More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mesil_0666 on replicon NC_014212
Organism: Meiothermus silvanus DSM 9946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 
264 aa  532  1e-150  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2160  xylose isomerase domain-containing protein  39.84 
 
 
262 aa  198  7e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.26775 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1959  AP endonuclease, family 2  37.31 
 
 
262 aa  192  5e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0839995  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2311  xylose isomerase domain-containing protein  37.31 
 
 
262 aa  192  6e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1528  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.65 
 
 
264 aa  191  8e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1808  AP endonuclease  37.31 
 
 
262 aa  191  8e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01291  predicted enzyme  37.31 
 
 
262 aa  191  1e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.31 
 
 
262 aa  191  1e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1429  AP endonuclease  37.31 
 
 
262 aa  191  1e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01302  hypothetical protein  37.31 
 
 
262 aa  191  1e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1524  AP endonuclease  37.31 
 
 
262 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.62 
 
 
262 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  40.53 
 
 
268 aa  142  5e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.44 
 
 
282 aa  137  1e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 
270 aa  120  3e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  47.46 
 
 
278 aa  117  9.999999999999999e-26  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1251  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.48 
 
 
274 aa  103  3e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.725023  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.27 
 
 
275 aa  103  4e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.91 
 
 
290 aa  101  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.39 
 
 
282 aa  101  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1263  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.36 
 
 
297 aa  101  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281951  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.51 
 
 
282 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.76 
 
 
283 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4619  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.6 
 
 
282 aa  99.8  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154569  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  28.89 
 
 
283 aa  99  7e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  34.48 
 
 
289 aa  98.6  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.29 
 
 
283 aa  97.4  2e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.68 
 
 
289 aa  96.3  5e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  31.69 
 
 
297 aa  95.9  6e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3635  xylose isomerase domain-containing protein  31.35 
 
 
282 aa  94.4  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  30.09 
 
 
290 aa  93.2  4e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.36 
 
 
281 aa  92.8  5e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.57 
 
 
285 aa  91.3  1e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  30 
 
 
283 aa  91.7  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2613  hydroxypyruvate isomerase  31.54 
 
 
267 aa  87.8  2e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.55 
 
 
292 aa  87.4  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  31.74 
 
 
295 aa  87  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.67 
 
 
293 aa  86.7  4e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  31.58 
 
 
293 aa  85.9  6e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5867  xylose isomerase domain-containing protein  31.98 
 
 
295 aa  84.3  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  31.46 
 
 
295 aa  84  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  31.3 
 
 
295 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.77 
 
 
290 aa  83.2  0.000000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.3 
 
 
279 aa  82.8  0.000000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  31.05 
 
 
288 aa  82.4  0.000000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0259  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.17 
 
 
294 aa  81.6  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.76 
 
 
303 aa  81.6  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2842  Hydroxypyruvate isomerase  27.31 
 
 
271 aa  81.3  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0814661  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2201  xylose isomerase domain-containing protein  36.92 
 
 
258 aa  80.9  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.586932  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.22 
 
 
295 aa  78.2  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.263775  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3174  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.65 
 
 
283 aa  77.4  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  27.23 
 
 
250 aa  77.4  0.0000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1902  xylose isomerase domain-containing protein  32.9 
 
 
299 aa  77  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.61 
 
 
260 aa  75.1  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0323  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.28 
 
 
536 aa  74.3  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1969  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.9 
 
 
270 aa  74.3  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2228  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.62 
 
 
287 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498591  normal  0.437814 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2682  xylose isomerase domain-containing protein  34.81 
 
 
258 aa  72.8  0.000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2604  xylose isomerase domain-containing protein  35.34 
 
 
271 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0288  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.58 
 
 
294 aa  70.5  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341149  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.4 
 
 
288 aa  70.1  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19810  hydroxypyruvate isomerase protein  31.2 
 
 
262 aa  70.1  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4309  hydroxypyruvate isomerase  26.61 
 
 
271 aa  70.1  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0533507 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1033  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.13 
 
 
285 aa  69.3  0.00000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0514922 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0565  hydroxypyruvate isomerase  29.69 
 
 
258 aa  68.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.551663  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  29.69 
 
 
258 aa  68.6  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  29.69 
 
 
258 aa  68.6  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0810  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 
310 aa  67.4  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0113296  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31430  Xylose isomerase-like TIM barrel protein, probably inolved in myo-inositol catabolism  34.56 
 
 
262 aa  67.4  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.161007  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0339  Hydroxypyruvate isomerase  25.6 
 
 
267 aa  67.4  0.0000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3088  hydroxypyruvate isomerase  26.74 
 
 
263 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.645228  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4427  hydroxypyruvate isomerase  31.58 
 
 
262 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.198005  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  31.62 
 
 
259 aa  66.6  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4719  hydroxypyruvate isomerase  34.33 
 
 
258 aa  66.2  0.0000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00317481 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0626  hydroxypyruvate isomerase  28.91 
 
 
258 aa  66.2  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.396658  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4572  hydroxypyruvate isomerase  34.45 
 
 
258 aa  65.9  0.0000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0168162 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0459  hydroxypyruvate isomerase  31.5 
 
 
264 aa  65.5  0.0000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0230369  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0462  hydroxypyruvate isomerase  28.17 
 
 
261 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  25.32 
 
 
256 aa  65.1  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1298  hydroxypyruvate isomerase  26.14 
 
 
259 aa  64.7  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3195  hydroxypyruvate isomerase  29.18 
 
 
263 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.568718  normal  0.0120723 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3461  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.51 
 
 
293 aa  64.7  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0721  Hydroxypyruvate isomerase  26.53 
 
 
265 aa  64.3  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29590  sugar phosphate isomerase/epimerase  28.43 
 
 
739 aa  64.3  0.000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2851  hydroxypyruvate isomerase  27.12 
 
 
270 aa  64.3  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000102215  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4202  hydroxypyruvate isomerase  33.61 
 
 
268 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.407118 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1924  Hydroxypyruvate isomerase  25.73 
 
 
280 aa  63.2  0.000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000334865  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4865  hydroxypyruvate isomerase Gcxl  24.58 
 
 
260 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.798851  normal  0.469511 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3631  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.72 
 
 
275 aa  63.2  0.000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.9121  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1158  hydroxypyruvate isomerase  25.88 
 
 
268 aa  63.2  0.000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.671898  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2425  hydroxypyruvate isomerase  31.93 
 
 
262 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0958  hydroxypyruvate isomerase  25.85 
 
 
267 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2260  hydroxypyruvate isomerase  31.93 
 
 
262 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.654587  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2300  hydroxypyruvate isomerase  31.93 
 
 
262 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.946761  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  28.35 
 
 
269 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3048  hypothetical protein  29.63 
 
 
262 aa  62.4  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.127987  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1032  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.77 
 
 
272 aa  62.4  0.000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0870608 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4459  xylose isomerase-like TIM barrel  31.93 
 
 
255 aa  62  0.000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3436  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.14 
 
 
266 aa  61.6  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1134  hydroxypyruvate isomerase  27.27 
 
 
259 aa  62  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.852559 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>