149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_0288 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_0288  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 294 aa  604  9.999999999999999e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0259  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  94.22 
 
 		 294 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  43.6 
 
 		 289 aa  237  2e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3563  xylose isomerase domain-containing protein  39.66 
 
 		 297 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  40.21 
 
 		 295 aa  213  3.9999999999999995e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1536  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.93 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00467401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3261  hypothetical protein  34.53 
 
 		 282 aa  149  4e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.879119  normal  0.639309 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.34 
 
 		 283 aa  144  1e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.65 
 
 		 285 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.52 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3635  xylose isomerase domain-containing protein  28.47 
 
 		 282 aa  129  7.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.32 
 
 		 282 aa  128  9.000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0941  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.84 
 
 		 293 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5314  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.08 
 
 		 282 aa  125  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4538  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.11 
 
 		 281 aa  125  7e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.535239 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.69 
 
 		 288 aa  125  8.000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4619  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.95 
 
 		 282 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154569  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.8 
 
 		 289 aa  123  4e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  27.56 
 
 		 283 aa  122  8e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  29.67 
 
 		 295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  29.56 
 
 		 295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0391  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.27 
 
 		 279 aa  106  4e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.4 
 
 		 290 aa  106  5e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4299  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.32 
 
 		 275 aa  100  4e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.172805  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  36.36 
 
 		 268 aa  99.8  5e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3174  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.89 
 
 		 283 aa  99.4  6e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0189  xylose isomerase domain-containing protein  28.16 
 
 		 293 aa  99  9e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  24.91 
 
 		 290 aa  95.9  8e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5868  xylose isomerase domain-containing protein  27.27 
 
 		 283 aa  95.9  8e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4979  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.5 
 
 		 283 aa  94.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1263  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.24 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  26.81 
 
 		 288 aa  91.7  1e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.13 
 
 		 282 aa  89.4  7e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  42.2 
 
 		 278 aa  85.1  0.000000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  24.89 
 
 		 270 aa  81.6  0.00000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1297  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.35 
 
 		 262 aa  76.3  0.0000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0666  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.4 
 
 		 264 aa  73.2  0.000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.539887 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1524  AP endonuclease  32.71 
 
 		 262 aa  69.3  0.00000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2311  xylose isomerase domain-containing protein  32.71 
 
 		 262 aa  69.3  0.00000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01291  predicted enzyme  32.71 
 
 		 262 aa  69.3  0.00000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01302  hypothetical protein  32.71 
 
 		 262 aa  69.3  0.00000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2332  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.71 
 
 		 262 aa  69.3  0.00000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1429  AP endonuclease  32.71 
 
 		 262 aa  69.3  0.00000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5867  xylose isomerase domain-containing protein  27.06 
 
 		 295 aa  68.9  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1808  AP endonuclease  34.29 
 
 		 262 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1959  AP endonuclease, family 2  32.71 
 
 		 262 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0839995  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1251  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.19 
 
 		 274 aa  68.2  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.725023  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0582  hydroxypyruvate isomerase  22.58 
 
 		 258 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0545  hydroxypyruvate isomerase  22.58 
 
 		 258 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3114  hydroxypyruvate isomerase  22.58 
 
 		 258 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.334824 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1528  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.02 
 
 		 264 aa  66.6  0.0000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0626  hydroxypyruvate isomerase  23.53 
 
 		 258 aa  66.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.396658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2160  xylose isomerase domain-containing protein  26.95 
 
 		 262 aa  66.2  0.0000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.26775 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00458  hydroxypyruvate isomerase  22.58 
 
 		 258 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.751856  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00463  hypothetical protein  22.58 
 
 		 258 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3104  hydroxypyruvate isomerase  22.58 
 
 		 258 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0551  hydroxypyruvate isomerase  22.58 
 
 		 258 aa  65.9  0.0000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.69 
 
 		 295 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.263775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0609  hydroxypyruvate isomerase  22.18 
 
 		 258 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3631  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.17 
 
 		 275 aa  63.9  0.000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.9121  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0572  hydroxypyruvate isomerase  23.11 
 
 		 258 aa  63.9  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0567  hydroxypyruvate isomerase  23.11 
 
 		 258 aa  63.9  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0565  hydroxypyruvate isomerase  23.11 
 
 		 258 aa  63.5  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.551663  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.93 
 
 		 260 aa  63.2  0.000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3269  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.62 
 
 		 303 aa  57.8  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1969  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.38 
 
 		 270 aa  55.8  0.0000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1902  xylose isomerase domain-containing protein  32.69 
 
 		 299 aa  55.5  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  27.82 
 
 		 285 aa  54.7  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2368  hydroxypyruvate isomerase  25.32 
 
 		 259 aa  54.3  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2604  xylose isomerase domain-containing protein  26.35 
 
 		 271 aa  53.5  0.000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3449  xylose isomerase-like TIM barrel  21.99 
 
 		 271 aa  53.1  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1631  hydroxypyruvate isomerase  29.6 
 
 		 258 aa  52.8  0.000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4472  Hydroxypyruvate isomerase  25.31 
 
 		 250 aa  52  0.00001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0435966  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1301  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.45 
 
 		 256 aa  52  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00429624  normal  0.0206952 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3863  hydroxypyruvate isomerase  29.51 
 
 		 260 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531245  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3152  hydroxypyruvate isomerase  22.41 
 
 		 260 aa  51.6  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3479  hydroxypyruvate isomerase  22.41 
 
 		 260 aa  51.2  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3741  hydroxypyruvate isomerase  23.47 
 
 		 259 aa  50.8  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476363  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2929  hydroxypyruvate isomerase  31.13 
 
 		 263 aa  50.4  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.452433 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.56 
 
 		 286 aa  50.1  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0394614 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1621  hydroxypyruvate isomerase  26.23 
 
 		 266 aa  49.7  0.00006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.377689  normal  0.533551 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1781  hydroxypyruvate isomerase  26.62 
 
 		 269 aa  49.7  0.00006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.168778  normal  0.857209 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1571  hydroxypyruvate isomerase  28.46 
 
 		 260 aa  49.3  0.00008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148654  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4298  hydroxypyruvate isomerase  28.46 
 
 		 260 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2425  hydroxypyruvate isomerase  27.78 
 
 		 262 aa  48.5  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2260  hydroxypyruvate isomerase  27.78 
 
 		 262 aa  48.5  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.654587  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2300  hydroxypyruvate isomerase  27.78 
 
 		 262 aa  48.5  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.946761  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4309  hydroxypyruvate isomerase  26.92 
 
 		 271 aa  48.5  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0533507 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2201  xylose isomerase domain-containing protein  31.96 
 
 		 258 aa  48.9  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.586932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3623  hydroxypyruvate isomerase  28.46 
 
 		 260 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3282  hydroxypyruvate isomerase protein  22.45 
 
 		 260 aa  48.1  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.257483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3292  hydroxypyruvate isomerase  21.16 
 
 		 260 aa  47.8  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.202186  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1642  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.29 
 
 		 310 aa  47.8  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.331171  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1395  hydroxypyruvate isomerase  26.81 
 
 		 269 aa  47.8  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0279437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1174  hydroxypyruvate isomerase  29.66 
 
 		 262 aa  47.8  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.970176  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1134  hydroxypyruvate isomerase  22.54 
 
 		 259 aa  47  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.852559 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2851  hydroxypyruvate isomerase  32.58 
 
 		 270 aa  46.6  0.0004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000102215  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3461  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.91 
 
 		 293 aa  46.6  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3568  fructoselysine 3-epimerase  23.26 
 
 		 276 aa  46.2  0.0006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1816  hydroxypyruvate isomerase  27.05 
 
 		 269 aa  46.2  0.0007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>