75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3316 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_3316  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 313 aa  647    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2326  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  43.13 
 
 		 284 aa  238  1e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00147679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2911  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.68 
 
 		 297 aa  215  7e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.180268  normal  0.124085 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2806  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.32 
 
 		 297 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3593  xylose isomerase domain-containing protein  39.68 
 
 		 290 aa  211  1e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.671139  decreased coverage  0.000150106 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2684  xylose isomerase domain-containing protein  39.03 
 
 		 297 aa  211  2e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.16562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11110  sugar phosphate isomerase/epimerase  39.42 
 
 		 480 aa  210  3e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.479367  normal  0.230414 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2286  xylose isomerase domain-containing protein  39.35 
 
 		 277 aa  206  5e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0370511  normal  0.0282506 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1020  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.9 
 
 		 275 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2522  xylose isomerase domain-containing protein  36.22 
 
 		 281 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.19 
 
 		 276 aa  107  2e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.66 
 
 		 282 aa  104  2e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  26.73 
 
 		 274 aa  100  4e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  24.84 
 
 		 287 aa  91.7  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2524  xylose isomerase domain-containing protein  26.43 
 
 		 287 aa  90.5  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3432  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.73 
 
 		 316 aa  74.3  0.000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0982928  normal  0.0112247 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1257  xylose isomerase domain-containing protein  23.05 
 
 		 264 aa  58.9  0.0000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.666664  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0126  hexulose-6-phosphate isomerase  18.92 
 
 		 291 aa  56.2  0.0000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0146  hexulose-6-phosphate isomerase  18.92 
 
 		 291 aa  55.8  0.0000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.56 
 
 		 286 aa  55.1  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0287  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.43 
 
 		 290 aa  52.8  0.000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.790888  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.5 
 
 		 282 aa  52  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0027  xylose isomerase domain-containing protein  23.42 
 
 		 268 aa  52  0.00001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  decreased coverage  0.0054119  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2256  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.05 
 
 		 321 aa  52  0.00001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.480899 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0008  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.32 
 
 		 322 aa  51.6  0.00002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.01 
 
 		 275 aa  51.6  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1496  xylose isomerase domain-containing protein  21.53 
 
 		 279 aa  51.2  0.00002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00334669  normal  0.969169 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1121  xylose isomerase domain-containing protein  23.89 
 
 		 268 aa  50.4  0.00003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3905  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  22.26 
 
 		 286 aa  50.1  0.00005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03434  predicted L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  22.59 
 
 		 286 aa  50.1  0.00005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  23.85 
 
 		 297 aa  50.1  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.1 
 
 		 283 aa  50.1  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03385  hypothetical protein  22.59 
 
 		 286 aa  50.1  0.00005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0649  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  22.17 
 
 		 282 aa  49.7  0.00007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4079  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  22.26 
 
 		 286 aa  49.3  0.00008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3697  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  22.37 
 
 		 286 aa  48.5  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3894  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  22.37 
 
 		 286 aa  48.9  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0797  xylose isomerase domain-containing protein  22.97 
 
 		 268 aa  48.9  0.0001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0606735  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0128  hexulose-6-phosphate isomerase  22.19 
 
 		 286 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0132  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  22.26 
 
 		 286 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.482678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3786  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  22.26 
 
 		 286 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  23.58 
 
 		 285 aa  47.4  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0863  xylose isomerase domain-containing protein  21.47 
 
 		 268 aa  47.8  0.0003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.780816  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  21.07 
 
 		 271 aa  47  0.0004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0121  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  20.14 
 
 		 290 aa  47  0.0004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5464  xylose isomerase domain-containing protein  21.86 
 
 		 279 aa  47  0.0005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.448037  normal  0.953141 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0331  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  23.08 
 
 		 282 aa  46.6  0.0005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3938  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  20.4 
 
 		 286 aa  46.6  0.0005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2874  oxidoreductase domain protein  24.56 
 
 		 699 aa  46.6  0.0006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1251  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.81 
 
 		 274 aa  46.6  0.0006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.725023  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0772  putative L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  20.33 
 
 		 290 aa  45.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.692507  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2966  oxidoreductase domain protein  24.91 
 
 		 699 aa  45.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.99 
 
 		 256 aa  45.4  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1521  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.1 
 
 		 294 aa  45.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1849  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.68 
 
 		 322 aa  45.4  0.001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0986  xylose isomerase domain-containing protein  19.82 
 
 		 273 aa  45.4  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4668  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21 
 
 		 284 aa  45.8  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3816  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  20.64 
 
 		 284 aa  44.7  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00643692 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0973  hypothetical protein  26.9 
 
 		 257 aa  45.1  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3334  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 277 aa  44.3  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  24.34 
 
 		 268 aa  43.9  0.003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04064  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  20.64 
 
 		 284 aa  43.9  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04026  hypothetical protein  20.64 
 
 		 284 aa  43.9  0.004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4758  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  20.64 
 
 		 284 aa  43.9  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5713  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  20.64 
 
 		 284 aa  43.5  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4190  xylose isomerase-like TIM barrel  23.27 
 
 		 371 aa  43.1  0.006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.720259  hitchhiker  0.00898811 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4441  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  20.64 
 
 		 284 aa  43.1  0.006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4784  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.11 
 
 		 284 aa  42.7  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.871942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4655  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.11 
 
 		 284 aa  42.7  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4748  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  21.11 
 
 		 284 aa  42.7  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4727  L-xylulose 5-phosphate 3-epimerase  20.64 
 
 		 284 aa  42.7  0.008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639292  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3316  xylose isomerase domain-containing protein  21.71 
 
 		 309 aa  42.7  0.008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0405  xylose isomerase domain-containing protein  28 
 
 		 298 aa  42.7  0.008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.601416  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0246  xylose isomerase domain-containing protein  28.83 
 
 		 296 aa  42.7  0.008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.483047  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33680  hypothetical protein  34.33 
 
 		 274 aa  42.4  0.01  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>