190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1251 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_1251  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 274 aa  567  1e-161  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.725023  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  32.8 
 
 		 270 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  36.8 
 
 		 278 aa  145  5e-34  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.61 
 
 		 282 aa  123  3e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  32.44 
 
 		 268 aa  114  1.0000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1969  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.4 
 
 		 270 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.48 
 
 		 264 aa  103  3e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.41 
 
 		 262 aa  103  3e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  30.38 
 
 		 290 aa  95.5  8e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5867  xylose isomerase domain-containing protein  30.21 
 
 		 295 aa  92.4  8e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1808  AP endonuclease  27.45 
 
 		 262 aa  92  8e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01291  predicted enzyme  27.45 
 
 		 262 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.45 
 
 		 262 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01302  hypothetical protein  27.45 
 
 		 262 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1429  AP endonuclease  27.45 
 
 		 262 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1524  AP endonuclease  27.45 
 
 		 262 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1959  AP endonuclease, family 2  27.45 
 
 		 262 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0839995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  28.03 
 
 		 297 aa  90.1  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2311  xylose isomerase domain-containing protein  27.06 
 
 		 262 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.46 
 
 		 285 aa  89.7  4e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.15 
 
 		 292 aa  89.4  6e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1528  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39 
 
 		 264 aa  87.4  2e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.45 
 
 		 283 aa  87.8  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 290 aa  87.8  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.16 
 
 		 290 aa  86.7  3e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  27.98 
 
 		 295 aa  87  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.81 
 
 		 289 aa  85.9  6e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  28.31 
 
 		 289 aa  85.5  8e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.77 
 
 		 293 aa  85.5  9e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  27.57 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.66 
 
 		 282 aa  85.1  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  25.64 
 
 		 288 aa  84.3  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.73 
 
 		 295 aa  83.6  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.263775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2160  xylose isomerase domain-containing protein  35.25 
 
 		 262 aa  82.8  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.26775 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  29.22 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  28.39 
 
 		 283 aa  79.3  0.00000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.74 
 
 		 281 aa  79  0.00000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  26.69 
 
 		 283 aa  79  0.00000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.71 
 
 		 283 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3635  xylose isomerase domain-containing protein  25.97 
 
 		 282 aa  77  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.81 
 
 		 275 aa  75.9  0.0000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.75 
 
 		 303 aa  75.5  0.0000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  26.18 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3631  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.5 
 
 		 275 aa  73.9  0.000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.9121  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.87 
 
 		 279 aa  73.6  0.000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0259  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.43 
 
 		 294 aa  73.2  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.24 
 
 		 288 aa  72.8  0.000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1263  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.55 
 
 		 297 aa  70.9  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3457  Hydroxypyruvate isomerase  29.07 
 
 		 273 aa  70.9  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000196511  decreased coverage  0.00813341 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  26.78 
 
 		 250 aa  70.1  0.00000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3195  hydroxypyruvate isomerase  27.51 
 
 		 263 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.568718  normal  0.0120723 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3174  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.42 
 
 		 283 aa  68.2  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0288  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.23 
 
 		 294 aa  67.4  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1902  xylose isomerase domain-containing protein  34.19 
 
 		 299 aa  66.2  0.0000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  28.38 
 
 		 267 aa  65.5  0.0000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.41 
 
 		 282 aa  64.7  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3261  hypothetical protein  37.5 
 
 		 282 aa  63.9  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.879119  normal  0.639309 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4619  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.5 
 
 		 282 aa  63.2  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154569  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.69 
 
 		 256 aa  63.5  0.000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 		 259 aa  62.8  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1631  hydroxypyruvate isomerase  27.05 
 
 		 258 aa  62  0.00000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2201  xylose isomerase domain-containing protein  25.84 
 
 		 258 aa  62  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.586932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6200  hydroxypyruvate isomerase  23.89 
 
 		 269 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0219655  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1816  hydroxypyruvate isomerase  24.61 
 
 		 269 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.79 
 
 		 260 aa  60.5  0.00000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1879  hydroxypyruvate isomerase  23.89 
 
 		 269 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0860973  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5018  hydroxypyruvate isomerase  24.69 
 
 		 258 aa  60.5  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.189718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1788  hydroxypyruvate isomerase  24.61 
 
 		 269 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1902  hydroxypyruvate isomerase  23.89 
 
 		 269 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000606406 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0340  fructoselysine 3-epimerase  21.62 
 
 		 276 aa  60.1  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.452792 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03223  predicted isomerase  21.62 
 
 		 276 aa  59.7  0.00000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.62 
 
 		 276 aa  59.7  0.00000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03175  hypothetical protein  21.62 
 
 		 276 aa  59.7  0.00000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5179  hydroxypyruvate isomerase  24.61 
 
 		 269 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.265819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3568  fructoselysine 3-epimerase  21.84 
 
 		 276 aa  59.3  0.00000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2118  hydroxypyruvate isomerase  26.5 
 
 		 266 aa  59.3  0.00000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0266277 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2842  Hydroxypyruvate isomerase  24.67 
 
 		 271 aa  58.9  0.00000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0814661  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3842  fructoselysine 3-epimerase  21.62 
 
 		 276 aa  58.9  0.00000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29590  sugar phosphate isomerase/epimerase  25.43 
 
 		 739 aa  58.9  0.00000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4309  hydroxypyruvate isomerase  25.55 
 
 		 271 aa  58.9  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0533507 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4684  fructoselysine 3-epimerase  21.62 
 
 		 275 aa  58.9  0.00000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1112  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.75 
 
 		 259 aa  58.5  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4719  hydroxypyruvate isomerase  27.87 
 
 		 258 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00317481 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1554  putative isomerase  23.92 
 
 		 254 aa  58.5  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.534878  normal  0.610325 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3955  hydroxypyruvate isomerase  25.22 
 
 		 259 aa  58.2  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1395  hydroxypyruvate isomerase  23.45 
 
 		 269 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0279437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0626  hydroxypyruvate isomerase  26.14 
 
 		 258 aa  57.4  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.396658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4572  hydroxypyruvate isomerase  27.04 
 
 		 258 aa  56.6  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0168162 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  26.14 
 
 		 258 aa  56.2  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  26.14 
 
 		 258 aa  56.2  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0565  hydroxypyruvate isomerase  26.14 
 
 		 258 aa  55.8  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.551663  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  24.02 
 
 		 269 aa  55.1  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3750  fructoselysine 3-epimerase  21.24 
 
 		 276 aa  55.1  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238004  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2461  hydroxypyruvate isomerase  24.45 
 
 		 269 aa  54.3  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731976  normal  0.599526 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1642  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.39 
 
 		 310 aa  54.3  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.331171  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4459  xylose isomerase-like TIM barrel  25.93 
 
 		 255 aa  54.3  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3564  xylose isomerase domain-containing protein  29.81 
 
 		 257 aa  54.3  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0379741  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0721  Hydroxypyruvate isomerase  25.62 
 
 		 265 aa  54.3  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4202  hydroxypyruvate isomerase  27.06 
 
 		 268 aa  54.7  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.407118 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  23.89 
 
 		 260 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>