67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_2286 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_2286  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 277 aa  543  1e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0370511  normal  0.0282506 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2684  xylose isomerase domain-containing protein  75.09 
 
 		 297 aa  414  9.999999999999999e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.16562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2911  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  75.82 
 
 		 297 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.180268  normal  0.124085 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3593  xylose isomerase domain-containing protein  75.46 
 
 		 290 aa  407  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.671139  decreased coverage  0.000150106 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2806  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  74.73 
 
 		 297 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1020  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  58.52 
 
 		 275 aa  305  8.000000000000001e-82  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11110  sugar phosphate isomerase/epimerase  50.76 
 
 		 480 aa  216  4e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.479367  normal  0.230414 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2326  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  46.64 
 
 		 284 aa  215  5.9999999999999996e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00147679  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3316  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.35 
 
 		 313 aa  206  4e-52  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2522  xylose isomerase domain-containing protein  40.44 
 
 		 281 aa  189  5e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.4 
 
 		 282 aa  135  8e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  31.52 
 
 		 274 aa  119  4.9999999999999996e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.97 
 
 		 276 aa  106  4e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  28.26 
 
 		 287 aa  97.8  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3432  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.26 
 
 		 316 aa  91.7  1e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0982928  normal  0.0112247 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2524  xylose isomerase domain-containing protein  26.48 
 
 		 287 aa  79.7  0.00000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  24.9 
 
 		 271 aa  63.2  0.000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4048  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.86 
 
 		 286 aa  57.4  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.2 
 
 		 270 aa  54.3  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.269917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4668  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  26.97 
 
 		 284 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3816  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  26.25 
 
 		 284 aa  53.9  0.000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00643692 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4727  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  26.25 
 
 		 284 aa  53.1  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639292  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04064  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  26.25 
 
 		 284 aa  53.1  0.000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04026  hypothetical protein  26.25 
 
 		 284 aa  53.1  0.000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4758  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  26.25 
 
 		 284 aa  53.1  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4441  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  26.25 
 
 		 284 aa  52.8  0.000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5713  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  26.25 
 
 		 284 aa  52.4  0.000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4805  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  26.67 
 
 		 284 aa  52.4  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.296767  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3796  hexulose-6-phosphate isomerase  26.56 
 
 		 284 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.542065  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8563  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.27 
 
 		 278 aa  52  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0314267  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4784  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  26.67 
 
 		 284 aa  51.2  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.871942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4655  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  26.67 
 
 		 284 aa  51.2  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3693  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.27 
 
 		 270 aa  50.4  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4748  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  26.67 
 
 		 284 aa  50.4  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2929  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.14 
 
 		 327 aa  49.7  0.00006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.712071  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3969  xylose isomerase domain-containing protein  28.57 
 
 		 290 aa  48.9  0.00009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0171269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4665  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  26.25 
 
 		 284 aa  48.9  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.389961  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  33.33 
 
 		 290 aa  47.8  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2612  xylose isomerase domain-containing protein  25.97 
 
 		 294 aa  47  0.0004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5120  hydroxypyruvate isomerase  27.07 
 
 		 258 aa  46.6  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1969  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.79 
 
 		 270 aa  46.2  0.0005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0652  hypothetical protein  25.58 
 
 		 265 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5159  hydroxypyruvate isomerase  27.53 
 
 		 258 aa  45.8  0.0007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.324976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3208  hydroxypyruvate isomerase  27.53 
 
 		 258 aa  45.8  0.0007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3496  hydroxypyruvate isomerase  27.55 
 
 		 258 aa  45.8  0.0008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0849997  normal  0.283205 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1247  putative myo-inositol catabolism protein  30 
 
 		 313 aa  45.8  0.0008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.97 
 
 		 258 aa  45.8  0.0008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50250  hypothetical protein  29.46 
 
 		 307 aa  45.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.508803  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1722  xylose isomerase-like TIM barrel  34.15 
 
 		 299 aa  45.4  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.688264  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0474  hydroxypyruvate isomerase  26.67 
 
 		 258 aa  45.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166076  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8495  Myo-inosose-2 dehydratase  27.09 
 
 		 311 aa  44.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.795487 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3018  hypothetical protein  25.68 
 
 		 307 aa  44.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.130345  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  25.67 
 
 		 283 aa  44.3  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2490  xylose isomerase domain-containing protein  39.81 
 
 		 292 aa  44.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00709656 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07150  hypothetical protein  25.58 
 
 		 265 aa  44.3  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21 
 
 		 275 aa  44.7  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1048  Myo-inosose-2 dehydratase  28.91 
 
 		 307 aa  43.9  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.513171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4163  xylose isomerase domain-containing protein  30.17 
 
 		 257 aa  43.9  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1346  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.65 
 
 		 301 aa  43.1  0.004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5448  Myo-inosose-2 dehydratase  30 
 
 		 295 aa  43.5  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.10992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4017  xylose isomerase domain-containing protein  25.95 
 
 		 302 aa  42.7  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3285  sugar phosphate isomerase/epimerase, IolE  25.95 
 
 		 302 aa  42.7  0.007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1362  Myo-inosose-2 dehydratase  28.73 
 
 		 294 aa  42.7  0.007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.8 
 
 		 258 aa  42.4  0.008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5562  Myo-inosose-2 dehydratase  30.19 
 
 		 281 aa  42  0.01  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0947  xylose isomerase-like TIM barrel  27.34 
 
 		 308 aa  42  0.01  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1429  xylose isomerase domain-containing protein  27.34 
 
 		 308 aa  42  0.01  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>