163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_2326 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_2326  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 284 aa  552  1e-156  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00147679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11110  sugar phosphate isomerase/epimerase  63 
 
 		 480 aa  325  5e-88  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.479367  normal  0.230414 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3316  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  43.13 
 
 		 313 aa  238  1e-61  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1020  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  46.91 
 
 		 275 aa  218  1e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2286  xylose isomerase domain-containing protein  46.64 
 
 		 277 aa  215  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0370511  normal  0.0282506 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2522  xylose isomerase domain-containing protein  40.99 
 
 		 281 aa  207  2e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3593  xylose isomerase domain-containing protein  44.49 
 
 		 290 aa  207  2e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.671139  decreased coverage  0.000150106 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2806  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  43.07 
 
 		 297 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2911  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.34 
 
 		 297 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.180268  normal  0.124085 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2684  xylose isomerase domain-containing protein  41.97 
 
 		 297 aa  196  3e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.16562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.33 
 
 		 276 aa  121  1.9999999999999998e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  30.69 
 
 		 274 aa  120  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2524  xylose isomerase domain-containing protein  32.63 
 
 		 287 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.06 
 
 		 282 aa  101  1e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  30.69 
 
 		 287 aa  93.6  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3432  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.84 
 
 		 316 aa  80.5  0.00000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0982928  normal  0.0112247 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5464  xylose isomerase domain-containing protein  27.47 
 
 		 279 aa  62  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.448037  normal  0.953141 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  24.52 
 
 		 271 aa  58.2  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  30.3 
 
 		 256 aa  58.5  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4176  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.8 
 
 		 394 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346853  hitchhiker  0.000695283 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 		 286 aa  57.4  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3407  hydroxypyruvate isomerase  32.14 
 
 		 269 aa  56.2  0.0000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.743274  decreased coverage  0.0000181243 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  28.88 
 
 		 250 aa  55.5  0.000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1257  xylose isomerase domain-containing protein  21.29 
 
 		 264 aa  54.3  0.000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.666664  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4572  hydroxypyruvate isomerase  29.46 
 
 		 258 aa  54.7  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0168162 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4202  hydroxypyruvate isomerase  31.45 
 
 		 268 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.407118 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  28.48 
 
 		 259 aa  53.9  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1496  xylose isomerase domain-containing protein  22.42 
 
 		 279 aa  53.9  0.000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00334669  normal  0.969169 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4050  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.84 
 
 		 284 aa  53.5  0.000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00790933  normal  0.0910238 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  35.11 
 
 		 272 aa  53.1  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3432  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.38 
 
 		 350 aa  53.1  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.31 
 
 		 258 aa  53.1  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4048  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.5 
 
 		 286 aa  52.8  0.000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31430  Xylose isomerase-like TIM barrel protein, probably inolved in myo-inositol catabolism  38.54 
 
 		 262 aa  52.4  0.000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.161007  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  28.66 
 
 		 271 aa  52.4  0.000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00431  Xylose isomerase-like TIM barrel  24.12 
 
 		 355 aa  51.6  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.917632  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.34 
 
 		 289 aa  51.6  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0621  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.05 
 
 		 281 aa  51.2  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2748  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.39 
 
 		 318 aa  51.2  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.652978  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  25.77 
 
 		 258 aa  51.6  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  26.88 
 
 		 260 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2972  xylose isomerase domain-containing protein  26.22 
 
 		 255 aa  50.4  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  29.76 
 
 		 264 aa  50.4  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  28.66 
 
 		 256 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1707  hypothetical protein  25 
 
 		 351 aa  49.7  0.00006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  26.98 
 
 		 268 aa  49.7  0.00006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0057  xylose isomerase domain-containing protein  27.63 
 
 		 268 aa  49.3  0.00007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.29 
 
 		 282 aa  49.3  0.00007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0652  hypothetical protein  29.63 
 
 		 265 aa  48.9  0.00009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  26.18 
 
 		 285 aa  48.5  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4459  xylose isomerase-like TIM barrel  30.57 
 
 		 255 aa  48.9  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1521  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.86 
 
 		 294 aa  48.9  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  29.41 
 
 		 257 aa  48.9  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4748  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.01 
 
 		 284 aa  48.5  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3479  hydroxypyruvate isomerase  28.83 
 
 		 260 aa  48.1  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0427  xylose isomerase domain-containing protein  24.76 
 
 		 341 aa  48.9  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3048  hypothetical protein  29.29 
 
 		 262 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.127987  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3292  hydroxypyruvate isomerase  28.75 
 
 		 260 aa  48.1  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.202186  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2506  Mannonate dehydratase  29.8 
 
 		 328 aa  47.8  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.636671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  24.71 
 
 		 259 aa  47.8  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3334  xylose isomerase domain-containing protein  31.82 
 
 		 277 aa  47.8  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4055  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.64 
 
 		 297 aa  47.8  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1121  xylose isomerase domain-containing protein  25.57 
 
 		 268 aa  47.8  0.0002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0363  xylose isomerase domain-containing protein  25.16 
 
 		 350 aa  48.1  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4328  xylose isomerase domain-containing protein  26.7 
 
 		 352 aa  48.1  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.462116 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0943  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.77 
 
 		 291 aa  47.8  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1423  hydroxypyruvate isomerase  28.09 
 
 		 260 aa  47  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0831912  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3208  hydroxypyruvate isomerase  27.59 
 
 		 258 aa  47.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4869  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.56 
 
 		 310 aa  47.4  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5159  hydroxypyruvate isomerase  27.59 
 
 		 258 aa  47.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.324976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2151  xylose isomerase-like TIM barrel  29.81 
 
 		 257 aa  47  0.0004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00601378  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3316  xylose isomerase domain-containing protein  24.15 
 
 		 309 aa  46.6  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2689  xylose isomerase-like TIM barrel  23.82 
 
 		 350 aa  46.6  0.0005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0439  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20.73 
 
 		 308 aa  46.6  0.0005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00988774  normal  0.647818 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07150  hypothetical protein  29.63 
 
 		 265 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2853  xylose isomerase domain-containing protein  29.82 
 
 		 274 aa  46.6  0.0005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5120  hydroxypyruvate isomerase  27.59 
 
 		 258 aa  46.6  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5064  hydroxypyruvate isomerase, putative  26.88 
 
 		 261 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0947  xylose isomerase-like TIM barrel  28.95 
 
 		 308 aa  46.2  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3152  hydroxypyruvate isomerase  27.61 
 
 		 260 aa  46.2  0.0006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1429  xylose isomerase domain-containing protein  28.95 
 
 		 308 aa  46.2  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2604  xylose isomerase domain-containing protein  30.53 
 
 		 271 aa  46.2  0.0006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4655  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.01 
 
 		 284 aa  46.2  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4784  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.01 
 
 		 284 aa  46.2  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.871942  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3796  hexulose-6-phosphate isomerase  21.52 
 
 		 284 aa  45.8  0.0007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.542065  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0474  hydroxypyruvate isomerase  27.59 
 
 		 258 aa  45.8  0.0007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  32.41 
 
 		 267 aa  45.8  0.0007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1567  hydroxypyruvate isomerase  25.95 
 
 		 258 aa  45.8  0.0007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1238  putative myo-inositol catabolism protein  26.55 
 
 		 309 aa  45.8  0.0008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1208  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.78 
 
 		 309 aa  45.8  0.0008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.116756  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4228  xylose isomerase domain-containing protein  27.13 
 
 		 268 aa  45.8  0.0008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2758  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.75 
 
 		 258 aa  45.8  0.0008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0067  xylose isomerase domain-containing protein  28.48 
 
 		 318 aa  45.8  0.0009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0290166  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4668  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.52 
 
 		 284 aa  45.8  0.0009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0443  hydroxypyruvate isomerase  28.74 
 
 		 265 aa  45.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.73 
 
 		 258 aa  45.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0766  xylose isomerase-like protein  25.4 
 
 		 359 aa  45.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4805  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.1 
 
 		 284 aa  45.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.296767  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.83 
 
 		 290 aa  45.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1407  xylose isomerase domain-containing protein  28.08 
 
 		 308 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.872133 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>