227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_2364 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_2364  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 294 aa  613  9.999999999999999e-175  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.807591  normal  0.185458 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3461  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  60.75 
 
 		 293 aa  364  1e-100  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0423  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  59.45 
 
 		 287 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.985837  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0698  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  55.1 
 
 		 297 aa  332  6e-90  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1032  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  60.64 
 
 		 272 aa  327  1.0000000000000001e-88  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0870608 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1033  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  54.55 
 
 		 285 aa  318  9e-86  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0514922 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  50 
 
 		 293 aa  296  2e-79  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.449047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2976  xylose isomerase domain-containing protein  49.83 
 
 		 295 aa  284  1.0000000000000001e-75  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1041  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  46.46 
 
 		 298 aa  273  3e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2687  twin-arginine translocation pathway signal  50.2 
 
 		 301 aa  268  5.9999999999999995e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00433  Twin-arginine translocation pathway signal  43.65 
 
 		 309 aa  261  1e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1642  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.14 
 
 		 310 aa  224  9e-58  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.331171  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0431  xylose isomerase domain-containing protein  34.18 
 
 		 326 aa  171  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2533  xylose isomerase domain-containing protein  36.18 
 
 		 259 aa  157  1e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.685925  normal  0.744094 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  39.27 
 
 		 250 aa  115  8.999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3052  xylose isomerase domain-containing protein  36.52 
 
 		 256 aa  114  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0431176 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  27.43 
 
 		 259 aa  96.7  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2268  Hydroxypyruvate isomerase  28.57 
 
 		 281 aa  85.1  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.822354 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  27.64 
 
 		 260 aa  83.6  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  26.67 
 
 		 269 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2461  hydroxypyruvate isomerase  27.5 
 
 		 269 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731976  normal  0.599526 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1571  hydroxypyruvate isomerase  29.79 
 
 		 260 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  30.51 
 
 		 260 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  29.49 
 
 		 260 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3181  hydroxypyruvate isomerase  28.69 
 
 		 262 aa  81.3  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.365148  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3317  xylose isomerase-like TIM barrel  26.92 
 
 		 257 aa  80.5  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.695295  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  29.54 
 
 		 259 aa  80.5  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2625  hydroxypyruvate isomerase  29.79 
 
 		 260 aa  79.7  0.00000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.90554  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3623  hydroxypyruvate isomerase  30.47 
 
 		 260 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1597  hydroxypyruvate isomerase  31.03 
 
 		 260 aa  79  0.00000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143749  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1395  hydroxypyruvate isomerase  26.03 
 
 		 269 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0279437  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  28.81 
 
 		 264 aa  78.2  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1902  hydroxypyruvate isomerase  26.12 
 
 		 269 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000606406 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0147  hydroxypyruvate isomerase, putative  27.46 
 
 		 261 aa  77.8  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.999741  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6200  hydroxypyruvate isomerase  26.12 
 
 		 269 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0219655  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1788  hydroxypyruvate isomerase  26.12 
 
 		 269 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1816  hydroxypyruvate isomerase  26.12 
 
 		 269 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1879  hydroxypyruvate isomerase  26.12 
 
 		 269 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0860973  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0132  putative hydroxypyruvate isomerase  27.46 
 
 		 261 aa  77.8  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5179  hydroxypyruvate isomerase  25.71 
 
 		 269 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.265819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1621  hydroxypyruvate isomerase  32.87 
 
 		 266 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.377689  normal  0.533551 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2140  Hydroxypyruvate isomerase  26.72 
 
 		 273 aa  75.5  0.0000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  27.2 
 
 		 256 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  25.82 
 
 		 259 aa  74.7  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3457  Hydroxypyruvate isomerase  36.36 
 
 		 273 aa  74.7  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000196511  decreased coverage  0.00813341 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  30.45 
 
 		 257 aa  74.3  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1839  xylose isomerase-like TIM barrel  27.47 
 
 		 260 aa  73.6  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0157456  normal  0.118454 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1423  hydroxypyruvate isomerase  27.93 
 
 		 260 aa  73.2  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0831912  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4309  hydroxypyruvate isomerase  27.39 
 
 		 271 aa  73.2  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0533507 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0462  hydroxypyruvate isomerase  32.31 
 
 		 261 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2770  hydroxypyruvate isomerase  33.07 
 
 		 265 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0252433  normal  0.732675 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43410  hydroxypyruvate isomerase  31.65 
 
 		 259 aa  71.2  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1554  putative isomerase  28.33 
 
 		 254 aa  70.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.534878  normal  0.610325 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2086  hydroxypyruvate isomerase  25.81 
 
 		 269 aa  71.2  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4098  hydroxypyruvate isomerase  23.94 
 
 		 284 aa  70.5  0.00000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.832044 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1133  hydroxypyruvate isomerase  25.73 
 
 		 260 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.926547  normal  0.304342 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2552  hydroxypyruvate isomerase  25.62 
 
 		 258 aa  70.9  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  hitchhiker  0.00501624 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3292  hydroxypyruvate isomerase  32.81 
 
 		 260 aa  70.1  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.202186  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2898  putative sugar isomerase (interconverting aldoses and ketoses)  26.7 
 
 		 250 aa  70.1  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.0851666 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1855  hydroxypyruvate isomerase  32.11 
 
 		 260 aa  69.7  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45010  putative hydroxypyruvate isomerase  27.43 
 
 		 260 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.224213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  25.3 
 
 		 267 aa  69.3  0.00000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2017  hydroxypyruvate isomerase  28.88 
 
 		 258 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.45932  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0020  hypothetical protein  34.86 
 
 		 262 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.138735  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5064  hydroxypyruvate isomerase, putative  31.54 
 
 		 261 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3611  hydroxypyruvate isomerase  28.89 
 
 		 260 aa  68.2  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.233278  normal  0.528482 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1953  Hydroxypyruvate isomerase  33.03 
 
 		 259 aa  68.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.346217  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.5 
 
 		 260 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0700232  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3736  Hydroxypyruvate isomerase  33.03 
 
 		 262 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.47 
 
 		 256 aa  68.6  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3830  hydroxypyruvate isomerase  32.5 
 
 		 260 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  25 
 
 		 258 aa  68.9  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5294  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.81 
 
 		 265 aa  67.4  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111966  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3282  hydroxypyruvate isomerase protein  32.81 
 
 		 260 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.257483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2503  hydroxypyruvate isomerase  26.72 
 
 		 264 aa  68.2  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1924  hydroxypyruvate isomerase  28.45 
 
 		 258 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1026  hydroxypyruvate isomerase  26.67 
 
 		 267 aa  67.8  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.43264  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1918  Hydroxypyruvate isomerase  23.5 
 
 		 260 aa  67  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0177301  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6411  Hydroxypyruvate isomerase  24.12 
 
 		 262 aa  67  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1557  Hydroxypyruvate isomerase  26.74 
 
 		 264 aa  67.4  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.945663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1631  hydroxypyruvate isomerase  25.51 
 
 		 258 aa  67  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  26.58 
 
 		 263 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4320  hydroxypyruvate isomerase  26.03 
 
 		 258 aa  67.4  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.166388  normal  0.0980927 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07150  hypothetical protein  25.73 
 
 		 265 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3413  Hydroxypyruvate isomerase  33.03 
 
 		 262 aa  67  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0442  hydroxypyruvate isomerase  28.02 
 
 		 258 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  29.77 
 
 		 271 aa  66.2  0.0000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4876  hydroxypyruvate isomerase  26.99 
 
 		 273 aa  65.9  0.0000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0973  hydroxypyruvate isomerase  27.59 
 
 		 269 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0958  hydroxypyruvate isomerase  27.33 
 
 		 267 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3152  hydroxypyruvate isomerase  31.25 
 
 		 260 aa  65.9  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0115  Hydroxypyruvate isomerase  24.69 
 
 		 260 aa  65.5  0.0000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0109  Hydroxypyruvate isomerase  23.43 
 
 		 260 aa  65.9  0.0000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2172  hydroxypyruvate isomerase  24.69 
 
 		 269 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.42054  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  29.63 
 
 		 258 aa  65.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3899  hydroxypyruvate isomerase  23.67 
 
 		 251 aa  65.1  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  29.63 
 
 		 258 aa  65.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  25.42 
 
 		 264 aa  65.1  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3479  hydroxypyruvate isomerase  30.47 
 
 		 260 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4427  hydroxypyruvate isomerase  27.05 
 
 		 262 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.198005  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>