252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0423 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_0423  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 287 aa  597  1e-170  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.985837  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3461  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  57.19 
 
 		 293 aa  362  3e-99  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2364  xylose isomerase domain-containing protein  63.45 
 
 		 294 aa  344  1e-93  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.807591  normal  0.185458 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0698  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  54.79 
 
 		 297 aa  340  2e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1033  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  55.99 
 
 		 285 aa  333  2e-90  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0514922 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  52.94 
 
 		 293 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.449047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1032  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  57.25 
 
 		 272 aa  319  3.9999999999999996e-86  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0870608 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2687  twin-arginine translocation pathway signal  58.3 
 
 		 301 aa  311  4.999999999999999e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1041  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  54.86 
 
 		 298 aa  311  7.999999999999999e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00433  Twin-arginine translocation pathway signal  52.82 
 
 		 309 aa  303  2.0000000000000002e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2976  xylose isomerase domain-containing protein  48.63 
 
 		 295 aa  292  3e-78  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1642  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.16 
 
 		 310 aa  230  2e-59  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.331171  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0431  xylose isomerase domain-containing protein  40.59 
 
 		 326 aa  204  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2533  xylose isomerase domain-containing protein  35.89 
 
 		 259 aa  159  4e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.685925  normal  0.744094 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  40.61 
 
 		 250 aa  125  7e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3052  xylose isomerase domain-containing protein  37.21 
 
 		 256 aa  121  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0431176 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3317  xylose isomerase-like TIM barrel  28.17 
 
 		 257 aa  99.4  5e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.695295  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  28.7 
 
 		 259 aa  97.1  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  28.03 
 
 		 260 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  33.76 
 
 		 269 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  28.27 
 
 		 263 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1918  Hydroxypyruvate isomerase  29.44 
 
 		 260 aa  88.6  1e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0177301  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2461  hydroxypyruvate isomerase  32.48 
 
 		 269 aa  86.7  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731976  normal  0.599526 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  34.39 
 
 		 259 aa  86.7  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1839  xylose isomerase-like TIM barrel  29.52 
 
 		 260 aa  85.9  7e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0157456  normal  0.118454 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3413  Hydroxypyruvate isomerase  30.57 
 
 		 262 aa  85.9  7e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3623  hydroxypyruvate isomerase  29.15 
 
 		 260 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.34 
 
 		 256 aa  84.7  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3736  Hydroxypyruvate isomerase  30 
 
 		 262 aa  83.2  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1597  hydroxypyruvate isomerase  28.82 
 
 		 260 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143749  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  27.56 
 
 		 259 aa  83.2  0.000000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2268  Hydroxypyruvate isomerase  27.23 
 
 		 281 aa  82.8  0.000000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.822354 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  32.89 
 
 		 267 aa  82.8  0.000000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2552  hydroxypyruvate isomerase  26.7 
 
 		 258 aa  82.8  0.000000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  hitchhiker  0.00501624 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4427  hydroxypyruvate isomerase  27.07 
 
 		 262 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.198005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1621  hydroxypyruvate isomerase  30.13 
 
 		 266 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.377689  normal  0.533551 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2503  hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 		 264 aa  82  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0652  hypothetical protein  26.29 
 
 		 265 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0020  hypothetical protein  28.93 
 
 		 262 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.138735  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07150  hypothetical protein  26.29 
 
 		 265 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  33.85 
 
 		 258 aa  81.3  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2086  hydroxypyruvate isomerase  27.06 
 
 		 269 aa  81.3  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3457  Hydroxypyruvate isomerase  33.53 
 
 		 273 aa  81.3  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000196511  decreased coverage  0.00813341 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  29.15 
 
 		 260 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5294  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.51 
 
 		 265 aa  80.9  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111966  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  29.15 
 
 		 260 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0958  hydroxypyruvate isomerase  28.28 
 
 		 267 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5927  Hydroxypyruvate isomerase  28.21 
 
 		 262 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  28.07 
 
 		 259 aa  80.1  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1571  hydroxypyruvate isomerase  28.7 
 
 		 260 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1953  Hydroxypyruvate isomerase  36.36 
 
 		 259 aa  79.7  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.346217  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4876  hydroxypyruvate isomerase  27.05 
 
 		 273 aa  79.3  0.00000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  31.61 
 
 		 256 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3830  hydroxypyruvate isomerase  31.65 
 
 		 260 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1423  hydroxypyruvate isomerase  36.04 
 
 		 260 aa  79  0.00000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0831912  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45010  putative hydroxypyruvate isomerase  31.01 
 
 		 260 aa  79  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.224213  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0147  hydroxypyruvate isomerase, putative  28.09 
 
 		 261 aa  78.6  0.0000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.999741  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0132  putative hydroxypyruvate isomerase  28.09 
 
 		 261 aa  78.6  0.0000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2425  hydroxypyruvate isomerase  30.59 
 
 		 262 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1855  hydroxypyruvate isomerase  28.44 
 
 		 260 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2260  hydroxypyruvate isomerase  30.59 
 
 		 262 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.654587  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2300  hydroxypyruvate isomerase  30.59 
 
 		 262 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.946761  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2809  hydroxypyruvate isomerase  27.08 
 
 		 265 aa  77.4  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.356992 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5064  hydroxypyruvate isomerase, putative  32.31 
 
 		 261 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0474  hydroxypyruvate isomerase  27.2 
 
 		 258 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166076  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.52 
 
 		 282 aa  77.4  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2770  hydroxypyruvate isomerase  31.85 
 
 		 265 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0252433  normal  0.732675 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3496  hydroxypyruvate isomerase  27.78 
 
 		 258 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0849997  normal  0.283205 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5120  hydroxypyruvate isomerase  27.2 
 
 		 258 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4309  hydroxypyruvate isomerase  26.87 
 
 		 271 aa  76.6  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0533507 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  30 
 
 		 257 aa  76.6  0.0000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1554  putative isomerase  29.06 
 
 		 254 aa  75.5  0.0000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.534878  normal  0.610325 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2169  hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 		 262 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196604  normal  0.222817 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3181  hydroxypyruvate isomerase  26.29 
 
 		 262 aa  74.7  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.365148  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3208  hydroxypyruvate isomerase  27.2 
 
 		 258 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5159  hydroxypyruvate isomerase  27.2 
 
 		 258 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.324976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0462  hydroxypyruvate isomerase  32.31 
 
 		 261 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2172  hydroxypyruvate isomerase  29.56 
 
 		 269 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.42054  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3611  hydroxypyruvate isomerase  35.45 
 
 		 260 aa  74.7  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.233278  normal  0.528482 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5077  hydroxypyruvate isomerase  26.05 
 
 		 257 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4012  xylose isomerase domain-containing protein  38.68 
 
 		 260 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.167546  normal  0.990546 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2017  hydroxypyruvate isomerase  26.72 
 
 		 258 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.45932  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  27.38 
 
 		 256 aa  74.7  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3282  hydroxypyruvate isomerase protein  28.66 
 
 		 260 aa  73.9  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.257483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0211  hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 		 258 aa  73.6  0.000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0973  hydroxypyruvate isomerase  26.64 
 
 		 269 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4554  hydroxypyruvate isomerase  26.36 
 
 		 258 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  0.368967 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1395  hydroxypyruvate isomerase  29.3 
 
 		 269 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0279437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2898  putative sugar isomerase (interconverting aldoses and ketoses)  26.24 
 
 		 250 aa  73.6  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.0851666 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1557  Hydroxypyruvate isomerase  27.62 
 
 		 264 aa  73.2  0.000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.945663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2604  xylose isomerase domain-containing protein  31.65 
 
 		 271 aa  73.2  0.000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2625  hydroxypyruvate isomerase  27.39 
 
 		 260 aa  73.2  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.90554  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0443  hydroxypyruvate isomerase  26.14 
 
 		 265 aa  73.2  0.000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1134  hydroxypyruvate isomerase  26.36 
 
 		 259 aa  73.2  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.852559 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  27.49 
 
 		 264 aa  72.8  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1924  hydroxypyruvate isomerase  25.94 
 
 		 258 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4098  hydroxypyruvate isomerase  24.25 
 
 		 284 aa  72.4  0.000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.832044 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5307  Hydroxypyruvate isomerase  35.4 
 
 		 258 aa  72.4  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.314618  normal  0.971312 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5018  hydroxypyruvate isomerase  25.87 
 
 		 258 aa  72  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.189718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1026  hydroxypyruvate isomerase  35.65 
 
 		 267 aa  72  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.43264  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>