225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1033 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1033  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 285 aa  593  1e-168  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0514922 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1032  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  73.99 
 
 		 272 aa  437  1e-121  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0870608 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3461  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  63.12 
 
 		 293 aa  388  1e-107  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0698  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  57.24 
 
 		 297 aa  345  4e-94  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3652  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  54.23 
 
 		 293 aa  333  1e-90  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.449047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0423  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  55.99 
 
 		 287 aa  333  2e-90  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.985837  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2364  xylose isomerase domain-containing protein  58.73 
 
 		 294 aa  313  1.9999999999999998e-84  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.807591  normal  0.185458 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00433  Twin-arginine translocation pathway signal  49.24 
 
 		 309 aa  284  1.0000000000000001e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2687  twin-arginine translocation pathway signal  48.08 
 
 		 301 aa  278  8e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1041  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  44.37 
 
 		 298 aa  270  2e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2976  xylose isomerase domain-containing protein  46.67 
 
 		 295 aa  255  7e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1642  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.28 
 
 		 310 aa  205  8e-52  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.331171  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2533  xylose isomerase domain-containing protein  36.11 
 
 		 259 aa  155  9e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.685925  normal  0.744094 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0431  xylose isomerase domain-containing protein  31.77 
 
 		 326 aa  142  5e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3052  xylose isomerase domain-containing protein  32.07 
 
 		 256 aa  107  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0431176 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  33.71 
 
 		 250 aa  101  1e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4427  hydroxypyruvate isomerase  29.11 
 
 		 262 aa  95.9  7e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.198005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  28.22 
 
 		 259 aa  92  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1839  xylose isomerase-like TIM barrel  28.69 
 
 		 260 aa  86.3  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0157456  normal  0.118454 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  31.11 
 
 		 267 aa  85.9  6e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5927  Hydroxypyruvate isomerase  29.36 
 
 		 262 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2017  hydroxypyruvate isomerase  27.85 
 
 		 258 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.45932  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  27.01 
 
 		 256 aa  85.5  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1924  hydroxypyruvate isomerase  27.85 
 
 		 258 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0442  hydroxypyruvate isomerase  27.85 
 
 		 258 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0973  hydroxypyruvate isomerase  27.43 
 
 		 269 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1423  hydroxypyruvate isomerase  28.76 
 
 		 260 aa  83.2  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0831912  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4098  hydroxypyruvate isomerase  26.12 
 
 		 284 aa  83.2  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.832044 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0474  hydroxypyruvate isomerase  30.23 
 
 		 258 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166076  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5294  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.64 
 
 		 265 aa  82.8  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  27.39 
 
 		 264 aa  83.2  0.000000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1918  Hydroxypyruvate isomerase  26.86 
 
 		 260 aa  82.8  0.000000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0177301  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  26.97 
 
 		 260 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07150  hypothetical protein  33.9 
 
 		 265 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3623  hydroxypyruvate isomerase  27.8 
 
 		 260 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0573  hydroxypyruvate isomerase  27.43 
 
 		 258 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4554  hydroxypyruvate isomerase  29.65 
 
 		 258 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.695496  normal  0.368967 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1621  hydroxypyruvate isomerase  30.95 
 
 		 266 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.377689  normal  0.533551 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0894  hydroxypyruvate isomerase  27.43 
 
 		 258 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1861  hydroxypyruvate isomerase  27.43 
 
 		 258 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0652  hypothetical protein  33.9 
 
 		 265 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  29.15 
 
 		 259 aa  80.5  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3736  Hydroxypyruvate isomerase  28.51 
 
 		 262 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1953  Hydroxypyruvate isomerase  27.51 
 
 		 259 aa  79.7  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.346217  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2625  hydroxypyruvate isomerase  28.74 
 
 		 260 aa  79.7  0.00000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.90554  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5077  hydroxypyruvate isomerase  29.24 
 
 		 257 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.51 
 
 		 256 aa  79.7  0.00000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3413  Hydroxypyruvate isomerase  29.11 
 
 		 262 aa  79.3  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3496  hydroxypyruvate isomerase  27.85 
 
 		 258 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0849997  normal  0.283205 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3317  xylose isomerase-like TIM barrel  26.72 
 
 		 257 aa  79  0.00000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.695295  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2169  hydroxypyruvate isomerase  36.94 
 
 		 262 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196604  normal  0.222817 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45010  putative hydroxypyruvate isomerase  29.41 
 
 		 260 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.224213  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0020  hypothetical protein  36.04 
 
 		 262 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.138735  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  29.48 
 
 		 263 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5120  hydroxypyruvate isomerase  27.85 
 
 		 258 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2809  hydroxypyruvate isomerase  26.09 
 
 		 265 aa  78.2  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.356992 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2552  hydroxypyruvate isomerase  26.67 
 
 		 258 aa  78.6  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0908348  hitchhiker  0.00501624 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  27.8 
 
 		 260 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  27.08 
 
 		 259 aa  77.8  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  27.8 
 
 		 260 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  28 
 
 		 257 aa  77.8  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1571  hydroxypyruvate isomerase  27.8 
 
 		 260 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2140  Hydroxypyruvate isomerase  27.06 
 
 		 273 aa  77.4  0.0000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3048  hypothetical protein  37.4 
 
 		 262 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.127987  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1597  hydroxypyruvate isomerase  29.59 
 
 		 260 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143749  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3208  hydroxypyruvate isomerase  27.85 
 
 		 258 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5159  hydroxypyruvate isomerase  27.85 
 
 		 258 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.324976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1158  hydroxypyruvate isomerase  28.7 
 
 		 268 aa  77  0.0000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.671898  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5560  hydroxypyruvate isomerase  28.69 
 
 		 261 aa  77  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.446227  normal  0.0996892 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3830  hydroxypyruvate isomerase  28.82 
 
 		 260 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3611  hydroxypyruvate isomerase  28.81 
 
 		 260 aa  76.6  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.233278  normal  0.528482 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1855  hydroxypyruvate isomerase  27.11 
 
 		 260 aa  76.6  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2461  hydroxypyruvate isomerase  32.54 
 
 		 269 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731976  normal  0.599526 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1133  hydroxypyruvate isomerase  27.13 
 
 		 260 aa  76.3  0.0000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.926547  normal  0.304342 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4876  hydroxypyruvate isomerase  27.66 
 
 		 273 aa  76.3  0.0000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2268  Hydroxypyruvate isomerase  29.65 
 
 		 281 aa  75.9  0.0000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.822354 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3282  hydroxypyruvate isomerase protein  29.07 
 
 		 260 aa  75.9  0.0000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.257483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1134  hydroxypyruvate isomerase  26.09 
 
 		 259 aa  75.9  0.0000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.852559 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  31.98 
 
 		 258 aa  75.5  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  31.98 
 
 		 258 aa  75.5  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5064  hydroxypyruvate isomerase, putative  34.19 
 
 		 261 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0462  hydroxypyruvate isomerase  28.25 
 
 		 261 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43410  hydroxypyruvate isomerase  30.59 
 
 		 259 aa  75.5  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  31.36 
 
 		 269 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1567  hydroxypyruvate isomerase  31.36 
 
 		 258 aa  74.3  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2898  putative sugar isomerase (interconverting aldoses and ketoses)  27.71 
 
 		 250 aa  73.9  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.0851666 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2503  hydroxypyruvate isomerase  26.01 
 
 		 264 aa  73.9  0.000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0565  hydroxypyruvate isomerase  31.4 
 
 		 258 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.551663  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  24.8 
 
 		 263 aa  73.2  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31430  Xylose isomerase-like TIM barrel protein, probably inolved in myo-inositol catabolism  39.1 
 
 		 262 aa  73.2  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.161007  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3479  hydroxypyruvate isomerase  27.91 
 
 		 260 aa  73.2  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  28.4 
 
 		 256 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2770  hydroxypyruvate isomerase  27.23 
 
 		 265 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0252433  normal  0.732675 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1026  hydroxypyruvate isomerase  27.06 
 
 		 267 aa  72.8  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.43264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  35.9 
 
 		 259 aa  72.8  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0626  hydroxypyruvate isomerase  31.4 
 
 		 258 aa  72.8  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.396658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2425  hydroxypyruvate isomerase  30.18 
 
 		 262 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2260  hydroxypyruvate isomerase  30.18 
 
 		 262 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.654587  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2300  hydroxypyruvate isomerase  30.18 
 
 		 262 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.946761  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3152  hydroxypyruvate isomerase  29.65 
 
 		 260 aa  72.4  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>