224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3611 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3611  hydroxypyruvate isomerase  100 
 
 		 260 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.233278  normal  0.528482 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1855  hydroxypyruvate isomerase  86.87 
 
 		 260 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1953  Hydroxypyruvate isomerase  82.24 
 
 		 259 aa  404  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.346217  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2898  putative sugar isomerase (interconverting aldoses and ketoses)  73.09 
 
 		 250 aa  378  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.0851666 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1026  hydroxypyruvate isomerase  66.27 
 
 		 267 aa  356  2.9999999999999997e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.43264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4320  hydroxypyruvate isomerase  66.27 
 
 		 258 aa  343  2e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.166388  normal  0.0980927 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2625  hydroxypyruvate isomerase  65.25 
 
 		 260 aa  342  4e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.90554  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2086  hydroxypyruvate isomerase  65.23 
 
 		 269 aa  341  5.999999999999999e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2268  Hydroxypyruvate isomerase  62.89 
 
 		 281 aa  339  2e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.822354 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  67.57 
 
 		 260 aa  338  5.9999999999999996e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0700232  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5011  Hydroxypyruvate isomerase  66.8 
 
 		 258 aa  332  5e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336729  normal  0.3021 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1133  hydroxypyruvate isomerase  64.31 
 
 		 260 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.926547  normal  0.304342 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5307  Hydroxypyruvate isomerase  66.02 
 
 		 258 aa  325  3e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.314618  normal  0.971312 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2430  hydroxypyruvate isomerase  66.4 
 
 		 257 aa  311  5.999999999999999e-84  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4554  hydroxypyruvate isomerase  55.38 
 
 		 258 aa  278  8e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  0.368967 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2169  hydroxypyruvate isomerase  53.46 
 
 		 262 aa  275  5e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196604  normal  0.222817 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4427  hydroxypyruvate isomerase  52.11 
 
 		 262 aa  274  9e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.198005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5077  hydroxypyruvate isomerase  52.73 
 
 		 257 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0020  hypothetical protein  55.12 
 
 		 262 aa  272  3e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.138735  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1839  xylose isomerase-like TIM barrel  53.7 
 
 		 260 aa  272  3e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0157456  normal  0.118454 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5927  Hydroxypyruvate isomerase  53.46 
 
 		 262 aa  273  3e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0474  hydroxypyruvate isomerase  52.49 
 
 		 258 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1631  hydroxypyruvate isomerase  50.79 
 
 		 258 aa  271  5.000000000000001e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3496  hydroxypyruvate isomerase  54.17 
 
 		 258 aa  269  2.9999999999999997e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0849997  normal  0.283205 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1567  hydroxypyruvate isomerase  49.42 
 
 		 258 aa  267  1e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0147  hydroxypyruvate isomerase, putative  51.56 
 
 		 261 aa  263  2e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.999741  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0132  putative hydroxypyruvate isomerase  51.56 
 
 		 261 aa  263  2e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0973  hydroxypyruvate isomerase  51.36 
 
 		 269 aa  262  3e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5120  hydroxypyruvate isomerase  52.51 
 
 		 258 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3208  hydroxypyruvate isomerase  52.51 
 
 		 258 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5159  hydroxypyruvate isomerase  52.51 
 
 		 258 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.324976  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3413  Hydroxypyruvate isomerase  53.12 
 
 		 262 aa  260  2e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0443  hydroxypyruvate isomerase  50.38 
 
 		 265 aa  259  3e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2809  hydroxypyruvate isomerase  50 
 
 		 265 aa  259  3e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.356992 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0573  hydroxypyruvate isomerase  50.58 
 
 		 258 aa  258  7e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0894  hydroxypyruvate isomerase  50.58 
 
 		 258 aa  258  7e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1861  hydroxypyruvate isomerase  50.58 
 
 		 258 aa  258  7e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1924  hydroxypyruvate isomerase  50.58 
 
 		 258 aa  258  8e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0442  hydroxypyruvate isomerase  50.58 
 
 		 258 aa  258  1e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2017  hydroxypyruvate isomerase  50.58 
 
 		 258 aa  257  1e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.45932  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0211  hydroxypyruvate isomerase  48.64 
 
 		 258 aa  256  2e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4876  hydroxypyruvate isomerase  49.45 
 
 		 273 aa  256  2e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3181  hydroxypyruvate isomerase  50.97 
 
 		 262 aa  256  3e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.365148  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3736  Hydroxypyruvate isomerase  51.95 
 
 		 262 aa  256  3e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1423  hydroxypyruvate isomerase  52.92 
 
 		 260 aa  254  9e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0831912  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  47.47 
 
 		 258 aa  248  6e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2552  hydroxypyruvate isomerase  46.69 
 
 		 258 aa  248  7e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  hitchhiker  0.00501624 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0109  Hydroxypyruvate isomerase  48.25 
 
 		 260 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0115  Hydroxypyruvate isomerase  48.64 
 
 		 260 aa  242  3.9999999999999997e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2462  hydroxypyruvate isomerase  48.86 
 
 		 266 aa  241  9e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.684146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1815  hydroxypyruvate isomerase  47.73 
 
 		 275 aa  236  2e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0352764  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1913  Hydroxypyruvate isomerase  47.73 
 
 		 275 aa  236  2e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5560  hydroxypyruvate isomerase  44.88 
 
 		 261 aa  236  3e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.446227  normal  0.0996892 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3317  xylose isomerase-like TIM barrel  49.02 
 
 		 257 aa  235  4e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.695295  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5142  Hydroxypyruvate isomerase  47.55 
 
 		 272 aa  235  5.0000000000000005e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0652  hypothetical protein  48.11 
 
 		 265 aa  235  6e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5064  hydroxypyruvate isomerase, putative  48.45 
 
 		 261 aa  234  9e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  48.46 
 
 		 263 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0462  hydroxypyruvate isomerase  48.45 
 
 		 261 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3479  hydroxypyruvate isomerase  45.14 
 
 		 260 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1489  hydroxypyruvate isomerase  47.86 
 
 		 258 aa  233  3e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1597  hydroxypyruvate isomerase  44.88 
 
 		 260 aa  233  3e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143749  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1134  hydroxypyruvate isomerase  45.06 
 
 		 259 aa  233  3e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.852559 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3533  hydroxypyruvate isomerase  50.2 
 
 		 258 aa  233  3e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.238199  normal  0.267377 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  45.21 
 
 		 259 aa  232  5e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3830  hydroxypyruvate isomerase  45.28 
 
 		 260 aa  231  9e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  44.88 
 
 		 260 aa  229  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  44.92 
 
 		 259 aa  230  2e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1571  hydroxypyruvate isomerase  44.88 
 
 		 260 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45010  putative hydroxypyruvate isomerase  44.88 
 
 		 260 aa  229  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.224213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2770  hydroxypyruvate isomerase  44.14 
 
 		 265 aa  229  3e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0252433  normal  0.732675 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3292  hydroxypyruvate isomerase  44.31 
 
 		 260 aa  229  4e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.202186  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07150  hypothetical protein  47.73 
 
 		 265 aa  229  4e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3282  hydroxypyruvate isomerase protein  45.42 
 
 		 260 aa  229  5e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.257483  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3152  hydroxypyruvate isomerase  44.31 
 
 		 260 aa  228  5e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  44.88 
 
 		 260 aa  228  7e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  43.19 
 
 		 264 aa  228  7e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1902  hydroxypyruvate isomerase  44.23 
 
 		 269 aa  228  9e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000606406 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1788  hydroxypyruvate isomerase  44.23 
 
 		 269 aa  227  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6200  hydroxypyruvate isomerase  44.23 
 
 		 269 aa  227  1e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0219655  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1816  hydroxypyruvate isomerase  44.23 
 
 		 269 aa  227  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1879  hydroxypyruvate isomerase  44.23 
 
 		 269 aa  227  1e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0860973  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5179  hydroxypyruvate isomerase  44.23 
 
 		 269 aa  226  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.265819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  44.92 
 
 		 256 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1395  hydroxypyruvate isomerase  44.23 
 
 		 269 aa  226  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0279437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  45.1 
 
 		 263 aa  226  4e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  43.97 
 
 		 271 aa  225  7e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  45.17 
 
 		 269 aa  224  7e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4562  hydroxypyruvate isomerase  46.25 
 
 		 259 aa  223  2e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.427343  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1461  AP endonuclease  43.92 
 
 		 264 aa  223  2e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.331039  normal  0.325369 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  41.6 
 
 		 264 aa  223  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2745  AP endonuclease  43.92 
 
 		 264 aa  223  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.978898  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2823  hydroxypyruvate isomerase  43.92 
 
 		 264 aa  223  3e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3623  hydroxypyruvate isomerase  44.14 
 
 		 260 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  39.3 
 
 		 260 aa  221  7e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2172  hydroxypyruvate isomerase  44.23 
 
 		 269 aa  221  9e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.42054  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4459  xylose isomerase-like TIM barrel  43.55 
 
 		 255 aa  221  9.999999999999999e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  40.93 
 
 		 259 aa  220  9.999999999999999e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2461  hydroxypyruvate isomerase  44.4 
 
 		 269 aa  218  7e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731976  normal  0.599526 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0015  hydroxypyruvate isomerase  43.19 
 
 		 258 aa  216  2.9999999999999998e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>