43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3493 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3493  iolH protein  100 
 
 		 286 aa  594  1e-169  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00667421  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3267  AP endonuclease  98.6 
 
 		 286 aa  589  1e-167  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50120  myo-inositol catabolism protein IolH  84.86 
 
 		 285 aa  523  1e-147  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1810  xylose isomerase domain-containing protein  57.69 
 
 		 287 aa  347  1e-94  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.753291 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2772  xylose isomerase domain-containing protein  51.53 
 
 		 304 aa  317  2e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.549003  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1049  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  49.83 
 
 		 304 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.392718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2321  xylose isomerase domain-containing protein  53.1 
 
 		 320 aa  312  4.999999999999999e-84  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1679  xylose isomerase domain-containing protein  51.72 
 
 		 300 aa  306  2.0000000000000002e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.338989  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1244  putative protein implicated IN myo-inositol catabolique pathway  51.9 
 
 		 303 aa  300  2e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.341536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4657  xylose isomerase domain-containing protein  46.94 
 
 		 294 aa  299  4e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.480222 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4718  protein IolH  46.26 
 
 		 294 aa  293  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.745442  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7804  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  49.83 
 
 		 299 aa  292  5e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2748  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  49.47 
 
 		 318 aa  291  8e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.652978  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4050  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  49.11 
 
 		 284 aa  291  8e-78  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00790933  normal  0.0910238 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1888  xylose isomerase domain-containing protein  50 
 
 		 303 aa  286  2e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2927  xylose isomerase domain-containing protein  50.5 
 
 		 307 aa  286  2.9999999999999996e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0837933  normal  0.217068 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1307  xylose isomerase domain-containing protein  50.34 
 
 		 304 aa  285  8e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1346  xylose isomerase domain-containing protein  50 
 
 		 304 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1405  xylose isomerase domain-containing protein  49.66 
 
 		 303 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4571  xylose isomerase-like TIM barrel  49.32 
 
 		 303 aa  280  2e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.985344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0945  xylose isomerase-like TIM barrel  49.32 
 
 		 303 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.879537  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1427  xylose isomerase domain-containing protein  49.32 
 
 		 303 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.815598  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0943  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  44.95 
 
 		 291 aa  259  4e-68  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  45.96 
 
 		 291 aa  253  4.0000000000000004e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.401459  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0388  xylose isomerase domain-containing protein  45.45 
 
 		 290 aa  252  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0826  xylose isomerase domain-containing protein  44.33 
 
 		 290 aa  248  1e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  21.6 
 
 		 287 aa  63.2  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23 
 
 		 276 aa  59.3  0.00000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.26 
 
 		 282 aa  59.3  0.00000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1021  protein of unknown function DUF1080  23.83 
 
 		 515 aa  51.6  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.943633  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1620  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.65 
 
 		 323 aa  49.7  0.00005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.652805 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0582  xylose isomerase domain-containing protein  23.81 
 
 		 305 aa  48.5  0.0001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0101642  normal  0.477879 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1020  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 334 aa  48.5  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0435  xylose isomerase domain-containing protein  23.21 
 
 		 266 aa  48.1  0.0002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1018  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.76 
 
 		 318 aa  47  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.706274  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1019  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.92 
 
 		 307 aa  46.6  0.0005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.29 
 
 		 258 aa  46.2  0.0007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2962  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.83 
 
 		 304 aa  45.4  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  19.86 
 
 		 274 aa  45.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.36 
 
 		 282 aa  44.3  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1167  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.67 
 
 		 306 aa  44.3  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4755  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  21.3 
 
 		 637 aa  43.9  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.304127  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0991  xylose isomerase domain-containing protein  23.72 
 
 		 304 aa  43.5  0.004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>