221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5142 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_5142  Hydroxypyruvate isomerase  100 
 
 		 272 aa  559  1e-158  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4876  hydroxypyruvate isomerase  82.4 
 
 		 273 aa  472  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0443  hydroxypyruvate isomerase  74.44 
 
 		 265 aa  421  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2809  hydroxypyruvate isomerase  67.67 
 
 		 265 aa  374  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.356992 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2462  hydroxypyruvate isomerase  66.54 
 
 		 266 aa  367  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.684146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1913  Hydroxypyruvate isomerase  62.78 
 
 		 275 aa  343  2e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1815  hydroxypyruvate isomerase  62.78 
 
 		 275 aa  343  2e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0352764  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3533  hydroxypyruvate isomerase  66.29 
 
 		 258 aa  338  5.9999999999999996e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.238199  normal  0.267377 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4098  hydroxypyruvate isomerase  64.75 
 
 		 284 aa  337  1.9999999999999998e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.832044 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4427  hydroxypyruvate isomerase  62.41 
 
 		 262 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.198005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0652  hypothetical protein  65.54 
 
 		 265 aa  325  5e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5077  hydroxypyruvate isomerase  62.17 
 
 		 257 aa  324  1e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1839  xylose isomerase-like TIM barrel  61.25 
 
 		 260 aa  323  2e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0157456  normal  0.118454 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4554  hydroxypyruvate isomerase  61.65 
 
 		 258 aa  322  5e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  0.368967 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0462  hydroxypyruvate isomerase  62.36 
 
 		 261 aa  321  7e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0474  hydroxypyruvate isomerase  61.65 
 
 		 258 aa  321  7e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3496  hydroxypyruvate isomerase  63.16 
 
 		 258 aa  321  8e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0849997  normal  0.283205 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5064  hydroxypyruvate isomerase, putative  61.99 
 
 		 261 aa  320  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1423  hydroxypyruvate isomerase  61.62 
 
 		 260 aa  318  3.9999999999999996e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0831912  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5120  hydroxypyruvate isomerase  61.42 
 
 		 258 aa  318  6e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07150  hypothetical protein  64.04 
 
 		 265 aa  318  7.999999999999999e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3208  hydroxypyruvate isomerase  61.42 
 
 		 258 aa  317  1e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5159  hydroxypyruvate isomerase  61.42 
 
 		 258 aa  317  1e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.324976  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3413  Hydroxypyruvate isomerase  59.77 
 
 		 262 aa  311  4.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5927  Hydroxypyruvate isomerase  60.53 
 
 		 262 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3736  Hydroxypyruvate isomerase  59.4 
 
 		 262 aa  310  2e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2169  hydroxypyruvate isomerase  60 
 
 		 262 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196604  normal  0.222817 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0020  hypothetical protein  59.77 
 
 		 262 aa  307  1.0000000000000001e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.138735  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0973  hydroxypyruvate isomerase  59.25 
 
 		 269 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3181  hydroxypyruvate isomerase  56.25 
 
 		 262 aa  304  1.0000000000000001e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.365148  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1924  hydroxypyruvate isomerase  58.87 
 
 		 258 aa  300  1e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  56.3 
 
 		 259 aa  300  1e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0442  hydroxypyruvate isomerase  58.87 
 
 		 258 aa  300  2e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2017  hydroxypyruvate isomerase  58.87 
 
 		 258 aa  300  2e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.45932  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0573  hydroxypyruvate isomerase  58.49 
 
 		 258 aa  297  1e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0894  hydroxypyruvate isomerase  58.49 
 
 		 258 aa  297  1e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1861  hydroxypyruvate isomerase  58.49 
 
 		 258 aa  297  1e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1631  hydroxypyruvate isomerase  52.43 
 
 		 258 aa  297  1e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1567  hydroxypyruvate isomerase  52.26 
 
 		 258 aa  286  2e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  50.38 
 
 		 258 aa  286  2e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2172  hydroxypyruvate isomerase  52.96 
 
 		 269 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.42054  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  52.99 
 
 		 259 aa  281  6.000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  52.08 
 
 		 263 aa  280  1e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0211  hydroxypyruvate isomerase  48.5 
 
 		 258 aa  280  2e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2770  hydroxypyruvate isomerase  51.48 
 
 		 265 aa  278  6e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0252433  normal  0.732675 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2552  hydroxypyruvate isomerase  47.74 
 
 		 258 aa  275  5e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  hitchhiker  0.00501624 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1597  hydroxypyruvate isomerase  50.56 
 
 		 260 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143749  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3830  hydroxypyruvate isomerase  50.94 
 
 		 260 aa  271  1e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  49.63 
 
 		 264 aa  270  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5560  hydroxypyruvate isomerase  50.37 
 
 		 261 aa  270  2.9999999999999997e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.446227  normal  0.0996892 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45010  putative hydroxypyruvate isomerase  50.56 
 
 		 260 aa  269  4e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.224213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2425  hydroxypyruvate isomerase  51.47 
 
 		 262 aa  268  7e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2260  hydroxypyruvate isomerase  51.47 
 
 		 262 aa  268  7e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.654587  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2300  hydroxypyruvate isomerase  51.47 
 
 		 262 aa  268  7e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.946761  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2118  hydroxypyruvate isomerase  52.81 
 
 		 266 aa  268  7e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0266277 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  51.31 
 
 		 256 aa  267  1e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1134  hydroxypyruvate isomerase  51.85 
 
 		 259 aa  266  2e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.852559 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  50.56 
 
 		 260 aa  264  1e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3317  xylose isomerase-like TIM barrel  49.62 
 
 		 257 aa  263  2e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.695295  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  49.63 
 
 		 269 aa  263  2e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0147  hydroxypyruvate isomerase, putative  49.06 
 
 		 261 aa  263  3e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.999741  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0132  putative hydroxypyruvate isomerase  49.06 
 
 		 261 aa  263  3e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  49.24 
 
 		 271 aa  262  4.999999999999999e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4562  hydroxypyruvate isomerase  53.79 
 
 		 259 aa  261  8e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.427343  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2461  hydroxypyruvate isomerase  49.25 
 
 		 269 aa  259  3e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731976  normal  0.599526 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3623  hydroxypyruvate isomerase  50.19 
 
 		 260 aa  259  3e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1571  hydroxypyruvate isomerase  49.44 
 
 		 260 aa  259  3e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148654  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  49.44 
 
 		 260 aa  258  9e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  48.3 
 
 		 259 aa  256  2e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1489  hydroxypyruvate isomerase  48.5 
 
 		 258 aa  256  3e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3292  hydroxypyruvate isomerase  48.11 
 
 		 260 aa  255  4e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.202186  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1395  hydroxypyruvate isomerase  48.51 
 
 		 269 aa  255  6e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0279437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6200  hydroxypyruvate isomerase  48.13 
 
 		 269 aa  255  7e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0219655  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1879  hydroxypyruvate isomerase  48.13 
 
 		 269 aa  255  7e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0860973  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1816  hydroxypyruvate isomerase  48.13 
 
 		 269 aa  254  8e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1788  hydroxypyruvate isomerase  48.13 
 
 		 269 aa  254  8e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  46.99 
 
 		 264 aa  254  9e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5179  hydroxypyruvate isomerase  48.13 
 
 		 269 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.265819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  45.93 
 
 		 260 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1158  hydroxypyruvate isomerase  48.89 
 
 		 268 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.671898  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1902  hydroxypyruvate isomerase  47.76 
 
 		 269 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000606406 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3152  hydroxypyruvate isomerase  47.73 
 
 		 260 aa  253  3e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3479  hydroxypyruvate isomerase  47.35 
 
 		 260 aa  251  9.000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1133  hydroxypyruvate isomerase  48.16 
 
 		 260 aa  250  1e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.926547  normal  0.304342 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2086  hydroxypyruvate isomerase  49.45 
 
 		 269 aa  249  3e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  48.18 
 
 		 267 aa  248  5e-65  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0115  Hydroxypyruvate isomerase  46.62 
 
 		 260 aa  249  5e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02589  hypothetical protein  46.82 
 
 		 258 aa  247  1e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0973  hypothetical protein  46.82 
 
 		 258 aa  247  1e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.898115  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02554  hypothetical protein  46.82 
 
 		 258 aa  247  1e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3135  hypothetical protein  46.82 
 
 		 258 aa  248  1e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2877  hypothetical protein  46.82 
 
 		 258 aa  247  1e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3036  hypothetical protein  46.82 
 
 		 258 aa  248  1e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0949  Hydroxypyruvate isomerase  46.44 
 
 		 258 aa  246  2e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0109  Hydroxypyruvate isomerase  45.86 
 
 		 260 aa  246  2e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3282  hydroxypyruvate isomerase protein  47.96 
 
 		 260 aa  246  3e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.257483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4309  hydroxypyruvate isomerase  47.23 
 
 		 271 aa  246  4e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0533507 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1621  hydroxypyruvate isomerase  48.51 
 
 		 266 aa  245  6e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.377689  normal  0.533551 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0015  hydroxypyruvate isomerase  46.24 
 
 		 258 aa  244  9.999999999999999e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1026  hydroxypyruvate isomerase  47.17 
 
 		 267 aa  244  9.999999999999999e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.43264  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>