa  469  1.0000000000000001e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0951209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1049  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  62.57 
 
 		 350 aa  468  1.0000000000000001e-131  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.296998  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1195  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  63.71 
 
 		 356 aa  471  1.0000000000000001e-131  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.176107  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2905  xylose isomerase domain-containing protein  61.71 
 
 		 352 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4609  xylose isomerase domain-containing protein  63.53 
 
 		 351 aa  466  9.999999999999999e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0474989 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3406  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  60 
 
 		 350 aa  464  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.548805 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3704  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  60 
 
 		 350 aa  464  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3129  endonuclease IV  63.1 
 
 		 336 aa  461  1e-129  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0888  xylose isomerase domain-containing protein  61.71 
 
 		 351 aa  462  1e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.372272 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0427  xylose isomerase domain-containing protein  64.78 
 
 		 341 aa  462  1e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0545  hypothetical protein  59.71 
 
 		 350 aa  459  9.999999999999999e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.685975  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1707  hypothetical protein  60.23 
 
 		 351 aa  459  9.999999999999999e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3409  xylose isomerase domain-containing protein  59.71 
 
 		 350 aa  459  9.999999999999999e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.822122  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4568  xylose isomerase domain-containing protein  61.25 
 
 		 354 aa  459  9.999999999999999e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3831  hypothetical protein  59.71 
 
 		 350 aa  458  9.999999999999999e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0160671  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2689  xylose isomerase-like TIM barrel  61.43 
 
 		 350 aa  457  1e-127  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0449  xylose isomerase-like TIM barrel  61.03 
 
 		 352 aa  457  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0547  hypothetical protein  59.43 
 
 		 350 aa  455  1e-127  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5055  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  60.57 
 
 		 350 aa  455  1e-127  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0766  xylose isomerase-like protein  61.67 
 
 		 359 aa  449  1e-125  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2826  xylose isomerase domain-containing protein  61.14 
 
 		 378 aa  451  1e-125  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0363  xylose isomerase domain-containing protein  57.71 
 
 		 350 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00431  Xylose isomerase-like TIM barrel  59.6 
 
 		 355 aa  445  1.0000000000000001e-124  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.917632  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  60.86 
 
 		 356 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4767  xylose isomerase domain-containing protein  59.14 
 
 		 350 aa  441  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.222121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1061  xylose isomerase domain-containing protein  60.29 
 
 		 341 aa  441  1e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1635  xylose isomerase domain-containing protein  60.4 
 
 		 352 aa  439  9.999999999999999e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.725748 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1275  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  60.86 
 
 		 356 aa  440  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3647  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  58 
 
 		 350 aa  440  9.999999999999999e-123  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3432  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  58 
 
 		 350 aa  437  1e-121  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3264  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.52 
 
 		 331 aa  167  2e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.26961  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0393  xylose isomerase-like TIM barrel  35.14 
 
 		 333 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0897336  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1733  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.65 
 
 		 339 aa  162  7e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4061  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.13 
 
 		 334 aa  156  4e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8255  xylose isomerase domain-containing protein  33.96 
 
 		 335 aa  157  4e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.018151 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3847  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.02 
 
 		 335 aa  156  6e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.62 
 
 		 338 aa  155  7e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.639101  normal  0.0346444 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2880  xylose isomerase domain-containing protein  32.92 
 
 		 335 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4651  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  32.14 
 
 		 334 aa  148  1.0000000000000001e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000654958 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.13 
 
 		 332 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15580  sugar phosphate isomerase/epimerase  30.09 
 
 		 333 aa  146  5e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0086  xylose isomerase domain-containing protein  31.33 
 
 		 334 aa  145  8.000000000000001e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11150  sugar phosphate isomerase/epimerase  31.61 
 
 		 335 aa  145  1e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.750375  normal  0.0940368 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1781  xylose isomerase domain-containing protein  31.96 
 
 		 347 aa  142  6e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2826  xylose isomerase-like TIM barrel  31.45 
 
 		 338 aa  142  7e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.112108  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3268  xylose isomerase domain-containing protein  31.53 
 
 		 333 aa  141  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.60758 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4327  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.16 
 
 		 337 aa  142  9.999999999999999e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.239694 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10540  sugar phosphate isomerase/epimerase  29.64 
 
 		 333 aa  140  3e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0571  xylose isomerase domain-containing protein  29.64 
 
 		 333 aa  138  1e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0249  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.34 
 
 		 333 aa  137  2e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2300  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.94 
 
 		 334 aa  137  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000000686385  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1909  xylose isomerase domain-containing protein  29.34 
 
 		 333 aa  137  3.0000000000000003e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2615  xylose isomerase domain-containing protein  28.81 
 
 		 332 aa  137  4e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2881  xylose isomerase domain-containing protein  29.14 
 
 		 332 aa  135  9e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.43 
 
 		 333 aa  134  3e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1355  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.88 
 
 		 335 aa  132  1.0000000000000001e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.4275  normal  0.774655 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1849  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.49 
 
 		 322 aa  67.4  0.0000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2256  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.46 
 
 		 321 aa  64.7  0.000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.480899 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1076  xylose isomerase domain-containing protein  23.6 
 
 		 308 aa  64.7  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1620  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.36 
 
 		 323 aa  65.1  0.000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.652805 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.66 
 
 		 322 aa  61.6  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2325  xylose isomerase domain-containing protein  30.67 
 
 		 303 aa  59.7  0.00000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0345  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20.47 
 
 		 312 aa  59.3  0.00000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0991  xylose isomerase domain-containing protein  23.26 
 
 		 304 aa  58.5  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1362  Myo-inosose-2 dehydratase  28.31 
 
 		 294 aa  59.3  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0008  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.95 
 
 		 322 aa  57.8  0.0000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1085  xylose isomerase domain-containing protein  22.78 
 
 		 305 aa  55.1  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.230737 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 305 aa  55.1  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1577  myo-inositol catabolism protein  24.49 
 
 		 298 aa  52.4  0.00001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.357804  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2792  xylose isomerase domain-containing protein  22.48 
 
 		 305 aa  52  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2299  myo-inositol catabolism protein  25.79 
 
 		 298 aa  50.8  0.00004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0303  myo-inositol catabolism protein  25.16 
 
 		 298 aa  50.4  0.00004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2255  myo-inositol catabolism protein  25.16 
 
 		 298 aa  50.4  0.00005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3273  AP endonuclease  24.84 
 
 		 301 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0853475  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2336  hypothetical protein  25.79 
 
 		 237 aa  50.1  0.00006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1596  xylose isomerase domain-containing protein  23.57 
 
 		 310 aa  50.1  0.00006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0582  xylose isomerase domain-containing protein  23.2 
 
 		 305 aa  49.3  0.00009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0101642  normal  0.477879 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1816  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 304 aa  49.3  0.0001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.670883 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3352  Myo-inosose-2 dehydratase  28.68 
 
 		 296 aa  48.9  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0467219  normal  0.0568196 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2835  xylose isomerase domain-containing protein  26.37 
 
 		 310 aa  48.9  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.840707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  24.32 
 
 		 297 aa  48.1  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2531  putative IolE protein  24.53 
 
 		 298 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.32551e-17 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1133  Myo-inosose-2 dehydratase  28.03 
 
 		 305 aa  48.1  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.459716  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2948  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.7 
 
 		 323 aa  47.8  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3499  iolE protein  24.2 
 
 		 301 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4190  xylose isomerase-like TIM barrel  30.71 
 
 		 371 aa  47.4  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.720259  hitchhiker  0.00898811 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>