130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0246 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0246  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 296 aa  610  9.999999999999999e-175  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.483047  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7362  xylose isomerase  67.01 
 
 		 326 aa  410  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.730487  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2108  xylose isomerase-like  54.45 
 
 		 323 aa  326  3e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.546252  normal  0.693114 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.38 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45308  ribokinase  38.95 
 
 		 709 aa  203  2e-51  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.394155  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0405  xylose isomerase domain-containing protein  38.98 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.601416  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2644  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.08 
 
 		 332 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00164635  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0401  xylose isomerase-like TIM barrel  31.4 
 
 		 354 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0010085  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19520  xylose isomerase  27.88 
 
 		 354 aa  103  3e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0708  xylose isomerase domain-containing protein  27.74 
 
 		 371 aa  99  8e-20  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00278763  hitchhiker  0.000000000165231 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0704  xylose isomerase  29.63 
 
 		 386 aa  87  3e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2026  xylose isomerase-like TIM barrel  25.7 
 
 		 380 aa  80.5  0.00000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1696  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.21 
 
 		 368 aa  80.5  0.00000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3307  xylose isomerase  30.12 
 
 		 393 aa  79.7  0.00000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0151761 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1673  L-rhamnose isomerase  29.91 
 
 		 382 aa  79.7  0.00000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0909219  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2175  xylose isomerase  28.68 
 
 		 395 aa  76.6  0.0000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000407625 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0987  xylose isomerase  29.22 
 
 		 390 aa  76.3  0.0000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05810  L-rhamnose isomerase  29.68 
 
 		 391 aa  75.9  0.0000000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0695  xylose isomerase  26.71 
 
 		 387 aa  75.1  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00591309 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1795  xylose isomerase  26.47 
 
 		 379 aa  75.1  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000406384  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4665  xylose isomerase  30.35 
 
 		 405 aa  74.7  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.025606  normal  0.682712 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0181  xylose isomerase  29.5 
 
 		 397 aa  74.3  0.000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2430  xylose isomerase  28.63 
 
 		 395 aa  73.6  0.000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.404245  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0353  Xylose isomerase  29.33 
 
 		 383 aa  73.6  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.539165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1247  xylose isomerase  26.89 
 
 		 382 aa  71.6  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5559  xylose isomerase  29.95 
 
 		 385 aa  70.9  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.324328 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2692  xylose isomerase  28.23 
 
 		 403 aa  71.2  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06190  xylose isomerase  33.56 
 
 		 393 aa  71.2  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0150  xylose isomerase  27.44 
 
 		 381 aa  70.5  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0857233 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2382  L-rhamnose isomerase  29.03 
 
 		 392 aa  70.1  0.00000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6263  L-rhamnose catabolism isomerase  26.92 
 
 		 430 aa  70.1  0.00000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290662  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0466  xylose isomerase  32.12 
 
 		 392 aa  70.1  0.00000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1262  xylose isomerase  29.28 
 
 		 382 aa  69.7  0.00000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467888 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3254  xylose isomerase  35 
 
 		 390 aa  68.9  0.00000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.150364 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2884  xylose isomerase  27.75 
 
 		 389 aa  68.9  0.00000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0903  xylose isomerase  28 
 
 		 385 aa  68.2  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.122683 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2375  xylose isomerase  28.97 
 
 		 387 aa  67.8  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2618  xylose isomerase  27.88 
 
 		 389 aa  67.4  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0692  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.22 
 
 		 428 aa  67.8  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.822847  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4611  xylose isomerase domain-containing protein  25.94 
 
 		 427 aa  67.8  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.28145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5294  xylose isomerase  29.6 
 
 		 407 aa  67.4  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.196576 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0427  L-rhamnose isomerase  27.08 
 
 		 397 aa  67  0.0000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0217069  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22690  xylose isomerase  26.89 
 
 		 389 aa  67  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0645  xylose isomerase  31.52 
 
 		 396 aa  67  0.0000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12173  normal  0.0105473 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01690  xylose isomerase  30.97 
 
 		 397 aa  67  0.0000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2985  xylose isomerase  26.84 
 
 		 396 aa  66.6  0.0000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0777216  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2253  L-rhamnose isomerase  30.22 
 
 		 408 aa  66.6  0.0000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000884653  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4772  L-rhamnose isomerase  27.39 
 
 		 382 aa  65.9  0.0000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1762  xylose isomerase  28.11 
 
 		 386 aa  66.2  0.0000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2827  xylose isomerase  26.96 
 
 		 384 aa  65.9  0.0000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3573  L-rhamnose catabolism isomerase  26.17 
 
 		 430 aa  65.5  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4391  rhamnose isomerase related  26.39 
 
 		 382 aa  65.1  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0558803  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1680  rhamnose isomerase related  29.47 
 
 		 405 aa  64.7  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0758424  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4478  L-rhamnose isomerase  26.39 
 
 		 382 aa  65.1  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3592  xylose isomerase  29.1 
 
 		 395 aa  64.7  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.239598  normal  0.862129 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4811  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.69 
 
 		 403 aa  63.5  0.000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6687  xylose isomerase  27.4 
 
 		 389 aa  63.2  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.39813 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3973  xylose isomerase  33.33 
 
 		 395 aa  62.8  0.000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.025652 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2064  xylose isomerase  25.93 
 
 		 407 aa  62.4  0.000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1603  xylose isomerase  26.46 
 
 		 385 aa  62  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1387  L-rhamnose isomerase  25.93 
 
 		 398 aa  61.6  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.568177  normal  0.0266628 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2213  L-rhamnose catabolism isomerase  27.01 
 
 		 429 aa  62  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.118721 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3045  L-rhamnose isomerase  27.57 
 
 		 396 aa  61.6  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0111676  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1804  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.35 
 
 		 424 aa  60.8  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3703  L-rhamnose isomerase  28.72 
 
 		 387 aa  60.8  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.627849 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29630  L-rhamnose isomerase  27.24 
 
 		 392 aa  61.6  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0222  L-rhamnose catabolism isomerase  24.81 
 
 		 430 aa  60.8  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.206591 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0706  L-rhamnose isomerase  27.91 
 
 		 409 aa  60.5  0.00000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.422023  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4924  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.01 
 
 		 424 aa  60.5  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000076523  normal  0.290794 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3883  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.22 
 
 		 424 aa  60.1  0.00000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2856  L-rhamnose isomerase  26.44 
 
 		 396 aa  59.3  0.00000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6712  L-rhamnose isomerase  25 
 
 		 388 aa  56.6  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.583299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4214  xylose isomerase domain-containing protein  22.27 
 
 		 424 aa  56.2  0.0000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0943011  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3624  L-rhamnose isomerase  26.64 
 
 		 388 aa  56.2  0.0000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.000224876  normal  0.0801622 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0428  L-rhamnose isomerase  26.37 
 
 		 390 aa  55.8  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0886  L-rhamnose isomerase  27.19 
 
 		 388 aa  55.5  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.91 
 
 		 286 aa  53.1  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2116  L-rhamnose catabolism isomerase  21.97 
 
 		 428 aa  53.1  0.000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.885684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2455  rhamnose isomerase-related protein  26.79 
 
 		 396 aa  50.8  0.00003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3306  L-rhamnose isomerase  25.45 
 
 		 388 aa  49.3  0.00009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.984678  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0078  xylose isomerase  27.63 
 
 		 439 aa  49.3  0.00009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0361  xylose isomerase domain-containing protein  27.15 
 
 		 253 aa  48.5  0.0001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.934654  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  27.12 
 
 		 285 aa  46.2  0.0006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2151  xylose isomerase-like TIM barrel  23.56 
 
 		 257 aa  46.2  0.0006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00601378  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3939  xylose isomerase  26.54 
 
 		 440 aa  46.2  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.619988 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3984  xylose isomerase  26.54 
 
 		 440 aa  46.2  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3857  xylose isomerase  26.54 
 
 		 440 aa  46.2  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3875  xylose isomerase  26.54 
 
 		 440 aa  46.2  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4044  xylose isomerase  26.54 
 
 		 440 aa  46.2  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.177538 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2948  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.79 
 
 		 323 aa  45.4  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2622  xylose isomerase  25.93 
 
 		 440 aa  45.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.527813 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0587  xylose isomerase  26.32 
 
 		 441 aa  45.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0156  xylose isomerase  29.55 
 
 		 440 aa  45.4  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0060  xylose isomerase  27.45 
 
 		 439 aa  45.4  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4437  xylose isomerase  29.55 
 
 		 440 aa  44.3  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2210  xylose isomerase  26.5 
 
 		 445 aa  44.7  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4207  xylose isomerase  27.48 
 
 		 440 aa  45.1  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.173601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2883  xylose isomerase  27.48 
 
 		 438 aa  44.3  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.587252 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4102  xylose isomerase  28.79 
 
 		 439 aa  43.9  0.003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4161  xylose isomerase  28.79 
 
 		 439 aa  43.9  0.003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.667715  normal  0.0336803 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>