164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_0405 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_0405  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 298 aa  600  1.0000000000000001e-171  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.601416  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2644  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  59.17 
 
 		 332 aa  362  3e-99  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00164635  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0246  xylose isomerase domain-containing protein  38.98 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.483047  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7362  xylose isomerase  38.14 
 
 		 326 aa  193  4e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.730487  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45308  ribokinase  36.49 
 
 		 709 aa  190  2.9999999999999997e-47  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.394155  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2108  xylose isomerase-like  38.36 
 
 		 323 aa  181  2e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.546252  normal  0.693114 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.04 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0401  xylose isomerase-like TIM barrel  33.44 
 
 		 354 aa  147  3e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0010085  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19520  xylose isomerase  28.37 
 
 		 354 aa  114  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0708  xylose isomerase domain-containing protein  31.78 
 
 		 371 aa  110  3e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00278763  hitchhiker  0.000000000165231 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2026  xylose isomerase-like TIM barrel  26.01 
 
 		 380 aa  99.8  5e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1680  rhamnose isomerase related  31.03 
 
 		 405 aa  92.8  6e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0758424  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0427  L-rhamnose isomerase  27.51 
 
 		 397 aa  91.7  1e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0217069  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2253  L-rhamnose isomerase  30.38 
 
 		 408 aa  90.9  2e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000884653  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2213  L-rhamnose catabolism isomerase  29.24 
 
 		 429 aa  90.5  3e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.118721 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4924  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.04 
 
 		 424 aa  89  8e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000076523  normal  0.290794 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0987  xylose isomerase  27.85 
 
 		 390 aa  88.2  1e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1726  xylose isomerase-like TIM barrel  29.88 
 
 		 429 aa  88.6  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.302713  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0692  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.05 
 
 		 428 aa  88.2  2e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.822847  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3592  xylose isomerase  30 
 
 		 395 aa  86.7  4e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.239598  normal  0.862129 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5559  xylose isomerase  30.86 
 
 		 385 aa  84.7  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.324328 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3973  xylose isomerase  29.64 
 
 		 395 aa  84.7  0.000000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.025652 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0706  L-rhamnose isomerase  28.52 
 
 		 409 aa  83.2  0.000000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.422023  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0150  xylose isomerase  28.52 
 
 		 381 aa  83.2  0.000000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0857233 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0353  Xylose isomerase  28.31 
 
 		 383 aa  82.8  0.000000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.539165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1795  xylose isomerase  28.36 
 
 		 379 aa  82.4  0.000000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000406384  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2692  xylose isomerase  27.83 
 
 		 403 aa  82  0.00000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6687  xylose isomerase  30.3 
 
 		 389 aa  81.6  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.39813 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5294  xylose isomerase  28.68 
 
 		 407 aa  80.9  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.196576 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2116  L-rhamnose catabolism isomerase  29.15 
 
 		 428 aa  80.9  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.885684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1673  L-rhamnose isomerase  26.3 
 
 		 382 aa  80.5  0.00000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0909219  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1696  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.62 
 
 		 368 aa  80.5  0.00000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4214  xylose isomerase domain-containing protein  26.74 
 
 		 424 aa  79.7  0.00000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0943011  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6263  L-rhamnose catabolism isomerase  28.4 
 
 		 430 aa  79  0.00000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290662  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2884  xylose isomerase  26.72 
 
 		 389 aa  79  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2618  xylose isomerase  26.18 
 
 		 389 aa  79  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4611  xylose isomerase domain-containing protein  26.29 
 
 		 427 aa  77.8  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.28145  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3883  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.52 
 
 		 424 aa  77.8  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2175  xylose isomerase  28.22 
 
 		 395 aa  77.4  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000407625 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2375  xylose isomerase  29.02 
 
 		 387 aa  77  0.0000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22690  xylose isomerase  27.14 
 
 		 389 aa  76.6  0.0000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5806  L-rhamnose catabolism isomerase  26.6 
 
 		 430 aa  76.6  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.142354  normal  0.0518605 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1247  xylose isomerase  25.55 
 
 		 382 aa  76.3  0.0000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05810  L-rhamnose isomerase  30.38 
 
 		 391 aa  76.3  0.0000000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3573  L-rhamnose catabolism isomerase  27.38 
 
 		 430 aa  76.3  0.0000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1262  xylose isomerase  27.73 
 
 		 382 aa  75.9  0.0000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467888 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0695  xylose isomerase  28.05 
 
 		 387 aa  75.5  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00591309 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2856  L-rhamnose isomerase  27.52 
 
 		 396 aa  75.1  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1762  xylose isomerase  25.85 
 
 		 386 aa  75.5  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6706  L-rhamnose catabolism isomerase  27.56 
 
 		 430 aa  75.1  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.161678 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1804  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.02 
 
 		 424 aa  74.7  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0903  xylose isomerase  26.97 
 
 		 385 aa  73.9  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.122683 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06190  xylose isomerase  30.49 
 
 		 393 aa  73.9  0.000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1603  xylose isomerase  27.27 
 
 		 385 aa  73.2  0.000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1387  L-rhamnose isomerase  29.34 
 
 		 398 aa  73.2  0.000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.568177  normal  0.0266628 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0704  xylose isomerase  25.45 
 
 		 386 aa  73.2  0.000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0222  L-rhamnose catabolism isomerase  29.37 
 
 		 430 aa  72.4  0.000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.206591 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3254  xylose isomerase  29.79 
 
 		 390 aa  72.4  0.000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.150364 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4391  rhamnose isomerase related  30.28 
 
 		 382 aa  72.4  0.000000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0558803  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4478  L-rhamnose isomerase  30.28 
 
 		 382 aa  72.4  0.000000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2827  xylose isomerase  25.59 
 
 		 384 aa  72  0.00000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3703  L-rhamnose isomerase  28.4 
 
 		 387 aa  71.6  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.627849 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0181  xylose isomerase  27.55 
 
 		 397 aa  71.2  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2430  xylose isomerase  26.79 
 
 		 395 aa  71.6  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.404245  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2064  xylose isomerase  26.9 
 
 		 407 aa  71.2  0.00000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4772  L-rhamnose isomerase  30.28 
 
 		 382 aa  71.2  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4811  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.39 
 
 		 403 aa  71.2  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2985  xylose isomerase  27.78 
 
 		 396 aa  71.2  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0777216  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4665  xylose isomerase  30.14 
 
 		 405 aa  70.5  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.025606  normal  0.682712 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0466  xylose isomerase  27.8 
 
 		 392 aa  68.9  0.0000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3107  L-rhamnose isomerase  27.65 
 
 		 388 aa  68.9  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0886  L-rhamnose isomerase  28.05 
 
 		 388 aa  68.6  0.0000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2455  rhamnose isomerase-related protein  27.03 
 
 		 396 aa  66.2  0.0000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3306  L-rhamnose isomerase  26.59 
 
 		 388 aa  66.2  0.0000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.984678  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2210  xylose isomerase  25.91 
 
 		 445 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3307  xylose isomerase  26.36 
 
 		 393 aa  64.3  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0151761 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6712  L-rhamnose isomerase  27.69 
 
 		 388 aa  63.5  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.583299  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0645  xylose isomerase  28.78 
 
 		 396 aa  63.2  0.000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12173  normal  0.0105473 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2382  L-rhamnose isomerase  30.9 
 
 		 392 aa  62  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3045  L-rhamnose isomerase  29.22 
 
 		 396 aa  62  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0111676  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0130  xylose isomerase  28.19 
 
 		 448 aa  61.2  0.00000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00829449  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0428  L-rhamnose isomerase  26.99 
 
 		 390 aa  60.8  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29630  L-rhamnose isomerase  29.1 
 
 		 392 aa  59.7  0.00000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2688  xylose isomerase  24.6 
 
 		 445 aa  58.9  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2180  xylose isomerase  25 
 
 		 441 aa  58.9  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000174675  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4673  L-rhamnose isomerase  29.33 
 
 		 388 aa  58.2  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.239648  normal  0.828695 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1757  xylose isomerase  27.11 
 
 		 444 aa  58.2  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01690  xylose isomerase  26.06 
 
 		 397 aa  57.4  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19530  xylose isomerase  23.32 
 
 		 439 aa  56.6  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2615  xylose isomerase  26.42 
 
 		 433 aa  55.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.242694 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2714  xylose isomerase  28.03 
 
 		 440 aa  55.5  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0757735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2789  xylose isomerase  27.81 
 
 		 436 aa  55.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3411  xylose isomerase  25.13 
 
 		 436 aa  55.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3429  xylose isomerase  25.77 
 
 		 439 aa  53.9  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.456821  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3624  L-rhamnose isomerase  26.86 
 
 		 388 aa  53.9  0.000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.000224876  normal  0.0801622 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3709  xylose isomerase  26.18 
 
 		 436 aa  53.9  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.917733 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  28.82 
 
 		 285 aa  53.9  0.000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11110  sugar phosphate isomerase/epimerase  30 
 
 		 480 aa  52.4  0.000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.479367  normal  0.230414 
 
 
-
 
NC_011694  PHATRDRAFT_30786  xylose isomerase  26.83 
 
 		 445 aa  52.8  0.000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.133263  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2838  xylose isomerase  25.94 
 
 		 433 aa  52  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0695629  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>