50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4917 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4917  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 300 aa  622  1e-177  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460594  normal  0.462134 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  90.27 
 
 		 300 aa  570  1e-161  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.905747  hitchhiker  0.000288206 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6571  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  88 
 
 		 300 aa  565  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00340356  normal  0.297177 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5396  hypothetical protein  86.33 
 
 		 312 aa  554  1e-157  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0868602  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1076  xylose isomerase domain-containing protein  28.83 
 
 		 308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0345  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.62 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1085  xylose isomerase domain-containing protein  29.88 
 
 		 305 aa  115  6e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.230737 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2792  xylose isomerase domain-containing protein  29.48 
 
 		 305 aa  115  7.999999999999999e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2962  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.09 
 
 		 304 aa  112  8.000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0582  xylose isomerase domain-containing protein  27.54 
 
 		 305 aa  105  1e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0101642  normal  0.477879 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1167  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.58 
 
 		 306 aa  102  7e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1485  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.15 
 
 		 310 aa  100  2e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0991  xylose isomerase domain-containing protein  27.62 
 
 		 304 aa  96.7  4e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2917  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.06 
 
 		 304 aa  94.7  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.409323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1462  xylose isomerase-like  26.69 
 
 		 304 aa  86.3  6e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0792814  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5338  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.36 
 
 		 306 aa  84.3  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0218973  normal  0.666758 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1807  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.18 
 
 		 277 aa  80.1  0.00000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2948  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.6 
 
 		 323 aa  69.3  0.00000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.92 
 
 		 322 aa  66.2  0.0000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4720  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.87 
 
 		 284 aa  60.1  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4691  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.41 
 
 		 284 aa  57  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0204  xylose isomerase domain-containing protein  26.23 
 
 		 322 aa  55.1  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1849  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.28 
 
 		 322 aa  55.1  0.000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0210  xylose isomerase domain-containing protein  26.23 
 
 		 322 aa  55.1  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2256  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.7 
 
 		 321 aa  55.5  0.000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.480899 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1620  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.46 
 
 		 323 aa  52.8  0.000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.652805 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0008  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.89 
 
 		 322 aa  50.4  0.00003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.74 
 
 		 332 aa  50.1  0.00005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4048  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.2 
 
 		 286 aa  50.1  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2881  xylose isomerase domain-containing protein  31.63 
 
 		 332 aa  49.3  0.00009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0393  xylose isomerase-like TIM barrel  24.62 
 
 		 333 aa  48.9  0.00009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0897336  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33700  hypothetical protein  26.11 
 
 		 313 aa  48.9  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2615  xylose isomerase domain-containing protein  31.63 
 
 		 332 aa  48.9  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3264  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24 
 
 		 331 aa  48.1  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.26961  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3195  xylose isomerase domain-containing protein  24.02 
 
 		 313 aa  48.1  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.975656  normal  0.799705 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2826  xylose isomerase-like TIM barrel  24.67 
 
 		 338 aa  46.6  0.0005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.112108  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  26.22 
 
 		 635 aa  46.2  0.0007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  24.6 
 
 		 271 aa  45.8  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15580  sugar phosphate isomerase/epimerase  26.07 
 
 		 333 aa  44.7  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8255  xylose isomerase domain-containing protein  29.06 
 
 		 335 aa  44.3  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.018151 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4651  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  23.23 
 
 		 334 aa  43.9  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000654958 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1342  Myo-inosose-2 dehydratase  25.58 
 
 		 296 aa  43.5  0.004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3333  Myo-inosose-2 dehydratase  26.25 
 
 		 296 aa  43.9  0.004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11150  sugar phosphate isomerase/epimerase  23.02 
 
 		 335 aa  43.1  0.005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.750375  normal  0.0940368 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1733  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29 
 
 		 339 aa  42.7  0.007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  27.59 
 
 		 629 aa  42.7  0.007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4190  xylose isomerase-like TIM barrel  28.69 
 
 		 371 aa  42.7  0.007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.720259  hitchhiker  0.00898811 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0049  xylose isomerase domain-containing protein  24.53 
 
 		 315 aa  42.7  0.008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3837  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.93 
 
 		 290 aa  42.4  0.009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.746736  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4616  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.03 
 
 		 332 aa  42.4  0.01  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>