65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3837 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_3837  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 290 aa  557  1e-158  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.746736  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1444  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  58.24 
 
 		 327 aa  266  2.9999999999999995e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.133087 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2335  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.06 
 
 		 271 aa  124  3e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0499  xylose isomerase domain-containing protein  35.22 
 
 		 282 aa  118  9.999999999999999e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2200  xylose isomerase domain-containing protein  34.31 
 
 		 288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.86 
 
 		 279 aa  100  3e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0346457 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0778  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.81 
 
 		 280 aa  97.1  3e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0102757 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0500  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.97 
 
 		 266 aa  67.4  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000106724  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1113  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.11 
 
 		 277 aa  64.3  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0433  xylose isomerase domain-containing protein  26.61 
 
 		 279 aa  63.5  0.000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0126  hexulose-6-phosphate isomerase  27.17 
 
 		 291 aa  54.3  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0323  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.5 
 
 		 536 aa  53.9  0.000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0146  hexulose-6-phosphate isomerase  23.79 
 
 		 291 aa  53.1  0.000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0870  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.6 
 
 		 280 aa  52.4  0.000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.505971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1909  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.79 
 
 		 280 aa  52  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3869  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.33 
 
 		 274 aa  50.4  0.00003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0966717  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3955  xylose isomerase domain-containing protein  27.27 
 
 		 276 aa  50.1  0.00005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00177251  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1537  xylose isomerase domain-containing protein  31.64 
 
 		 283 aa  50.1  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.505536  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1682  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.69 
 
 		 287 aa  49.3  0.00007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3595  Myo-inosose-2 dehydratase  27.27 
 
 		 297 aa  48.5  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50050  2-keto-myo-inositol dehydratase  31.25 
 
 		 303 aa  47.8  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.602375  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1134  xylose isomerase domain-containing protein  28.4 
 
 		 389 aa  47.4  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.155957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1675  AP endonuclease  32.59 
 
 		 306 aa  47.4  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.173299  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0023  xylose isomerase domain-containing protein  31.25 
 
 		 277 aa  47.4  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.140146  normal  0.179482 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1829  hypothetical protein  32.59 
 
 		 306 aa  47.4  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0766527  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4048  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.12 
 
 		 286 aa  47.4  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1324  putative myo-inositol catabolism LolE protein  31.58 
 
 		 308 aa  47  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  25.69 
 
 		 297 aa  47  0.0004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0234  AMP-dependent synthetase and ligase  24.44 
 
 		 843 aa  46.6  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000591284  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  30.88 
 
 		 257 aa  46.6  0.0005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1811  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  25.32 
 
 		 287 aa  46.6  0.0005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00140377  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1174  hydroxypyruvate isomerase  29.03 
 
 		 262 aa  46.6  0.0005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.970176  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3316  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32 
 
 		 285 aa  46.6  0.0005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0367293 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2140  Hydroxypyruvate isomerase  30.5 
 
 		 273 aa  46.6  0.0005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0435  xylose isomerase domain-containing protein  31.71 
 
 		 266 aa  46.2  0.0006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4521  Sugar phosphate isomerase/epimerase-like protein  30.83 
 
 		 296 aa  45.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.852286  normal  0.467171 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.69 
 
 		 276 aa  45.1  0.001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1971  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.23 
 
 		 265 aa  45.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0911  hypothetical protein  31.11 
 
 		 306 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2296  xylose isomerase domain-containing protein  32.64 
 
 		 284 aa  45.4  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.837995  normal  0.299582 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1442  AP endonuclease  31.11 
 
 		 306 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.609184  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0724  AP endonuclease  31.11 
 
 		 306 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.367793  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1653  AP endonuclease  31.11 
 
 		 306 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.959785  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0438  hypothetical protein  31.11 
 
 		 306 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1348  hypothetical protein  21.5 
 
 		 271 aa  44.3  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.359859  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2721  xylose isomerase domain-containing protein  39.44 
 
 		 280 aa  44.3  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.543869  normal  0.780906 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  30.53 
 
 		 256 aa  44.7  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2266  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.65 
 
 		 266 aa  45.1  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00648615  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  30.2 
 
 		 250 aa  43.9  0.003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3333  Myo-inosose-2 dehydratase  25.98 
 
 		 296 aa  43.9  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3899  hydroxypyruvate isomerase  27.23 
 
 		 251 aa  43.5  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2811  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.92 
 
 		 305 aa  43.1  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.279544  normal  0.182339 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1807  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.9 
 
 		 277 aa  42.7  0.006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1528  xylose isomerase-like TIM barrel  31.58 
 
 		 269 aa  43.1  0.006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.317464  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2649  hypothetical protein  31.85 
 
 		 306 aa  42.7  0.007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0432409  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1362  Myo-inosose-2 dehydratase  29.46 
 
 		 294 aa  42.7  0.007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0327  hypothetical protein  30.54 
 
 		 634 aa  42.7  0.008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.627098  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2848  xylose isomerase-like TIM barrel  26.26 
 
 		 282 aa  42.7  0.008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.561386  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4186  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.29 
 
 		 300 aa  42.7  0.008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4163  xylose isomerase domain-containing protein  28.14 
 
 		 257 aa  42.7  0.008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0409  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.47 
 
 		 274 aa  42.4  0.009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4917  xylose isomerase domain-containing protein  23.93 
 
 		 300 aa  42.4  0.009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460594  normal  0.462134 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4598  xylose isomerase-like TIM barrel  25.33 
 
 		 277 aa  42.4  0.009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5448  Myo-inosose-2 dehydratase  31.67 
 
 		 295 aa  42.4  0.01  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.10992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4019  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.91 
 
 		 278 aa  42  0.01  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.72992  normal  0.677617 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>