256 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_2332 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01291  predicted enzyme  100 
 
 
262 aa  544  1e-154  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 
262 aa  544  1e-154  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1429  AP endonuclease  100 
 
 
262 aa  544  1e-154  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01302  hypothetical protein  100 
 
 
262 aa  544  1e-154  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1524  AP endonuclease  99.24 
 
 
262 aa  541  1e-153  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2311  xylose isomerase domain-containing protein  99.62 
 
 
262 aa  542  1e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1808  AP endonuclease  99.62 
 
 
262 aa  542  1e-153  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1959  AP endonuclease, family 2  98.47 
 
 
262 aa  538  9.999999999999999e-153  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0839995  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2160  xylose isomerase domain-containing protein  83.97 
 
 
262 aa  466  9.999999999999999e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.26775 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1528  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  64.5 
 
 
264 aa  378  1e-104  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.31 
 
 
264 aa  191  1e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.26 
 
 
262 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  27.71 
 
 
268 aa  92  9e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1251  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.45 
 
 
274 aa  91.3  1e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.725023  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  33.1 
 
 
278 aa  90.9  2e-17  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.57 
 
 
292 aa  89  8e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  28.51 
 
 
270 aa  89  8e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.82 
 
 
282 aa  88.2  1e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  32.93 
 
 
289 aa  83.6  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  36.75 
 
 
297 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  26.69 
 
 
283 aa  80.9  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.7 
 
 
289 aa  80.1  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  27.23 
 
 
283 aa  80.1  0.00000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.35 
 
 
293 aa  79.7  0.00000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.29 
 
 
282 aa  79.3  0.00000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.13 
 
 
281 aa  78.6  0.00000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.54 
 
 
290 aa  78.6  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.08 
 
 
283 aa  77.8  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.97 
 
 
275 aa  76.6  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.13 
 
 
260 aa  74.7  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  27.43 
 
 
295 aa  74.7  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.3 
 
 
279 aa  72.8  0.000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.86 
 
 
285 aa  72.4  0.000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3174  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.94 
 
 
283 aa  71.2  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  30 
 
 
295 aa  70.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  31.58 
 
 
295 aa  70.5  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0259  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.58 
 
 
294 aa  71.2  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.25 
 
 
283 aa  70.5  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 
250 aa  69.7  0.00000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5867  xylose isomerase domain-containing protein  25.38 
 
 
295 aa  69.7  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1263  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 
297 aa  68.9  0.00000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281951  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3635  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 
282 aa  68.9  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.81 
 
 
290 aa  68.6  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.77 
 
 
295 aa  68.2  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.263775  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0246  Hydroxypyruvate isomerase  31.75 
 
 
277 aa  68.2  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29590  sugar phosphate isomerase/epimerase  29.41 
 
 
739 aa  67.8  0.0000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  28.31 
 
 
290 aa  66.6  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0288  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.38 
 
 
294 aa  67  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341149  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.21 
 
 
288 aa  66.6  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  30.34 
 
 
293 aa  65.9  0.0000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.51 
 
 
256 aa  65.9  0.0000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1174  hydroxypyruvate isomerase  30.77 
 
 
262 aa  64.7  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.970176  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08170  hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 
276 aa  63.9  0.000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.461944  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.89 
 
 
282 aa  64.3  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.04 
 
 
264 aa  64.3  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.831007 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4719  hydroxypyruvate isomerase  30.07 
 
 
258 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00317481 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2604  xylose isomerase domain-containing protein  35.16 
 
 
271 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4619  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.06 
 
 
282 aa  63.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154569  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  31.21 
 
 
263 aa  63.2  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3457  Hydroxypyruvate isomerase  25.78 
 
 
273 aa  63.2  0.000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000196511  decreased coverage  0.00813341 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5560  hydroxypyruvate isomerase  29.61 
 
 
261 aa  63.2  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.446227  normal  0.0996892 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3261  hypothetical protein  28.42 
 
 
282 aa  62.8  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.879119  normal  0.639309 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3052  xylose isomerase domain-containing protein  22.08 
 
 
256 aa  62.4  0.000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0431176 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2842  Hydroxypyruvate isomerase  28.87 
 
 
271 aa  62  0.000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0814661  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2546  Hydroxypyruvate isomerase  32.79 
 
 
265 aa  61.6  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0308483  normal  0.0587902 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1395  hydroxypyruvate isomerase  28.85 
 
 
269 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0279437  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3436  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.46 
 
 
266 aa  61.6  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4202  hydroxypyruvate isomerase  26.46 
 
 
268 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.407118 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1969  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.61 
 
 
270 aa  61.2  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3623  hydroxypyruvate isomerase  30.07 
 
 
260 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3378  hydroxypyruvate isomerase  25.37 
 
 
264 aa  61.2  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.490297  normal  0.0397331 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2682  xylose isomerase domain-containing protein  28.08 
 
 
258 aa  61.2  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  30.07 
 
 
260 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  30.07 
 
 
260 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2201  xylose isomerase domain-containing protein  27.42 
 
 
258 aa  60.1  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.586932  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1571  hydroxypyruvate isomerase  30.07 
 
 
260 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148654  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3317  xylose isomerase-like TIM barrel  31.5 
 
 
257 aa  60.1  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.695295  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45010  putative hydroxypyruvate isomerase  33.61 
 
 
260 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.224213  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2140  Hydroxypyruvate isomerase  26.69 
 
 
273 aa  60.1  0.00000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2172  hydroxypyruvate isomerase  28.95 
 
 
269 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.42054  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  26.97 
 
 
264 aa  59.7  0.00000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0721  Hydroxypyruvate isomerase  28.23 
 
 
265 aa  59.7  0.00000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3830  hydroxypyruvate isomerase  33.61 
 
 
260 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1902  xylose isomerase domain-containing protein  33.98 
 
 
299 aa  59.3  0.00000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1855  hydroxypyruvate isomerase  32.59 
 
 
260 aa  58.9  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1554  putative isomerase  24.24 
 
 
254 aa  58.9  0.00000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.534878  normal  0.610325 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  30.71 
 
 
259 aa  58.9  0.00000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1621  hydroxypyruvate isomerase  26.97 
 
 
266 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.377689  normal  0.533551 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1924  Hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 
280 aa  58.2  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000334865  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1631  hydroxypyruvate isomerase  28.47 
 
 
258 aa  58.2  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  25.29 
 
 
259 aa  57.4  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0339  Hydroxypyruvate isomerase  23.17 
 
 
267 aa  57.4  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4572  hydroxypyruvate isomerase  32 
 
 
258 aa  57.8  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0168162 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2758  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.88 
 
 
258 aa  57.4  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  29.61 
 
 
263 aa  57.4  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4309  hydroxypyruvate isomerase  26.95 
 
 
271 aa  57.8  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0533507 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2461  hydroxypyruvate isomerase  28.08 
 
 
269 aa  57  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731976  normal  0.599526 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3689  xylose isomerase domain-containing protein  28.57 
 
 
266 aa  57  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3181  hydroxypyruvate isomerase  26.95 
 
 
262 aa  56.6  0.0000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.365148  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  25.48 
 
 
256 aa  56.6  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>