95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1679 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1679  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 300 aa  629  1e-179  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.338989  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2321  xylose isomerase domain-containing protein  83.67 
 
 		 320 aa  551  1e-156  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2772  xylose isomerase domain-containing protein  63.21 
 
 		 304 aa  417  9.999999999999999e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.549003  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1049  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  62.88 
 
 		 304 aa  408  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.392718  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1244  putative protein implicated IN myo-inositol catabolique pathway  61.2 
 
 		 303 aa  382  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.341536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4571  xylose isomerase-like TIM barrel  58.47 
 
 		 303 aa  367  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.985344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0945  xylose isomerase-like TIM barrel  58.14 
 
 		 303 aa  364  1e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.879537  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1405  xylose isomerase domain-containing protein  58.14 
 
 		 303 aa  363  1e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1427  xylose isomerase domain-containing protein  58.14 
 
 		 303 aa  364  1e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.815598  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1307  xylose isomerase domain-containing protein  58.14 
 
 		 304 aa  363  2e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1346  xylose isomerase domain-containing protein  57.81 
 
 		 304 aa  361  7.0000000000000005e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2927  xylose isomerase domain-containing protein  57.33 
 
 		 307 aa  358  4e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0837933  normal  0.217068 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1888  xylose isomerase domain-containing protein  57.14 
 
 		 303 aa  358  6e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7804  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  54.7 
 
 		 299 aa  335  5e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1810  xylose isomerase domain-containing protein  54.92 
 
 		 287 aa  334  1e-90  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.753291 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2748  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  50.84 
 
 		 318 aa  318  6e-86  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.652978  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50120  myo-inositol catabolism protein IolH  50.51 
 
 		 285 aa  309  4e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3267  AP endonuclease  51.38 
 
 		 286 aa  306  3e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3493  iolH protein  51.72 
 
 		 286 aa  306  3e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00667421  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4050  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  45.12 
 
 		 284 aa  281  8.000000000000001e-75  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00790933  normal  0.0910238 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  44.41 
 
 		 291 aa  265  7e-70  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.401459  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0943  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  44.85 
 
 		 291 aa  262  4.999999999999999e-69  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0388  xylose isomerase domain-containing protein  44.88 
 
 		 290 aa  262  6e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0826  xylose isomerase domain-containing protein  43.56 
 
 		 290 aa  254  2.0000000000000002e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4657  xylose isomerase domain-containing protein  37.83 
 
 		 294 aa  217  2e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.480222 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4718  protein IolH  38.36 
 
 		 294 aa  212  7e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.745442  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.41 
 
 		 276 aa  83.2  0.000000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.84 
 
 		 286 aa  68.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1733  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.04 
 
 		 339 aa  62.8  0.000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2826  xylose isomerase-like TIM barrel  22.93 
 
 		 338 aa  58.9  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.112108  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.6 
 
 		 332 aa  58.9  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  25.98 
 
 		 250 aa  57.8  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.57 
 
 		 338 aa  57  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.639101  normal  0.0346444 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.97 
 
 		 262 aa  55.8  0.0000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0393  xylose isomerase-like TIM barrel  24.68 
 
 		 333 aa  56.2  0.0000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0897336  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2880  xylose isomerase domain-containing protein  22.68 
 
 		 335 aa  55.8  0.0000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  20 
 
 		 274 aa  55.1  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.96 
 
 		 282 aa  54.7  0.000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8563  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.51 
 
 		 278 aa  54.7  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0314267  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  23.35 
 
 		 256 aa  53.9  0.000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2615  xylose isomerase domain-containing protein  24.41 
 
 		 332 aa  53.1  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2881  xylose isomerase domain-containing protein  24.75 
 
 		 332 aa  52.4  0.000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0499  xylose isomerase domain-containing protein  21.51 
 
 		 304 aa  52  0.00001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00421742  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3700  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.37 
 
 		 299 aa  52.4  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4190  xylose isomerase-like TIM barrel  22.22 
 
 		 371 aa  52.4  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.720259  hitchhiker  0.00898811 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1971  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.21 
 
 		 265 aa  51.6  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.38 
 
 		 256 aa  51.6  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  24.15 
 
 		 256 aa  50.8  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2397  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.88 
 
 		 333 aa  51.6  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  25.55 
 
 		 285 aa  50.4  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4651  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  22.79 
 
 		 334 aa  50.4  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000654958 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4061  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.33 
 
 		 334 aa  50.1  0.00005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4327  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.61 
 
 		 337 aa  49.7  0.00006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.239694 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0121  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.31 
 
 		 290 aa  49.7  0.00006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3194  hypothetical protein  24.12 
 
 		 269 aa  49.7  0.00006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0561892  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2948  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.37 
 
 		 323 aa  49.3  0.00009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1781  xylose isomerase domain-containing protein  21.32 
 
 		 347 aa  48.5  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  20.07 
 
 		 287 aa  48.5  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0249  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.87 
 
 		 333 aa  48.1  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11110  sugar phosphate isomerase/epimerase  24.87 
 
 		 480 aa  47.8  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.479367  normal  0.230414 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3264  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.49 
 
 		 331 aa  47.8  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.26961  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1355  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.21 
 
 		 335 aa  48.1  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.4275  normal  0.774655 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1263  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.62 
 
 		 297 aa  48.1  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0571  xylose isomerase domain-containing protein  22.82 
 
 		 333 aa  48.1  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2962  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.27 
 
 		 304 aa  48.1  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3869  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.72 
 
 		 274 aa  47.4  0.0003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0966717  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1076  xylose isomerase domain-containing protein  21.15 
 
 		 308 aa  47.4  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3693  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.93 
 
 		 270 aa  47.4  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3268  xylose isomerase domain-containing protein  23.1 
 
 		 333 aa  47.4  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.60758 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1909  xylose isomerase domain-containing protein  22.48 
 
 		 333 aa  47.4  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3174  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.19 
 
 		 283 aa  46.6  0.0005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11150  sugar phosphate isomerase/epimerase  22.92 
 
 		 335 aa  46.6  0.0005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.750375  normal  0.0940368 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.62 
 
 		 289 aa  46.6  0.0005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3568  fructoselysine 3-epimerase  24.65 
 
 		 276 aa  45.8  0.0008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.41 
 
 		 258 aa  45.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3847  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.45 
 
 		 335 aa  45.4  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4048  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.06 
 
 		 286 aa  45.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3750  fructoselysine 3-epimerase  24.31 
 
 		 276 aa  44.7  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238004  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3766  xylose isomerase domain-containing protein  22.05 
 
 		 306 aa  45.1  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.50217  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0086  xylose isomerase domain-containing protein  21.74 
 
 		 334 aa  45.1  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.31 
 
 		 276 aa  43.9  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03175  hypothetical protein  24.31 
 
 		 276 aa  43.9  0.003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03223  predicted isomerase  24.31 
 
 		 276 aa  43.9  0.003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.64 
 
 		 258 aa  43.9  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2365  hydroxypyruvate isomerase  23.61 
 
 		 266 aa  43.5  0.005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0340  fructoselysine 3-epimerase  24.31 
 
 		 276 aa  43.5  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.452792 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1807  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.43 
 
 		 277 aa  43.1  0.006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10540  sugar phosphate isomerase/epimerase  23.21 
 
 		 333 aa  43.1  0.006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0995  xylose isomerase-like TIM barrel  29.81 
 
 		 304 aa  43.1  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8255  xylose isomerase domain-containing protein  22.87 
 
 		 335 aa  42.7  0.007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.018151 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0988  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  22.83 
 
 		 294 aa  42.7  0.007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0393582  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4684  fructoselysine 3-epimerase  23.96 
 
 		 275 aa  42.7  0.008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3842  fructoselysine 3-epimerase  23.96 
 
 		 276 aa  42.7  0.008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  25.68 
 
 		 257 aa  42.7  0.008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2628  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.14 
 
 		 289 aa  42.4  0.009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>