147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_11110 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_11110  sugar phosphate isomerase/epimerase  100 
 
 		 480 aa  942    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.479367  normal  0.230414 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2326  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  63 
 
 		 284 aa  325  8.000000000000001e-88  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00147679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1020  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  47.1 
 
 		 275 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2286  xylose isomerase domain-containing protein  50.76 
 
 		 277 aa  216  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0370511  normal  0.0282506 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3316  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.42 
 
 		 313 aa  210  4e-53  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3593  xylose isomerase domain-containing protein  48.66 
 
 		 290 aa  207  4e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.671139  decreased coverage  0.000150106 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2522  xylose isomerase domain-containing protein  39.85 
 
 		 281 aa  205  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2684  xylose isomerase domain-containing protein  45.8 
 
 		 297 aa  205  2e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.16562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2806  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  46.18 
 
 		 297 aa  203  7e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2911  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  45.8 
 
 		 297 aa  203  7e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.180268  normal  0.124085 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2327  sugar phosphate isomerase/epimerase  49.74 
 
 		 225 aa  117  6.9999999999999995e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00291301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  29.15 
 
 		 274 aa  107  4e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.43 
 
 		 276 aa  100  7e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.25 
 
 		 282 aa  94  5e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2524  xylose isomerase domain-containing protein  26.33 
 
 		 287 aa  87.8  4e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  29.39 
 
 		 287 aa  83.6  0.000000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3432  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.52 
 
 		 316 aa  81.6  0.00000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0982928  normal  0.0112247 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2284  hypothetical protein  31.29 
 
 		 243 aa  73.6  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.270701 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0156  hypothetical protein  28.65 
 
 		 224 aa  67  0.0000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.188048  hitchhiker  0.0000000507479 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.2 
 
 		 258 aa  64.7  0.000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.35 
 
 		 258 aa  60.8  0.00000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2064  xylose isomerase  28.95 
 
 		 407 aa  59.3  0.0000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.03 
 
 		 286 aa  59.3  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4163  xylose isomerase domain-containing protein  30.29 
 
 		 257 aa  59.7  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1795  xylose isomerase  30.19 
 
 		 379 aa  58.2  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000406384  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  28.33 
 
 		 270 aa  57.8  0.0000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7265  hypothetical protein  29.61 
 
 		 295 aa  57.4  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00441605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  26.56 
 
 		 271 aa  55.5  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2881  hypothetical protein  30.16 
 
 		 287 aa  55.5  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00829797 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1548  hypothetical protein  27.78 
 
 		 315 aa  55.8  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.266416  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0150  xylose isomerase  28.33 
 
 		 381 aa  55.5  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0857233 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1244  putative protein implicated IN myo-inositol catabolique pathway  25.19 
 
 		 303 aa  54.7  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.341536  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5559  xylose isomerase  27.7 
 
 		 385 aa  55.1  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.324328 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  34.13 
 
 		 272 aa  54.7  0.000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1307  xylose isomerase domain-containing protein  25.65 
 
 		 304 aa  53.9  0.000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0826  xylose isomerase domain-containing protein  24.42 
 
 		 290 aa  53.5  0.000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0943  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.81 
 
 		 291 aa  53.5  0.000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1346  xylose isomerase domain-containing protein  25.65 
 
 		 304 aa  52.8  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  33.95 
 
 		 285 aa  52.4  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2748  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.62 
 
 		 318 aa  52.4  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.652978  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3592  xylose isomerase  29.81 
 
 		 395 aa  52.4  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.239598  normal  0.862129 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0405  xylose isomerase domain-containing protein  30 
 
 		 298 aa  52.8  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.601416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4571  xylose isomerase-like TIM barrel  25.28 
 
 		 303 aa  51.6  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.985344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4665  xylose isomerase  28.21 
 
 		 405 aa  51.6  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.025606  normal  0.682712 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1405  xylose isomerase domain-containing protein  26.57 
 
 		 303 aa  51.6  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0695  xylose isomerase  30.68 
 
 		 387 aa  51.2  0.00004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00591309 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04064  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.11 
 
 		 284 aa  50.8  0.00005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3796  hexulose-6-phosphate isomerase  23.42 
 
 		 284 aa  50.8  0.00005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.542065  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04026  hypothetical protein  23.11 
 
 		 284 aa  50.8  0.00005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2985  xylose isomerase  27.03 
 
 		 396 aa  50.8  0.00005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0777216  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4758  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.11 
 
 		 284 aa  50.8  0.00005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4668  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.42 
 
 		 284 aa  50.8  0.00005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1262  xylose isomerase  28.4 
 
 		 382 aa  50.4  0.00006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467888 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4441  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.11 
 
 		 284 aa  50.8  0.00006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0945  xylose isomerase-like TIM barrel  25.37 
 
 		 303 aa  50.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.879537  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1427  xylose isomerase domain-containing protein  25.37 
 
 		 303 aa  50.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.815598  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3973  xylose isomerase  28.05 
 
 		 395 aa  50.4  0.00007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.025652 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6687  xylose isomerase  28.67 
 
 		 389 aa  50.4  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.39813 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  28.63 
 
 		 268 aa  50.1  0.00008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1888  xylose isomerase domain-containing protein  25.65 
 
 		 303 aa  50.1  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4748  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.85 
 
 		 284 aa  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5713  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.11 
 
 		 284 aa  50.1  0.00009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1807  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.64 
 
 		 277 aa  50.1  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2692  xylose isomerase  29.14 
 
 		 403 aa  50.1  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0704  xylose isomerase  30.09 
 
 		 386 aa  50.1  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0431  hypothetical protein  25.82 
 
 		 236 aa  49.7  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.237797  normal  0.906007 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4727  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  22.48 
 
 		 284 aa  49.7  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639292  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4655  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.85 
 
 		 284 aa  49.3  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4784  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.85 
 
 		 284 aa  49.3  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.871942  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3307  xylose isomerase  26.91 
 
 		 393 aa  49.3  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0151761 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.29 
 
 		 291 aa  48.9  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.401459  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2311  hydroxypyruvate isomerase  28.03 
 
 		 256 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279204  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4805  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.85 
 
 		 284 aa  49.3  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.296767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4665  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.85 
 
 		 284 aa  49.3  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.389961  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3282  hydroxypyruvate isomerase protein  25.51 
 
 		 260 aa  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.257483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0388  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 290 aa  48.1  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1679  xylose isomerase domain-containing protein  24.87 
 
 		 300 aa  47.8  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.338989  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.42 
 
 		 282 aa  47.8  0.0004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  27.98 
 
 		 250 aa  47.4  0.0005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06190  xylose isomerase  25.95 
 
 		 393 aa  47.8  0.0005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.04 
 
 		 624 aa  47.8  0.0005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1810  xylose isomerase domain-containing protein  24.81 
 
 		 287 aa  47.4  0.0006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.753291 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4050  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.83 
 
 		 284 aa  47.4  0.0006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00790933  normal  0.0910238 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3816  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  22.67 
 
 		 284 aa  47.4  0.0006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00643692 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0987  xylose isomerase  28.09 
 
 		 390 aa  47  0.0007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5223  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.1 
 
 		 281 aa  47  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.539656  normal  0.643563 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2927  xylose isomerase domain-containing protein  24.72 
 
 		 307 aa  47.4  0.0007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0837933  normal  0.217068 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0340  fructoselysine 3-epimerase  23.46 
 
 		 276 aa  47  0.0007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.452792 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4079  xylose isomerase domain-containing protein  26.5 
 
 		 629 aa  47  0.0008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5194  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.74 
 
 		 630 aa  47  0.0008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1521  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.78 
 
 		 294 aa  47  0.0009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3750  fructoselysine 3-epimerase  23.46 
 
 		 276 aa  46.6  0.0009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238004  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03223  predicted isomerase  23.46 
 
 		 276 aa  46.6  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.46 
 
 		 276 aa  46.6  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03175  hypothetical protein  23.46 
 
 		 276 aa  46.6  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4666  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.74 
 
 		 630 aa  46.2  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.735725 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22690  xylose isomerase  27.86 
 
 		 389 aa  46.6  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2321  xylose isomerase domain-containing protein  25.13 
 
 		 320 aa  46.6  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1496  xylose isomerase domain-containing protein  23.51 
 
 		 279 aa  46.2  0.001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00334669  normal  0.969169 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4963  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.94 
 
 		 630 aa  46.2  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0115166 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>