85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2684 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_2684  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 297 aa  598  1e-170  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.16562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2911  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  96.97 
 
 		 297 aa  579  1e-164  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.180268  normal  0.124085 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2806  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  90.88 
 
 		 297 aa  553  1e-156  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3593  xylose isomerase domain-containing protein  78.47 
 
 		 290 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.671139  decreased coverage  0.000150106 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2286  xylose isomerase domain-containing protein  75.09 
 
 		 277 aa  414  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0370511  normal  0.0282506 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1020  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  53.65 
 
 		 275 aa  301  1e-80  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3316  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.03 
 
 		 313 aa  211  2e-53  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11110  sugar phosphate isomerase/epimerase  45.8 
 
 		 480 aa  205  9e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.479367  normal  0.230414 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2326  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.97 
 
 		 284 aa  196  3e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00147679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2522  xylose isomerase domain-containing protein  42.18 
 
 		 281 aa  193  3e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.42 
 
 		 282 aa  127  3e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  31.16 
 
 		 274 aa  119  6e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.35 
 
 		 276 aa  114  2.0000000000000002e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3432  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.97 
 
 		 316 aa  93.6  4e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0982928  normal  0.0112247 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  27.9 
 
 		 287 aa  92.8  5e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2524  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 287 aa  69.3  0.00000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  25.5 
 
 		 271 aa  58.2  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0947  xylose isomerase-like TIM barrel  32.41 
 
 		 308 aa  55.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1429  xylose isomerase domain-containing protein  32.41 
 
 		 308 aa  55.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.29 
 
 		 289 aa  55.1  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1362  Myo-inosose-2 dehydratase  31.71 
 
 		 294 aa  54.3  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1048  Myo-inosose-2 dehydratase  27.71 
 
 		 307 aa  53.1  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.513171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1722  xylose isomerase-like TIM barrel  31.39 
 
 		 299 aa  52.4  0.000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.688264  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1407  xylose isomerase domain-containing protein  31.72 
 
 		 308 aa  52.4  0.000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.872133 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1309  xylose isomerase domain-containing protein  31.03 
 
 		 308 aa  52  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1247  putative myo-inositol catabolism protein  28.97 
 
 		 313 aa  52  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4163  xylose isomerase domain-containing protein  27.64 
 
 		 257 aa  51.6  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1348  xylose isomerase domain-containing protein  31.03 
 
 		 308 aa  50.8  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1346  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.46 
 
 		 301 aa  50.1  0.00005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2612  xylose isomerase domain-containing protein  27.14 
 
 		 294 aa  50.1  0.00005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  29.09 
 
 		 250 aa  49.7  0.00005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4048  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.44 
 
 		 286 aa  49.7  0.00006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0499  xylose isomerase domain-containing protein  24.68 
 
 		 282 aa  48.5  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4784  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.07 
 
 		 284 aa  48.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.871942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.98 
 
 		 258 aa  48.1  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4655  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.07 
 
 		 284 aa  48.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.67 
 
 		 279 aa  47.8  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0346457 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50250  hypothetical protein  29.58 
 
 		 307 aa  47.4  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.508803  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.9 
 
 		 283 aa  47  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4748  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  24.07 
 
 		 284 aa  47.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3796  hexulose-6-phosphate isomerase  23.33 
 
 		 284 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.542065  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4727  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.33 
 
 		 284 aa  47.4  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639292  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4573  xylose isomerase-like TIM barrel  29.33 
 
 		 308 aa  47.4  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4441  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.33 
 
 		 284 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1886  xylose isomerase domain-containing protein  26.9 
 
 		 308 aa  47.4  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.206917 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3018  hypothetical protein  25 
 
 		 307 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.130345  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3352  Myo-inosose-2 dehydratase  27.22 
 
 		 296 aa  46.6  0.0005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0467219  normal  0.0568196 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3816  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  22.92 
 
 		 284 aa  46.2  0.0006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00643692 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  26.58 
 
 		 269 aa  46.2  0.0007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2929  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.04 
 
 		 327 aa  46.2  0.0007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.712071  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2054  xylose isomerase domain-containing protein  27.21 
 
 		 308 aa  46.2  0.0007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1816  xylose isomerase domain-containing protein  27.34 
 
 		 304 aa  45.8  0.0008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.670883 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4665  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.65 
 
 		 284 aa  45.8  0.0009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.389961  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04064  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  22.92 
 
 		 284 aa  45.8  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4668  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.27 
 
 		 284 aa  45.8  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5062  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.14 
 
 		 286 aa  45.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8495  Myo-inosose-2 dehydratase  30.4 
 
 		 311 aa  45.4  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.795487 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3595  Myo-inosose-2 dehydratase  27.07 
 
 		 297 aa  45.1  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04026  hypothetical protein  22.92 
 
 		 284 aa  45.8  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4758  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  22.92 
 
 		 284 aa  45.8  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5713  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  22.92 
 
 		 284 aa  45.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4805  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.24 
 
 		 284 aa  44.3  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.296767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7800  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.34 
 
 		 301 aa  44.7  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0474  hydroxypyruvate isomerase  21.25 
 
 		 258 aa  44.7  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166076  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5448  Myo-inosose-2 dehydratase  27.61 
 
 		 295 aa  44.7  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.10992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4755  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.08 
 
 		 637 aa  43.9  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.304127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3128  hypothetical protein  24.38 
 
 		 257 aa  43.9  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3496  hydroxypyruvate isomerase  22.64 
 
 		 258 aa  44.3  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0849997  normal  0.283205 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  25.98 
 
 		 256 aa  43.9  0.003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.81 
 
 		 270 aa  43.9  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.269917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3156  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28 
 
 		 331 aa  43.5  0.004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2721  xylose isomerase domain-containing protein  29.29 
 
 		 280 aa  43.5  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.543869  normal  0.780906 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3036  hypothetical protein  27.22 
 
 		 258 aa  43.1  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3120  hypothetical protein  27.22 
 
 		 258 aa  43.1  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0148759 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3104  hypothetical protein  27.22 
 
 		 258 aa  43.1  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3065  hypothetical protein  27.22 
 
 		 258 aa  43.1  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765519  normal  0.510591 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.14 
 
 		 275 aa  42.7  0.007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  27.46 
 
 		 295 aa  42.7  0.008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  24.62 
 
 		 283 aa  42.7  0.008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3969  xylose isomerase domain-containing protein  26.87 
 
 		 290 aa  42.4  0.009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0171269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1815  hydroxypyruvate isomerase  25.45 
 
 		 275 aa  42.4  0.009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0352764  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0529  xylose isomerase-like TIM barrel  26.43 
 
 		 281 aa  42.4  0.009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0189964  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1913  Hydroxypyruvate isomerase  25.45 
 
 		 275 aa  42.4  0.009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5562  Myo-inosose-2 dehydratase  30.4 
 
 		 281 aa  42.4  0.01  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19520  xylose isomerase  25.11 
 
 		 354 aa  42.4  0.01  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>