66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1244 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1244  putative protein implicated IN myo-inositol catabolique pathway  100 
 
 		 303 aa  623  1e-177  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.341536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4571  xylose isomerase-like TIM barrel  88.12 
 
 		 303 aa  559  1e-158  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.985344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1405  xylose isomerase domain-containing protein  86.8 
 
 		 303 aa  554  1e-157  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0945  xylose isomerase-like TIM barrel  87.46 
 
 		 303 aa  555  1e-157  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.879537  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1427  xylose isomerase domain-containing protein  87.46 
 
 		 303 aa  555  1e-157  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.815598  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1346  xylose isomerase domain-containing protein  85.86 
 
 		 304 aa  551  1e-156  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1307  xylose isomerase domain-containing protein  86.18 
 
 		 304 aa  551  1e-156  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1888  xylose isomerase domain-containing protein  85.81 
 
 		 303 aa  546  1e-154  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2927  xylose isomerase domain-containing protein  84.44 
 
 		 307 aa  536  1e-151  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0837933  normal  0.217068 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7804  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  60.67 
 
 		 299 aa  393  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1049  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  59.87 
 
 		 304 aa  390  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.392718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2772  xylose isomerase domain-containing protein  60.6 
 
 		 304 aa  384  1e-106  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.549003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1679  xylose isomerase domain-containing protein  61.2 
 
 		 300 aa  382  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.338989  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2321  xylose isomerase domain-containing protein  60.67 
 
 		 320 aa  380  1e-104  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1810  xylose isomerase domain-containing protein  56 
 
 		 287 aa  339  2.9999999999999998e-92  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.753291 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3493  iolH protein  51.9 
 
 		 286 aa  300  2e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00667421  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3267  AP endonuclease  50.66 
 
 		 286 aa  300  2e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50120  myo-inositol catabolism protein IolH  48.47 
 
 		 285 aa  292  6e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4050  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  50 
 
 		 284 aa  282  4.0000000000000003e-75  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00790933  normal  0.0910238 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2748  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  46.82 
 
 		 318 aa  279  5e-74  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.652978  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0388  xylose isomerase domain-containing protein  44.04 
 
 		 290 aa  258  1e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.25 
 
 		 291 aa  245  6.999999999999999e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.401459  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0943  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.53 
 
 		 291 aa  236  4e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0826  xylose isomerase domain-containing protein  38.8 
 
 		 290 aa  226  4e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4657  xylose isomerase domain-containing protein  38.82 
 
 		 294 aa  213  2.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.480222 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4718  protein IolH  35.2 
 
 		 294 aa  195  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.745442  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.05 
 
 		 276 aa  74.7  0.000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.47 
 
 		 282 aa  72.8  0.000000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3432  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.59 
 
 		 316 aa  60.1  0.00000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0982928  normal  0.0112247 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2365  hydroxypyruvate isomerase  26.74 
 
 		 266 aa  58.9  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  20.86 
 
 		 287 aa  56.2  0.0000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11110  sugar phosphate isomerase/epimerase  25.19 
 
 		 480 aa  55.1  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.479367  normal  0.230414 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2155  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.72 
 
 		 322 aa  54.3  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3407  hydroxypyruvate isomerase  29.14 
 
 		 269 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.743274  decreased coverage  0.0000181243 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8563  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.04 
 
 		 278 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0314267  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.88 
 
 		 262 aa  50.1  0.00004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4048  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.55 
 
 		 286 aa  49.7  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2948  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.33 
 
 		 323 aa  47.8  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1733  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.94 
 
 		 339 aa  48.1  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2880  xylose isomerase domain-containing protein  24.67 
 
 		 335 aa  47.8  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  20.93 
 
 		 274 aa  47.8  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0393  xylose isomerase-like TIM barrel  24.41 
 
 		 333 aa  47.4  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0897336  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  26.36 
 
 		 269 aa  46.6  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1174  hydroxypyruvate isomerase  27.2 
 
 		 262 aa  46.2  0.0006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.970176  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  22.87 
 
 		 256 aa  45.8  0.0008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0122  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.79 
 
 		 627 aa  45.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134725  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2842  Hydroxypyruvate isomerase  25.09 
 
 		 271 aa  45.4  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0814661  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.08 
 
 		 338 aa  45.8  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.639101  normal  0.0346444 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2326  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.87 
 
 		 284 aa  44.7  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00147679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2260  hydroxypyruvate isomerase  25.48 
 
 		 262 aa  45.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.654587  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2300  hydroxypyruvate isomerase  25.48 
 
 		 262 aa  45.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.946761  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  24.1 
 
 		 250 aa  45.1  0.002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.1 
 
 		 282 aa  45.1  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2425  hydroxypyruvate isomerase  25.48 
 
 		 262 aa  45.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.48 
 
 		 258 aa  44.7  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0211  hydroxypyruvate isomerase  24.19 
 
 		 258 aa  44.3  0.003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0883  xylose isomerase domain-containing protein  22.18 
 
 		 334 aa  43.9  0.003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.106547  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  23.67 
 
 		 271 aa  43.5  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2461  hydroxypyruvate isomerase  26.19 
 
 		 269 aa  43.5  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731976  normal  0.599526 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0423  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.59 
 
 		 287 aa  43.1  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.985837  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3317  xylose isomerase-like TIM barrel  23.53 
 
 		 257 aa  43.1  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.695295  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0571  xylose isomerase domain-containing protein  24.52 
 
 		 333 aa  42.7  0.008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15580  sugar phosphate isomerase/epimerase  24.52 
 
 		 333 aa  42.7  0.008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4619  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.27 
 
 		 282 aa  42.7  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154569  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  27.2 
 
 		 257 aa  42.4  0.009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  21.43 
 
 		 258 aa  42.4  0.01  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>