246 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_3461 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_3461  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 293 aa  610  9.999999999999999e-175  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1032  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  75.89 
 
 		 272 aa  419  1e-116  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0870608 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1033  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  63.12 
 
 		 285 aa  388  1e-107  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0514922 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  58.36 
 
 		 293 aa  365  1e-100  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.449047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0423  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  57.19 
 
 		 287 aa  362  3e-99  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.985837  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0698  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  58.56 
 
 		 297 aa  362  6e-99  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2364  xylose isomerase domain-containing protein  65.86 
 
 		 294 aa  352  2.9999999999999997e-96  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.807591  normal  0.185458 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00433  Twin-arginine translocation pathway signal  49.84 
 
 		 309 aa  320  9.999999999999999e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2687  twin-arginine translocation pathway signal  55.17 
 
 		 301 aa  317  2e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1041  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  50.51 
 
 		 298 aa  312  2.9999999999999996e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2976  xylose isomerase domain-containing protein  49.66 
 
 		 295 aa  289  4e-77  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1642  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.73 
 
 		 310 aa  231  1e-59  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.331171  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2533  xylose isomerase domain-containing protein  35.92 
 
 		 259 aa  155  9e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.685925  normal  0.744094 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0431  xylose isomerase domain-containing protein  33.47 
 
 		 326 aa  154  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3052  xylose isomerase domain-containing protein  31.5 
 
 		 256 aa  117  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0431176 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  35.26 
 
 		 250 aa  110  3e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3623  hydroxypyruvate isomerase  31.56 
 
 		 260 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  26.5 
 
 		 259 aa  92.4  7e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3317  xylose isomerase-like TIM barrel  27.43 
 
 		 257 aa  90.9  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.695295  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1597  hydroxypyruvate isomerase  32.35 
 
 		 260 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143749  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  28.81 
 
 		 256 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  27.66 
 
 		 258 aa  88.6  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  31.72 
 
 		 260 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2770  hydroxypyruvate isomerase  29.54 
 
 		 265 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0252433  normal  0.732675 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1571  hydroxypyruvate isomerase  31.86 
 
 		 260 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  30.67 
 
 		 260 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2898  putative sugar isomerase (interconverting aldoses and ketoses)  29.24 
 
 		 250 aa  87.4  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.0851666 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  35.1 
 
 		 259 aa  86.3  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  31.45 
 
 		 260 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2552  hydroxypyruvate isomerase  27.78 
 
 		 258 aa  84.7  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  hitchhiker  0.00501624 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  35.07 
 
 		 269 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3830  hydroxypyruvate isomerase  34.21 
 
 		 260 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1621  hydroxypyruvate isomerase  32 
 
 		 266 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.377689  normal  0.533551 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45010  putative hydroxypyruvate isomerase  33.55 
 
 		 260 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.224213  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0020  hypothetical protein  37.61 
 
 		 262 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.138735  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2461  hydroxypyruvate isomerase  34.33 
 
 		 269 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731976  normal  0.599526 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3736  Hydroxypyruvate isomerase  34.86 
 
 		 262 aa  79.3  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3457  Hydroxypyruvate isomerase  36.64 
 
 		 273 aa  79.3  0.00000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000196511  decreased coverage  0.00813341 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0147  hydroxypyruvate isomerase, putative  27.27 
 
 		 261 aa  79  0.0000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.999741  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0132  putative hydroxypyruvate isomerase  27.27 
 
 		 261 aa  79  0.0000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3413  Hydroxypyruvate isomerase  34.86 
 
 		 262 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  28.09 
 
 		 263 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2268  Hydroxypyruvate isomerase  26.23 
 
 		 281 aa  77.8  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.822354 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43410  hydroxypyruvate isomerase  31.18 
 
 		 259 aa  77.8  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1423  hydroxypyruvate isomerase  35.78 
 
 		 260 aa  76.6  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0831912  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6200  hydroxypyruvate isomerase  36.61 
 
 		 269 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0219655  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1816  hydroxypyruvate isomerase  36.61 
 
 		 269 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1879  hydroxypyruvate isomerase  36.61 
 
 		 269 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0860973  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1788  hydroxypyruvate isomerase  36.61 
 
 		 269 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1902  hydroxypyruvate isomerase  36.61 
 
 		 269 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000606406 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1133  hydroxypyruvate isomerase  25.73 
 
 		 260 aa  76.3  0.0000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.926547  normal  0.304342 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0958  hydroxypyruvate isomerase  25.62 
 
 		 267 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4427  hydroxypyruvate isomerase  26.18 
 
 		 262 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.198005  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5294  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.57 
 
 		 265 aa  75.5  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111966  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1395  hydroxypyruvate isomerase  36.61 
 
 		 269 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0279437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0462  hydroxypyruvate isomerase  31.85 
 
 		 261 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1953  Hydroxypyruvate isomerase  27.51 
 
 		 259 aa  75.1  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.346217  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3611  hydroxypyruvate isomerase  27.6 
 
 		 260 aa  75.1  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.233278  normal  0.528482 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5927  Hydroxypyruvate isomerase  27.73 
 
 		 262 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1855  hydroxypyruvate isomerase  27.6 
 
 		 260 aa  75.5  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  29.05 
 
 		 257 aa  75.5  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5179  hydroxypyruvate isomerase  35.71 
 
 		 269 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.265819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1134  hydroxypyruvate isomerase  25.63 
 
 		 259 aa  74.3  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.852559 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  28.81 
 
 		 264 aa  74.7  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5560  hydroxypyruvate isomerase  26.81 
 
 		 261 aa  74.3  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.446227  normal  0.0996892 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2140  Hydroxypyruvate isomerase  24.18 
 
 		 273 aa  74.7  0.000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1839  xylose isomerase-like TIM barrel  34.55 
 
 		 260 aa  73.9  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0157456  normal  0.118454 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  33.08 
 
 		 267 aa  73.6  0.000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0652  hypothetical protein  29.66 
 
 		 265 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  26.58 
 
 		 264 aa  73.9  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4098  hydroxypyruvate isomerase  24.51 
 
 		 284 aa  73.2  0.000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.832044 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0211  hydroxypyruvate isomerase  35.71 
 
 		 258 aa  73.2  0.000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  25.11 
 
 		 259 aa  72.8  0.000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 		 259 aa  72.8  0.000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2625  hydroxypyruvate isomerase  26.69 
 
 		 260 aa  72.8  0.000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.90554  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  24.9 
 
 		 263 aa  72.4  0.000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2425  hydroxypyruvate isomerase  33.93 
 
 		 262 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07150  hypothetical protein  29.06 
 
 		 265 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2260  hydroxypyruvate isomerase  33.93 
 
 		 262 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.654587  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2300  hydroxypyruvate isomerase  33.93 
 
 		 262 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.946761  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3282  hydroxypyruvate isomerase protein  29.8 
 
 		 260 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.257483  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5064  hydroxypyruvate isomerase, putative  30.37 
 
 		 261 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2503  hydroxypyruvate isomerase  26.74 
 
 		 264 aa  72  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3181  hydroxypyruvate isomerase  31.5 
 
 		 262 aa  72  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.365148  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.44 
 
 		 256 aa  72  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  36.13 
 
 		 258 aa  70.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2169  hydroxypyruvate isomerase  33.94 
 
 		 262 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196604  normal  0.222817 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  36.13 
 
 		 258 aa  70.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0565  hydroxypyruvate isomerase  36.13 
 
 		 258 aa  70.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.551663  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2758  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.01 
 
 		 258 aa  71.2  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  25.59 
 
 		 297 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4554  hydroxypyruvate isomerase  32.5 
 
 		 258 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  0.368967 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2086  hydroxypyruvate isomerase  32.11 
 
 		 269 aa  70.5  0.00000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5077  hydroxypyruvate isomerase  33.07 
 
 		 257 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4309  hydroxypyruvate isomerase  25.53 
 
 		 271 aa  70.5  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0533507 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1026  hydroxypyruvate isomerase  33.61 
 
 		 267 aa  70.5  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.43264  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0109  Hydroxypyruvate isomerase  24.37 
 
 		 260 aa  69.7  0.00000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2172  hydroxypyruvate isomerase  33.93 
 
 		 269 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.42054  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1554  putative isomerase  30.26 
 
 		 254 aa  69.7  0.00000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.534878  normal  0.610325 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  24.44 
 
 		 256 aa  69.7  0.00000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>