49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_1020 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_1020  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 275 aa  538  9.999999999999999e-153  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2286  xylose isomerase domain-containing protein  58.52 
 
 		 277 aa  305  7e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0370511  normal  0.0282506 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2911  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  54.38 
 
 		 297 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.180268  normal  0.124085 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2806  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  54.74 
 
 		 297 aa  300  1e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2684  xylose isomerase domain-containing protein  53.65 
 
 		 297 aa  301  1e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.16562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3593  xylose isomerase domain-containing protein  53.65 
 
 		 290 aa  285  4e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.671139  decreased coverage  0.000150106 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11110  sugar phosphate isomerase/epimerase  47.1 
 
 		 480 aa  221  7e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.479367  normal  0.230414 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2326  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  46.91 
 
 		 284 aa  218  1e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00147679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2522  xylose isomerase domain-containing protein  37.5 
 
 		 281 aa  192  7e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3316  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.9 
 
 		 313 aa  190  2e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  30.71 
 
 		 274 aa  116  3.9999999999999997e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.83 
 
 		 282 aa  112  5e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.11 
 
 		 276 aa  96.7  3e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  28 
 
 		 287 aa  92.4  8e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3432  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.31 
 
 		 316 aa  83.6  0.000000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0982928  normal  0.0112247 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2524  xylose isomerase domain-containing protein  24.41 
 
 		 287 aa  70.5  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1496  xylose isomerase domain-containing protein  27 
 
 		 279 aa  62.8  0.000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00334669  normal  0.969169 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4017  xylose isomerase domain-containing protein  31.46 
 
 		 302 aa  58.5  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5062  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.9 
 
 		 286 aa  58.5  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1048  Myo-inosose-2 dehydratase  29.93 
 
 		 307 aa  56.2  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.513171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3285  sugar phosphate isomerase/epimerase, IolE  32 
 
 		 302 aa  55.5  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0078  hypothetical protein  28.66 
 
 		 300 aa  53.5  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.88 
 
 		 258 aa  52.4  0.000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4163  xylose isomerase domain-containing protein  30.09 
 
 		 257 aa  52.4  0.000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1362  Myo-inosose-2 dehydratase  33.14 
 
 		 294 aa  52  0.00001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0529  xylose isomerase-like TIM barrel  30.72 
 
 		 281 aa  52  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0189964  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3018  hypothetical protein  25.66 
 
 		 307 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.130345  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  22.86 
 
 		 271 aa  50.8  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.05 
 
 		 258 aa  50.4  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0551  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.02 
 
 		 322 aa  47.8  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.784831  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24 
 
 		 289 aa  47.8  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50250  hypothetical protein  27.27 
 
 		 307 aa  47.4  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.508803  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1429  xylose isomerase domain-containing protein  28.48 
 
 		 308 aa  48.1  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0947  xylose isomerase-like TIM barrel  28.48 
 
 		 308 aa  48.1  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1407  xylose isomerase domain-containing protein  28.48 
 
 		 308 aa  48.1  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.872133 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2721  xylose isomerase domain-containing protein  29.84 
 
 		 280 aa  47  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.543869  normal  0.780906 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1247  putative myo-inositol catabolism protein  28.92 
 
 		 313 aa  46.6  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2692  xylose isomerase  32.89 
 
 		 403 aa  45.8  0.0007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0499  xylose isomerase domain-containing protein  21.97 
 
 		 304 aa  45.8  0.0008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00421742  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1722  xylose isomerase-like TIM barrel  30.71 
 
 		 299 aa  45.4  0.0009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.688264  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.8 
 
 		 275 aa  45.4  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6852  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.79 
 
 		 284 aa  45.1  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0571066  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0986  xylose isomerase domain-containing protein  23.92 
 
 		 273 aa  45.4  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1886  xylose isomerase domain-containing protein  27.03 
 
 		 308 aa  45.4  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.206917 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1458  xylose isomerase domain-containing protein  32.1 
 
 		 255 aa  45.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.931629 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.7 
 
 		 270 aa  43.9  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.269917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1309  xylose isomerase domain-containing protein  28.48 
 
 		 308 aa  43.9  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1674  xylose isomerase domain-containing protein  29.41 
 
 		 298 aa  43.9  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  27.78 
 
 		 268 aa  43.5  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>