225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3652 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 293 aa  612  9.999999999999999e-175  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.449047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3461  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  58.36 
 
 		 293 aa  367  1e-100  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1041  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  59.45 
 
 		 298 aa  363  2e-99  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1032  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  60.63 
 
 		 272 aa  343  1e-93  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0870608 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1033  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  54.93 
 
 		 285 aa  339  2.9999999999999998e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0514922 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2687  twin-arginine translocation pathway signal  54.7 
 
 		 301 aa  333  2e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0423  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  53.29 
 
 		 287 aa  323  2e-87  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.985837  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0698  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  53.42 
 
 		 297 aa  323  2e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00433  Twin-arginine translocation pathway signal  56.52 
 
 		 309 aa  321  8e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2364  xylose isomerase domain-containing protein  55.42 
 
 		 294 aa  289  4e-77  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.807591  normal  0.185458 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2976  xylose isomerase domain-containing protein  47.95 
 
 		 295 aa  275  7e-73  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1642  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.49 
 
 		 310 aa  199  5e-50  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.331171  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0431  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 		 326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2533  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 		 259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.685925  normal  0.744094 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3052  xylose isomerase domain-containing protein  32.44 
 
 		 256 aa  122  8e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0431176 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  35.67 
 
 		 250 aa  96.3  6e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  27.66 
 
 		 260 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5294  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.03 
 
 		 265 aa  86.3  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1571  hydroxypyruvate isomerase  26.69 
 
 		 260 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148654  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  26.81 
 
 		 260 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3623  hydroxypyruvate isomerase  27.35 
 
 		 260 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45010  putative hydroxypyruvate isomerase  27.78 
 
 		 260 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.224213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  26.99 
 
 		 264 aa  83.6  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1597  hydroxypyruvate isomerase  27.78 
 
 		 260 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143749  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  25.82 
 
 		 260 aa  82.4  0.000000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  23.85 
 
 		 259 aa  81.6  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3830  hydroxypyruvate isomerase  27.35 
 
 		 260 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2770  hydroxypyruvate isomerase  27.78 
 
 		 265 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0252433  normal  0.732675 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1918  Hydroxypyruvate isomerase  26.05 
 
 		 260 aa  79.3  0.00000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0177301  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  33.56 
 
 		 269 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1621  hydroxypyruvate isomerase  31.03 
 
 		 266 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.377689  normal  0.533551 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2411  xylose isomerase domain-containing protein  33.87 
 
 		 260 aa  77.4  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.446483 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  25.11 
 
 		 256 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3048  hypothetical protein  34.68 
 
 		 262 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.127987  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2461  hydroxypyruvate isomerase  32.19 
 
 		 269 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731976  normal  0.599526 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1134  hydroxypyruvate isomerase  25.74 
 
 		 259 aa  75.5  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.852559 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31430  Xylose isomerase-like TIM barrel protein, probably inolved in myo-inositol catabolism  35.48 
 
 		 262 aa  73.9  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.161007  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  25.11 
 
 		 263 aa  73.2  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1855  hydroxypyruvate isomerase  34.51 
 
 		 260 aa  73.2  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1423  hydroxypyruvate isomerase  34.23 
 
 		 260 aa  72.4  0.000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0831912  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2758  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.65 
 
 		 258 aa  72  0.00000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  30.07 
 
 		 267 aa  72  0.00000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3457  Hydroxypyruvate isomerase  26.84 
 
 		 273 aa  72  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000196511  decreased coverage  0.00813341 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3736  Hydroxypyruvate isomerase  32.73 
 
 		 262 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  25 
 
 		 268 aa  71.2  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4852  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.06 
 
 		 264 aa  70.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.859546  normal  0.0990251 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0020  hypothetical protein  31.82 
 
 		 262 aa  70.5  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.138735  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2503  hydroxypyruvate isomerase  26.28 
 
 		 264 aa  70.5  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5307  Hydroxypyruvate isomerase  37.39 
 
 		 258 aa  70.5  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.314618  normal  0.971312 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.28 
 
 		 264 aa  70.5  0.00000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.831007 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43410  hydroxypyruvate isomerase  31.72 
 
 		 259 aa  70.1  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1839  xylose isomerase-like TIM barrel  31.53 
 
 		 260 aa  70.1  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0157456  normal  0.118454 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3413  Hydroxypyruvate isomerase  32.73 
 
 		 262 aa  69.7  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4012  xylose isomerase domain-containing protein  33.58 
 
 		 260 aa  70.1  0.00000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.167546  normal  0.990546 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  33.07 
 
 		 259 aa  69.7  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1953  Hydroxypyruvate isomerase  31.53 
 
 		 259 aa  69.7  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.346217  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1197  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.45 
 
 		 259 aa  69.3  0.00000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.597378  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  24.32 
 
 		 259 aa  69.3  0.00000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  26.72 
 
 		 259 aa  69.3  0.00000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5077  hydroxypyruvate isomerase  31.45 
 
 		 257 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.73 
 
 		 256 aa  68.6  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5927  Hydroxypyruvate isomerase  32.43 
 
 		 262 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4554  hydroxypyruvate isomerase  32.23 
 
 		 258 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  0.368967 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3496  hydroxypyruvate isomerase  25.45 
 
 		 258 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0849997  normal  0.283205 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1026  hydroxypyruvate isomerase  36.52 
 
 		 267 aa  68.9  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.43264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1902  hydroxypyruvate isomerase  31.29 
 
 		 269 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000606406 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3282  hydroxypyruvate isomerase protein  30.14 
 
 		 260 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.257483  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0147  hydroxypyruvate isomerase, putative  28.38 
 
 		 261 aa  68.2  0.0000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.999741  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2268  Hydroxypyruvate isomerase  32.14 
 
 		 281 aa  68.2  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.822354 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4876  hydroxypyruvate isomerase  33.8 
 
 		 273 aa  67.4  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6200  hydroxypyruvate isomerase  31.29 
 
 		 269 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0219655  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1816  hydroxypyruvate isomerase  31.29 
 
 		 269 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1879  hydroxypyruvate isomerase  31.29 
 
 		 269 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0860973  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0057  xylose isomerase domain-containing protein  31.45 
 
 		 268 aa  68.2  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3054  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.45 
 
 		 306 aa  67.8  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.237635 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2394  xylose isomerase domain-containing protein  30.65 
 
 		 259 aa  67.4  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1788  hydroxypyruvate isomerase  31.29 
 
 		 269 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0132  putative hydroxypyruvate isomerase  28.38 
 
 		 261 aa  68.2  0.0000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0652  hypothetical protein  22.73 
 
 		 265 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04753  hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 		 258 aa  67.8  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0462  hydroxypyruvate isomerase  31.58 
 
 		 261 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0474  hydroxypyruvate isomerase  30.37 
 
 		 258 aa  67  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3181  hydroxypyruvate isomerase  28.68 
 
 		 262 aa  66.6  0.0000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.365148  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2552  hydroxypyruvate isomerase  35.71 
 
 		 258 aa  67  0.0000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  hitchhiker  0.00501624 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1554  putative isomerase  29.92 
 
 		 254 aa  66.6  0.0000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.534878  normal  0.610325 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1136  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.68 
 
 		 312 aa  66.2  0.0000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2604  xylose isomerase domain-containing protein  29.55 
 
 		 271 aa  66.2  0.0000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0211  hydroxypyruvate isomerase  34.51 
 
 		 258 aa  66.2  0.0000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3611  hydroxypyruvate isomerase  31.86 
 
 		 260 aa  65.9  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.233278  normal  0.528482 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2086  hydroxypyruvate isomerase  33.91 
 
 		 269 aa  66.2  0.0000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5179  hydroxypyruvate isomerase  30.61 
 
 		 269 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.265819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2169  hydroxypyruvate isomerase  31.53 
 
 		 262 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196604  normal  0.222817 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07150  hypothetical protein  22.82 
 
 		 265 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1557  Hydroxypyruvate isomerase  34.51 
 
 		 264 aa  65.1  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.945663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0973  hydroxypyruvate isomerase  24.57 
 
 		 269 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4427  hydroxypyruvate isomerase  22.76 
 
 		 262 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.198005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1395  hydroxypyruvate isomerase  30.61 
 
 		 269 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0279437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3479  hydroxypyruvate isomerase  30.14 
 
 		 260 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5011  Hydroxypyruvate isomerase  35.65 
 
 		 258 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336729  normal  0.3021 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3152  hydroxypyruvate isomerase  30.14 
 
 		 260 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>