62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5396 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5396  hypothetical protein  100 
 
 		 312 aa  648    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0868602  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  89.53 
 
 		 300 aa  566  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.905747  hitchhiker  0.000288206 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6571  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  88.51 
 
 		 300 aa  559  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00340356  normal  0.297177 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4917  xylose isomerase domain-containing protein  86.33 
 
 		 300 aa  554  1e-157  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460594  normal  0.462134 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1076  xylose isomerase domain-containing protein  33.05 
 
 		 308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0345  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.2 
 
 		 312 aa  120  3e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1085  xylose isomerase domain-containing protein  32.28 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.230737 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2962  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.03 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2792  xylose isomerase domain-containing protein  29.92 
 
 		 305 aa  116  6e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1167  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.5 
 
 		 306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0991  xylose isomerase domain-containing protein  31.76 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0582  xylose isomerase domain-containing protein  30.31 
 
 		 305 aa  105  1e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0101642  normal  0.477879 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2917  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.47 
 
 		 304 aa  101  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.409323  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1485  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.31 
 
 		 310 aa  100  3e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1462  xylose isomerase-like  27.09 
 
 		 304 aa  94  3e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0792814  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5338  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.61 
 
 		 306 aa  90.5  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0218973  normal  0.666758 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1807  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.87 
 
 		 277 aa  85.9  7e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2948  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.05 
 
 		 323 aa  67.8  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.2 
 
 		 322 aa  66.2  0.0000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4720  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.85 
 
 		 284 aa  62.8  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4691  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.38 
 
 		 284 aa  58.9  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0210  xylose isomerase domain-containing protein  26.72 
 
 		 322 aa  57.4  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0204  xylose isomerase domain-containing protein  26.72 
 
 		 322 aa  57.4  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2256  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.75 
 
 		 321 aa  55.1  0.000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.480899 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1620  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.38 
 
 		 323 aa  53.1  0.000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.652805 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33700  hypothetical protein  23.91 
 
 		 313 aa  52.4  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15580  sugar phosphate isomerase/epimerase  26.84 
 
 		 333 aa  51.2  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1849  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.38 
 
 		 322 aa  51.6  0.00002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  24.19 
 
 		 271 aa  51.6  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  28.99 
 
 		 635 aa  50.1  0.00005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3264  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24 
 
 		 331 aa  50.1  0.00005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.26961  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0008  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.27 
 
 		 322 aa  49.7  0.00006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8255  xylose isomerase domain-containing protein  32.2 
 
 		 335 aa  49.7  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.018151 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3333  Myo-inosose-2 dehydratase  27.85 
 
 		 296 aa  49.3  0.00009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1342  Myo-inosose-2 dehydratase  27.22 
 
 		 296 aa  49.3  0.00009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4048  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.21 
 
 		 286 aa  48.5  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2615  xylose isomerase domain-containing protein  30.21 
 
 		 332 aa  47.8  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2881  xylose isomerase domain-containing protein  30.21 
 
 		 332 aa  48.1  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50050  2-keto-myo-inositol dehydratase  27.04 
 
 		 303 aa  47.4  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.602375  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2880  xylose isomerase domain-containing protein  34.38 
 
 		 335 aa  47  0.0004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11150  sugar phosphate isomerase/epimerase  25.26 
 
 		 335 aa  46.6  0.0006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.750375  normal  0.0940368 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3195  xylose isomerase domain-containing protein  22.99 
 
 		 313 aa  46.6  0.0006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.975656  normal  0.799705 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0393  xylose isomerase-like TIM barrel  23.5 
 
 		 333 aa  46.2  0.0007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0897336  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.03 
 
 		 332 aa  45.4  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4651  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  25.64 
 
 		 334 aa  45.8  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000654958 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2300  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.06 
 
 		 334 aa  45.4  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000000686385  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2826  xylose isomerase-like TIM barrel  26.23 
 
 		 338 aa  44.7  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.112108  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1355  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.87 
 
 		 335 aa  44.7  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.4275  normal  0.774655 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0049  xylose isomerase domain-containing protein  25.16 
 
 		 315 aa  44.3  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5095  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  29.17 
 
 		 604 aa  44.3  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0443788 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4061  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.96 
 
 		 334 aa  44.3  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4190  xylose isomerase-like TIM barrel  29.03 
 
 		 371 aa  44.3  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.720259  hitchhiker  0.00898811 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0249  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.78 
 
 		 333 aa  43.1  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  28.97 
 
 		 629 aa  43.5  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2995  Myo-inosose-2 dehydratase  24.85 
 
 		 296 aa  42.7  0.007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.61 
 
 		 338 aa  42.7  0.007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.639101  normal  0.0346444 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1733  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29 
 
 		 339 aa  42.7  0.008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10540  sugar phosphate isomerase/epimerase  25.75 
 
 		 333 aa  42.7  0.009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0571  xylose isomerase domain-containing protein  25.89 
 
 		 333 aa  42.4  0.01  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1909  xylose isomerase domain-containing protein  25.89 
 
 		 333 aa  42.4  0.01  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2811  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.33 
 
 		 305 aa  42.4  0.01  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.279544  normal  0.182339 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2835  xylose isomerase domain-containing protein  26.38 
 
 		 310 aa  42.4  0.01  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.840707  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>